敦煌學各分支學科及其下各係列項目之間，常常有關聯，交叉甚至部分重合的現象，例如敦煌民俗學同敦煌風俗畫及衣冠服飾畫研究之間，敦煌社會史研究同藝術史研究之間，敦煌學開發利用同敦煌藝術導遊，名勝古跡導遊及敦煌藝術陳展設計之間，敦煌樂舞研究同敦煌詞曲研究之間等等，常常互有關聯，交叉甚至部分重合。這一現象，主要是由於敦煌學各部門使用的材料和所研究的問題存在某種關聯，交叉或互通的緣故。僅管如此，由於敦煌學各部門研究的方向、目的、著眼的角度和所要解決的問題各有不同，所以畢竟得以分別成立各自的係列科目。
敦煌學的體係結構，是九十年來敦煌學在發展過程中逐步形成和漸趨完善的，不是由任何人所規定的。目前，敦煌學仍處在繼續發展的階段，它還可能出現新的分支學科，新的係列和新的科目。我們隻能根據敦煌學發展的實際情況和既成事實加以概括歸納。正如梁啟超先生所說：“凡一種學問要成為科學的，總要先有相當的發展，然後歸納所研究的成績才成為專門。先頭是很自由的發展，茫無條理，後來把過去的成績整理，建設科學。沒有一種科學不是如此成立的。”（梁啟超：《中國曆史研究法（補編）·史學之成立及其發展》）。下麵，筆者所列的敦煌學體係結構表，就是如此歸納出來的。這裏對下表特做如下兩點說明：
第一，敦煌學涉及的學術麵十分廣泛，博大精深，非同一般，筆者的學識與耳聞目見不足以對它做巨細天遺的總攪。筆者對敦煌學體係結構的建綱標目，難免會有遺漏，有待補充完善。對於應有而遺漏的綱目，並不意味著筆者不承認它的存在，隻反映筆者孤陋寡聞。
第二，筆者對敦煌學體係結構的概括，僅在於反映敦煌學發展的既成事實（可能還不足以充分反映其發展的事實），並不意味著我們企圖用這個體係結構表來限製和否定敦煌學的繼續發展。敦煌學體係結構的發展，是由敦煌學自身規律所決定的，而不是人們的主觀意識所可限定的。
下麵，對敦煌學的體係結構，列表概括如下：
敦煌學結構表
1.敦煌史地學
1.1敦煌通史
1.1.1敦煌上古史
1.1.2敦煌中古史
1.1.3敦煌近古史
1.1.4敦煌近現代史
1.2敦煌斷代史
1.2.1敦煌漢魏史
1.2.2敦煌五涼史
1.2.3敦煌北朝史
1.2.4敦煌隋唐史
1.2.5敦煌吐蕃統治史
1.2.6張氏歸義軍史
1.2.7金山國史
1.2.8曹氏歸義軍史
1.2.9沙州回鶻統治史
1.2.10西夏統治史
1.2.11蒙、元統治史
1.2.12明代沙州史
1.2.13清代敦煌重建史
1.3.敦煌專史
1.3.1敦煌社會史
1.3.2敦煌文化史
1.3.3.敦煌經濟史
1.3.4敦煌美術史
1.3.5敦煌教育史
1.3.6敦煌民族關係史
1.4敦煌曆史地理
1.4.1敦煌曆史自然地理
1.4.1.1敦煌地質地貌研究
1.4.1.2敦煌自然環境、物候變化研究
1.4.1.3敦煌自然災害研究
1.4.2敦煌曆史人文地理
1.4.2.1敦煌郡（州）、縣、鄉、裏、坊、巷、境域區劃、建置沿革研究。
1.4.2.2敦煌聚落、城、塞、塢、堡、烽、亭研究
1.4.2.3敦煌驛道交通研究
1.4.2.4敦煌河、渠、泉、澤、水利研究
1.4.2.5敦煌諸山研究
1.4.2.6敦煌名勝古跡研究
2.敦煌考古學
2.1敦煌史前考古
2.1.1史前遺址考古發掘與研究
2.1.2先民岩刻調查研究
2.2敦煌漢、唐、宋、元、明、清考古
2.2.1敦煌城塞、烽燧、城堡、聚落、驛道考古
2.2.2敦煌漢、唐、宋、元、明、清墓葬發掘與研究
2.3敦煌石窟考古
2.3.1洞窟發掘與研究
2.3.2敦煌石窟排年
2.3.3敦煌石窟內容考釋
2.3.3.1壁畫內容考釋
2.3.3.2壁畫器物圖譜與考釋
2.3.3.4洞窟題記考釋
2.4敦煌金石簡牘研究
2.4.1敦煌簡牘研究
2.4.2敦煌金石銘刻研究
3.敦煌民族學
3.1敦煌羌族研究
3.2敦煌吐蕃族研究
3.3敦煌突厥、回鶻族研究