敦煌學包含十二個分支學科，各個分支學科之內，又分做若幹係列，若幹項目，如此多學科、多層次築構而成。各個分支學科有其一定的研究範圍、研究內容和研究目的；各個分支學科的開拓和形成有先有後，發展亦不平衡。為了便於初學者對敦煌學的研究概況有個總體的把握，現將各分支學科的研究概況撮要勾勒於下。
敦煌史地學
敦煌史地學是敦煌曆史學和地理學的合稱。由於敦煌地理學主要研究敦煌古代地理，它同敦煌古代曆史學關係密切，所以學者把二者歸入同一門類。
敦煌史地學的內容是清理敦煌曆史和地理演變的胍絡、過程和變化，研究敦煌同中原王朝和周邊民族地區的曆史、地理關係、探討它的規律和影響，為敦煌古代文化發展和文化研究提供準確可靠的曆史地理背景。它是敦煌學中關涉麵很廣的一門基礎性分支學科。
敦煌曆史學，目前主要分為敦煌通史、敦煌斷代史和敦煌係列專史三個門類。
敦煌通史，大致分為上古史、中古史和近古史三大段落。
上古史是西漢開拓敦煌之前該地區的曆史，也就是古代其它民族從事生產、生活和奮鬥的曆史。這方麵的材料不多，除了史籍中的零星記述外，主要借助於考古發現加以梳理分析，所以它同這一地區史前考古關係密切。研究敦煌上古史，對於認識西漢開拓之前該地區的基礎及西漢以來該地區經濟之突飛猛進、文化和居民成分的巨大變化十分重要，從中可以看到外力在曆史發展中非同小可的作用。
敦煌中古史，是指西漢開拓這一地區以來，到元代滅亡為止約1400多年的曆史。這是敦煌曆史發生巨大變化而又豐富多彩的時期。敦煌文化就是在這一時期形成、發展、創造出燦爛輝煌的成果、達到高峰，最後又迅速跌落，內容最為豐富，因而成為敦煌史研究的重點。
敦煌近古史是指明清時期的敦煌曆史。這一時期是敦煌曆史發展從高峰跌落下來之後，終至斷傳，又另起爐灶、重建敦煌的時期。由於明王朝放棄嘉峪關外之地，大批漢民徙入關內，蒙、藏、維族成為敦煌地區的主體民族，因而敦煌中古時期的文化體係中斷絕傳。清朝重新收複後，采取移民實邊的政策。先是雍正四年至七年（1726～1729年），從西北56州縣遷來和民2400餘戶，敦煌地漸次重新開發，在西北及當地文武官員及文人的倡導下，追尋漢唐舊跡、重建漢文化、沙州城、漢長城、莫高窟、榆林窟，都是這一時期重新發現的。敦煌遺書也是這一時期開始出土、重見天日的。
研究這一時期的曆史，實際上是為了弄清敦煌中古時期燦爛文化破壞，衰落的過程，和對中古文化遺留的重新發現及重新認識。如果說，研究敦煌中古文化的文章主要在於弄清敦煌興盛史的話，那麼研究敦煌近古史的意義，則主要在於弄清敦煌衰變史。某種燦爛文化如何急遽衰落乃至湮沒絕傳，敦煌是一個極為難得的典型。
敦煌斷代史，目前主要是研究這個地區的兩漢史、十六國史、唐代史、吐蕃統治史、張氏歸義軍史、金山國史、曹氏歸義軍史及沙州回鶻史等敦煌中古時代幾個特殊時期的曆史。這在幾個特殊時期內，以佛教影響和民族關係問題最為突出。漢文化傳統同佛教影響及民族文化既有矛盾又能統一，既有排斥又有交融。佛教信仰、民族文化和民族關係在矛盾和交融中得到發展，其中蘊藏著不少有益的啟示。
敦煌專史是指敦煌社會史、文化史、經濟史、教育史、民族史等這一類自成係列的專史。研究這類自成係列的專史，有助於對敦煌曆史的方方麵麵、條條塊塊的深刻認識。此外，敦煌藝術史、文學史等，也理應列入敦煌專史係列。但這幾個專史係列又分別屬於敦煌藝術、敦煌佛教、敦煌文學等學科範圍之中，故不再重複列入敦煌專史之中。
敦煌曆史地理，是敦煌曆史和地理互相滲透的學科。它主要研究敦煌兩地在曆史過程中發生的社會性和自然性的變化。例如敦煌古代建置、地域、區劃、城堡、塞障、交通、河渠以及自然環境變遷等，以便為其它分支學科提供背景依托，所以也是敦煌學的基礎性學科。
敦煌保存有不少名勝古跡，這些名勝古跡包含著曆史的、地理的、社會的和文化的因子。由於它們是在敦煌大地上存在並保存下來的，所以我們把它也歸入敦煌史地學範因壽。
敦煌史地學研究，其萌芽期既早又長。早在《穆天子傳》、《淮南子》、《山海經》中已經有不少充滿神秘色彩的記錄和傳說。《史記》及其後曆代正史中常有關於敦煌的記事，各種《地理誌》、方輿書中也往往見有敦煌郡、晉昌郡、沙州、瓜州專條。從東漢起，陸續出現了《敦煌耆舊記》、《敦煌實錄》、《十六國春秋》之《西涼錄》、《北涼錄》，唐代又有了當地編纂的《沙州圖經》、《沙州都督府圖經》、《歸義軍圖經略抄》、還有外地人編寫的《沙州伊州誌》、《敦煌錄》一類的敦煌史地專著。上述種種，在不同程度上反映了敦煌史地研究萌芽期的成果。