同年十月，安集延頭目阿裏達什糾集布魯特頭目阿布都勒哈瑪，率數百人竄擾英吉沙爾、烏帕爾。劉錦棠派譚慎典、楊金龍、羅長祜、侯名貴、張俊等幾路追剿，斬殺阿裏達什及其眾300餘人。
光緒五年（1879）正月，阿布都勒哈瑪父子，糾集安集延條勒愛克木汗、阿希木汗等，率眾2000多人進擾喀什噶爾城以西、以南地區，劉錦棠令方友升，譚慎典防守烏帕爾，命張俊、董福祥各率1000人分道趨烏帕克恰提，自率大軍設伏。各路分進會擊，追剿不舍，先後斬殺阿希木汗以下1200餘人。愛克木汗、阿布都勒哈瑪僅率殘眾100餘人過黑子裏達阪逃回俄境。
同年七月，愛克木汗、阿布都勒哈瑪複糾集數千人進擾烏魯克哈提，並西竄至葉爾羌邊色勒庫爾，圍城猛攻。劉錦棠親率2000餘人自喀什噶爾出發追擊。八月，敵寇聞訊，北竄庫倫可，相距已逾四站之遙。劉錦棠急令董福祥督隊躡追，自護輜重繼進。董福祥、張俊率部追至空穀根滿斯，見牛羊鮮血盈地，知敵蹤不遠，乃選精率乘隊騾隨馬隊，令張俊率領先進，董福祥率步隊繼之。張俊追至木吉，追上敵寇，敵寇見清軍人少，回馬廝殺。張俊“令總兵夏辛酉、提督張宗本率西征1營1旗馬隊擊其左，總兵田九福之董字左營為接應；提督方友升率靖營馬隊擊其右，提督胡登花、石蘊玉之定遠左右兩營為接應，自率董中營、定遠中營隊伍由中路擊之。”敵寇頑抗，不肯稍退。後來敵寇指揮被我馬軍槍擊落馬，清軍乘勢掩殺，“張俊又率所部由中路奮威衝殺，人自為戰，無不一以當十。
賊遂大潰狂奔……沿途賊屍枕藉。初九日，直追裏子拉提達阪下，該逆僅剩百餘騎，翻山亂竄。張俊等以過山即係俄屬阿來地界，乃止不追。”董福祥在木吉平川，追斬“賊約二三百”，奪回賊寇搶掠的大批牛羊、物資。“計是役共殺賊寇二千數百名”，“生擒悍賊63名”，其中包括阿古柏前派充喀喇沙爾及烏什的“大通哈”（即大管之意）等要犯。左宗棠上書清政府說：“幸董福祥、張俊等迅厲無前，士氣競奮，四晝夜馳800餘裏，人未交睫，馬未卸鞍，接仗時猶複倍加抖擻，愈接愈厲，卒能殄此狂寇，大振軍威。惟此次師行所至，率皆荒夐阻絕，自來人跡罕到之區，石壁冰梯，直插霄漢，鳥道陡絕，士馬均須猱附而升。……加之煙霧嵐瘴濃濁異常，中者不省人事，致弁丁柒患急症者多，而戰馬糧馱之墜崖及勞傷以死者更難數計。蓋自出關以來，行軍之艱阻勞瘁，未有若斯之甚者也”。清廷獎勵有功人員，“賞給道員羅長祜騎都尉世職。提督董福祥、張俊頭品頂戴。”
經過這次殲滅性的打擊，敵寇才再不敢來犯，南路始臻安定。
收回伊犁沙俄侵占伊犁時，曾聲言俟中國收複烏魯木齊等地，便將伊犁交還。南北兩路平複後，沙俄又托言中俄邊界屢有衝突，應俟解決後再交還。清政府派滿人崇厚去交涉，崇厚在俄人威逼哄騙下，於光緒五年（1879）十月與俄簽訂《裏瓦吉亞條約》，喪權辱國，朝野輿論嘩然，清政府拒絕批準此條約。光緒六年（1880）正月，清政府改派出使英法大臣曾紀澤到俄重議，同時命左宗棠統籌戰守。左宗棠計劃分兵三路規複伊犁，東路由金順負責，扼守精河一帶；西路由劉錦棠負責，自喀什噶爾取道烏什，經布魯特，北取伊犁；中路由張曜負責，從阿克蘇直向伊犁。並積極籌添兵力，除給三路各加人馬以外，還調配接防部隊。同年四月，六十九歲的左宗棠率其大營及馬步十數營，自肅州啟程出關，五月抵哈密，駐節城西鳳凰台，坐鎮指揮和接應各路。清軍將士同仇敵愾，準備與沙俄一戰。
但清政府不願輕易動兵，於同年七月召左宗棠進京，左宗棠保薦劉錦棠繼任督辦新疆軍務，張曜，金順為幫辦，同年十月啟程入關。
曾紀澤與俄多次交涉，據理力爭，於光緒七年（1881）正月，簽訂《中俄伊犁條約》，爭回了一些權益，收回了伊犁。但沙俄仍無理索要賠款盧布900萬元，且爾後又強占我國七萬多平方公裏的領土。
這次訂約，是晚清較為成功的一次對外交涉。我們稱道曾紀澤的愛國赤心和折衝樽俎之才，而左宗棠的積極備戰，的確也給這場交涉作了有力的後盾。
建裏行省新疆建省的主張，始於魏源、龔自珍，左宗棠主持尤力。他從光緒三年開始，多次上本清廷，陳述新疆建省的理由，直到光緒八年（1882）在其兩江總督任上，還上書陳說。光緒十年（1884）十一月十六日，戶部奏準新疆分建為行省，裁撤辦事、幫辦、領隊、參讚各大臣及烏魯木齊都統，任命巡撫、布政使，設道、州，廳、縣，加強新疆的經營。