董福祥辭宮返裏
然而清廷還是保住了一個為侵略者所指控的“要犯”，就是董福祥！
董福祥所統的甘軍，是義和團的戰友，是侵略者的勁敵，侵略者得勢後，怎肯放過？所以談判一開始，懲治“罪魁”的名單中，就有董福祥。其實清廷中的主和派早就視董福祥為眼中釘。十月二十三日，“李鴻章劾剛毅、董福祥，時毅已死，而張之洞、劉坤一亦先言福祥啟釁，罪當懲”（《庚子國變記》）。李鴻章既然是這樣的態度，如今又借得侵略者的力量，怎肯放過董福祥！奕劻和李鴻章給軍機處的來電說：“伊等（指侵略軍的談判代表）謂莊王、董福祥窮凶惡極，非殺不可。”類似內容的電文、奏折接二連三飛向西安。結果，慈禧太後對其他各個“罪魁”都按侵略者的要求一一遵命照辦，已如前述。但對董福祥總下不得手，成為對付侵略者要求懲治“罪魁”中的一個難點。
光緒二十六年十一月，慈禧太後傳旨說，對董福祥“本應予以嚴懲，姑念甘肅地方緊要，該提督人地尚稱相宜，著從寬革職留任。
其所部各軍，現著裁撤五千五百人，仍著帶領親軍數營，克日馳回甘肅，扼要設防，以觀後效”。這是將董“革職留任”，又裁撤所部人數。無奈侵略者不答應，慈禧隻好作進一步的處理，下密旨說：
“革職留任甘肅提督董福祥，統兵入衛，紀律不嚴，又不諳交涉，率意魯莽，圍攻使館，雖係由該革王等主使，究難辭咎。本應重懲，姑念在甘肅素著勞績，格外從寬，著即革職”。
這是由‘革職留任”改為“革職’。侵略者仍然不滿意，並且說“有人庇護，縱奸不辦”。這個“有人”的“人”，誰都知道是指的慈禧太後。但慈禧太後仍不肯加重處理，給奕劻、李鴻章發電，教以辯解之詞，說董福祥“素為陝甘兩省漢回所傾服（按：事實是否如此，是另一回事，但慈禧是這樣認為的），設辦理稍事操切，深恐激而生變，後患無窮。所難在此，實非有人庇護”。並且說，對於董福祥的處理，“斷自朕躬”，再無改變之餘地。慈禧太後說了斬釘截鐵的話，李鴻章不好再開口，隻好前去哀求洋大人高抬貴手。在侵略者一麵，既然他們所提各項條件，清廷都接受了，僅剩下董福祥一人的問題；而且確實有個西北少數民族地區的穩定問題，假設此地再生事端，慈禧太後這個“總管”坐不穩，賠款及條約中其他各項的實施都會遇到麻煩，所以最後隻有“遷就”了。由此可見，並不是慈禧太後對董福祥有什麼特殊的恩典，隻是她害怕陝甘兩省回漢人民造反！是陝甘以至西北幾千萬人作後盾，才使董福祥得以保全首領。
當然，平心而論，慈禧太後對董福祥的忠心並不懷疑，君臣之間的關係還是好的。“戊戌政變”中，榮祿急調董軍進京畿，是用以對內，即對付光緒皇帝；之後編為武衛後軍，又是在武衛前後左右四軍中，率先調入京城中的一支軍隊，說明董軍已僅次於神機、虎神兩營，有點皇家禁衛軍的味道。而且在光緒二十六年八月初的“上諭”說：
“董福祥現已馳抵行在，所帶馬隊，尚傳整齊。此後每日啟鑾，著以一半隊伍在前行走，以清蹕路，仍以一半隊伍在後行走，以肅輿從。特此諭令知之”。
這是慈禧太後對董軍信任的確證。在八月十五日慈禧出逃時旗兵在護衛中，一支槍走火，打碎了轎車上的玻璃，慈禧勃然大怒，從此下令，讓旗兵神機神虎兩營於“聖駕”五裏以外前行，不準靠近，於是扈駕親兵的重任就落在董軍的身上了。在西行一路中，又證明董軍是忠實盡職的，慈禧太後十分滿意。所以在西安行宮中，仍由甘軍值班護衛。這樣，君臣之間自然就建起了深厚的感情。據說，董福祥在離開西安陛辭之際，曾伏地大哭，慈禧也掉了眼淚，賜銀4000兩，批準董福祥帶家眷、親丁3000餘人一同返回甘肅。
一個革職的人，還帶這麼多的人一同返裏，這恐怕是少見的。即使如此，一個在戰場上與侵略軍浴血廝殺，在危難中忠心保駕的將軍，落得這樣的下場，也夠不公平的了。就連沒有多少發言權的光緒皇帝也憋不住了，他不得不說幾句話，給董福祥“硃筆手諭”說：
“董福祥知悉：爾忠勇性成，英資天挺，削平大難，功在西陲。
近以國步艱難，事多掣肘。朝廷不得已之苦衷，諒爾自能曲體。現在朕方屈己以應變，爾亦當降誌以待時；決不可以暫時屈抑，隳卻初心。他日國運中興，聽鼓鼙而思舊，不朽之功，非爾又將誰屬也！
尚其勉旃”（王學伊編《固原州誌》）。
話說得委婉而中肯。這位被剝奪了自主權力的皇帝，此時此刻，大概對董福祥的遭遇，有著感情上的共鳴吧！
光緒二十七年（1901年）陰曆正月，董福祥率家屬、親丁西行，回到甘肅固原。
喪權賠款百姓遭殃
光緒二十七年（1901年）元月，以光緒皇帝的名義，頒了一道“自責之詔”。詔中曆陳“皇太後”蒙難之苦，也提到“士大夫之流離者數千家，兵民之死傷者數十萬”。但造成這場災難的原因，並不是由於清廷自身的腐敗和各帝國主義的入侵，而是把罪責一腦兒說成“莫非拳匪所致”。對侵略者反而頗帶感激之情地無恥獻媚，說什麼“今茲議約不侵我主權、不割我土地……自不致強人所難，”因而“當視我力之所能及，以期其議之必可行”。這個顛倒是非的邏輯，其實是慈禧太後的心聲，也是為清朝廷政策方針定下的調子。既然“拳匪”是罪魁禍首，那麼，當初主張鎮壓義和團的官員自然就成了有功之臣。因而對上年五、六月間因堅持鎮壓義和團、反對反帝戰爭的而被處決的兵部尚書徐用儀、戶部尚書立山、吏部左侍郎許景澄、內閣學士聯元、太常寺卿袁昶等人立即下諭，一律平反。諭旨說：當時“經朕一再垂詢，詞意俱屬兩可，而首禍諸臣（按：指當時主張利用義和團的王公大臣）遂乘機誣陷，文章參劾，以致身罹重辟”。因此，現“均著開複原官”。這些信口雌黃的辯詞，翻雲覆雨的措置，直將政事國策視同兒戲！它無非是說，這些人當時的被殺，不過是“禍首諸臣”的過錯，至於慈禧太後則是“天王聖明”，毫無責任的。其實，人們都清楚，當時沒有慈禧太後的旨令，這些人怎麼會被殺呢？而且殺的也並不一定錯。現在為了取媚於侵略者，又重新翻案，是毫無道理的自我否定。