董福祥半生廝殺，身上負傷多處。年過花甲之後，體質漸弱。
光緒三十三年（1907年）嚴冬偶感風寒，觸動了舊創，疲憊異常，自知不起。剛過春節之後，即安排後事。有記栽說：
“人日（即正月初七）忽肅衣冠北向，展拜奉詔莊誦，揮涕漬襟。即而曰：修短有數，吾疾不瘳，天也。自憾無以報朝廷耳！吾聞之，子孫賢而多財，則損其智：愚而多財，則益其過，吾俸所盈餘約四十萬（兩），悉舉以助帑，毋違吾言。子孫自食其力可耳”（固原知州王學伊《董少保墓銘》）。
光緒三十四年（1908年）陰曆正月初九（陽曆二月二十日），董福祥病故於金積鴻樂村，歸葬於固原城南。據說，董福祥一生積蓄並不多，此四十萬兩，係其三千將士的曆年餉銀，因將士屯墾有收入自給而未領發。在他逝世前一年，他曾到蘭州陝甘總督署結算過這筆餉銀，故臨終遺囑，悉交國庫。《清史稿》本傳對這件事的記述是：“其子天純，輸銀四十萬濟帑複官”。總之，這筆款項上交國庫，是不含糊的。這在當時，也是一般官將難以做到的事，它也反映了董福祥為人的一個方麵。
據甘肅鎮原縣舉人慕壽祺所著《甘寧青史略》所記，光緒三十三年，即董福祥逝世前一年，那位參加劾李鴻章的秦安人安維峻，曾到過金積堡一次，在該地祥泰魁商號，安與董二人會晤飲宴，“酒酣客醉，話同治時事，舌鋒肆出，酬答流泉，顧盼自雄，英姿颯爽，猶想見沙場征戰時也”！慷慨任氣，性格豪爽的沙場老將形象，栩栩如生，似在目前。在這裏，我們不是全麵評價董福祥。他降清後鎮壓回民起事，是過是罪；但收複、戍守新疆，特別是庚子之役與侵略者英勇作戰，則是有功的。就其結局而言，一位作戰英勇，有功於國的將軍，因清朝廷的對外屈辱政策而獲罪被黜，從而報國無門，蟄伏無為，終至鬱鬱而終，實在值得千古同情！
馬家軍初奠規模
庚子之役，清朝廷以喪權辱國而結束。但它通過義和團的起義、反帝反侵略以及一些清軍與侵略軍的作戰，也顯示了中國人民的氣節和力量。侵略聯軍總司令瓦德西也認識到中國人民並不是好對付的，所以向德皇說了“故瓜分之議，實為下策”的大實話。
當然，庚子之役也給中國帶來許多危害和消極因素，除了喪失主權，賠款以外，留下的最大禍害，就是使袁世凱發起來了。庚子之前，他不過是個候補侍郎，兵不過七千。之後，他就由山東巡撫而直隸總督兼北洋大臣，他的兵，到光緒三十年（1904年）就有六鎮（一鎮相當於一師）之多。手下的爪牙，如馮國璋、段祺瑞、王士珍等一個個地都起來了，使他們成為近代北洋軍閥的鼻祖。特別由於慈禧太後對他的賞識和重用，使他的權勢越來越大。以致在光緒皇帝、慈禧太後死後，當政的載灃仍不敢下手殺他，隻能將他逐出朝中，從而使他終於成為能在辛亥革命中篡奪革命果實的罪魁，給中國再次造成很大危害。
庚子之役對甘肅以至西北來說，影響較為直接的，就是河州回族三馬的幾支武裝力量的初具規模。在此之前，盡管他們由起義而降清而鎮壓起事的回民，但也不過是一支不大的、局限於甘肅一隅的地方部隊。庚子之役中，他們在董福祥麾下，在反侵略戰爭中嶄露頭角，立有汗馬功勞，聲名四播。如果說，這對慈禧太後並不怎麼重要的話，那麼，回民部隊為慈禧太後扈駕西行，警衛行宮，又扈駕回鑾，對慈禧的印象就深刻得多了。慈禧太後對他們產生了好感，對他們此後的存在和發展，十分重要。一是通過馬福祥繼承馬福祿，馬麒繼承馬海晏，似乎形成一種不成文的慣例，即這幾支回民部隊一般是父死子繼，兄終弟及，從而使之一代一代地延續下去，不得落入外人之手。二是由於他們在清朝廷中掛了名號，青雲之路已通，從而提升還是比較快的。馬福祥於光緒二十八年（1902年）升為甘肅靖遠協副將，光緒三十年（1904年）調莊浪副將，光緒三十二年（1906年）升任西寧鎮總兵，遙領阿爾泰護軍使。宣統元年（1909）兼代巴裏坤總兵。馬安良為鎮南軍統領（相當於旅長），後任寧夏鎮總兵，但未到任，仍駐河州。馬麒為馬安良所部旗官，駐防巴燕戎格廳（今青海化隆）紮巴鎮，光緒三十二年七月升實力進為花翎銜循化營參將，其勢力由紮巴鎮擴展到循化地區。此後，他們就以這樣的地位和入民國，成為甘肅軍政舞台上可以左右局勢的強大力量。這就為其下一代，即馬鴻逵（馬福祥之子）統治寧夏、馬步芳（馬麒之子）統治青海，馬鴻賓（馬福祿之子）一度統治甘肅打下了基礎，影響甘肅以至西北局勢長達半個世紀之久。