隴上初定，局勢未穩。且西北戰場與整個平吳戰局相關。故在康熙十六、十七兩年，在甘清軍基本沒有離境。且令孫思克回涼州，令張勇移師甘州，守禦邊境。十七年（公元1678年）四月，慶陽袁本秀又受吳三桂之命起而反清，被王進寶擒獲斬首，亂平。
南下川滇康熙十八年（公元1679年），寧夏提督趙良棟上疏雲：“……
今湖南既定，宜取漢中、興安，規四川，臣願精選所部步騎五千，獨當一路。”與此相反，孫思克卻上疏陳述漢中、興安山多路險，“綠營騎兵不盡強壯，馬又多羸瘦，滿洲兵亦複無多”，加上糧運不繼，“不若今秋暫緩出師，……俟來春再議進兵。”趙從整個局勢著眼，湖南一路得手，西北自當相應而進；孫則片麵強調困難，提出延期緩進。顯然孫的意見是錯的。康熙對趙嘉許，對孫宣諭詰責。
隨即命圖海部署進兵南下。同年十月，陝甘清兵分四路進發：圖海率佛尼勒進興安（今陝西安康）；畢力克圖、孫思克自西和進略陽；王進寶與總兵費雅達自寶雞循棧道南進；趙良棟自徽縣南進。四路兵中實以王進寶、趙良棟兩路為先鋒突進。王進寶上疏，請以長子用予隨征，康熙照準，並根據王用予軍功，授以副將。王進寶至寶雞，對手是敵方主將王屏藩。王用予為前鋒，在紅花鋪大破敵兵，一舉收複鳳縣、兩當。繼而進取武關，王進寶命王用予將偏師繞出關後包抄，自督大隊乘夜斬關而入，俘獲守將羅朝關等。又奪得雞頭關（在褒城縣），乘勢追擊，王屏藩不支，率眾自青石關（南鄭縣南）退至廣元，其將楊永祚、孫啟耀歸降。十一月，漢中地區全部收複。康熙聞報大悅，禦書“龍飛”二大字、唐詩手卷一帙，遣大臣赴營中賜予王進寶，並敕命會兵奪取川北重鎮保寧（今閬中），平定四川。與此同時，孫思克部克階州（今武都），趙良棟部收複略陽、陽平關。王進寶、趙良棟會師於寧羌（今寧強），又分路向四川進軍。
王進寶自青石關進神宣驛（廣元縣東北九十裏），更督兵強取朝天關。此關至險，號稱南棧中第一高坡，旁行斜上，高出雲表，山半石碑鐫有“小心移步”四字，是一夫當關、萬夫難進的險地。但王進寶以勝兵之威，於康熙十九年（公元1680年）正月一舉奪關，遂拔廣元。王屏藩退守保寧，以二萬人迎戰。王進寶督兵擊殺，連拔敵壘，追至錦屏山，王屏藩退至城中。王進寶即率部攻城，一馬當先，親自奪取護城河浮橋，王用予斬門入城，大兵一湧而進。王屏藩與其將陳君極均自縊身亡。俘獲吳之茂及其部將十七人（後吳之茂複叛）。王進寶又分部諸將及次子用賓等陸續收複昭化、劍州、蒼溪、蓬州、廣安、合州、西充、嶽池等州、縣，穩住了川北局勢。
由於王進寶一路對付了吳三桂主力，使趙良棟一路進兵更為順利，在十九年正月間的十天之內，連下龍安府（今平武）、綿竹，“偽巡撫張文德等迎降，遂入成都”。康熙擢趙良棟雲貴總督，加兵部尚書，令其南下雲南。此時，趙良棟、王進寶之間矛盾尖銳，難得相處，康熙令王進寶鎮守四川，駐保寧，升任王用予為鬆藩總兵。王進寶上疏稱病乞休，康熙命還固原養病就醫，由王用予駐保寧護諸軍。後又改任王用予為固原總兵，以照料父病。但王進寶父子離開不久，保寧即失守，康熙又令其父子返回四川，再次收複保寧。康熙進王進寶以三等精奇尼哈番（即三等子），王用予加左都督、授拖沙拉哈番（即雲騎鬥）。此後，雙方在四川境內展開個多次拉鋸戰。
康熙二十年（公元1681年）三月，吳三桂大將馬寶犯敘州（今宜賓），王用予將其擊退，並收複納溪、江安、仁懷、合江諸縣。與此同時，吳丹收複重慶、達縣、奉鄉諸縣，穩住了川東南。康熙命王用予率部駐永寧（今敘永縣），以阻止吳部勢力出雲南。