在安集延慘敗之際，英帝竟公然向清政府提出：讓安集延交出北路，在南路立國，雙方息兵。左宗棠上書清政府雲：“安集延侵我回部，諂附英人，英人庇之十餘年。……即別立國，則割英地與之，或即割印度與之可也，何為索我腴地以市恩”。清政府采納這一意見，嚴詞拒絕。
南路之役南路當時設有八城：喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什為東四城，喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌、和闐為西四城。清軍劉錦棠派湯仁和、董福祥於七月中旬率隊由托克遜經蘇巴溝、星星子、烏沙塔拉至曲惠，又派張春發、張俊由伊拉湖小道至曲惠，沿途開鑿井泉、擔負薪草，為大隊開路。劉錦棠率大隊後進，至七月二十六日，各路在曲惠會齊。劉錦棠複命餘虎恩、黃萬鵬率14營傍博斯騰淖爾西行，出庫爾勒之背為奇兵，自率大隊由大路指向開都河為正兵。時白彥虎為阻清軍，壅塞開都河水，泛濫闊至百餘裏，深可沒頂，淺亦及馬背。清軍將士不畏艱險，鳧水逕渡，行120裏，到達開都河東岸。九月初一日進至喀喇沙爾，又前進至庫爾勒，因人民均被白彥虎裹脅而西均屬空城。時軍糧已盡，幸覓得城中窖糧數10萬斤，才得接濟。繼續西進，沿途與白彥虎時有接觸。九月十日黎明，以遠鏡瞭之，步騎數萬，持械者才千餘人，餘悉回民老幼挽牛車隨軍以行。乃勒眾分為兩道，下令惟執械者斬。寇委難民行數裏回鬥。
官軍如牆而進，所向皆靡。於是令陶生林護還難民。九月十一日進至庫車城時，雙方再次交戰，清軍斃敵1000餘人，收複庫車城。自庫爾勒至此，“凡6日，行900裏，拔出難民以10萬計”。九月十五日又在上銅廠交戰，清軍“斃賊數1000名，生擒賊260名。……
提訊擒賊，半係陝逆，半係安夷。訊知白逆本不敢戰，因安集延各酋再三促之，始嗾死黨抗拒，因而致敗”。十八日克阿克蘇，此時絕大多數回民已不隨白彥虎，“城內纏回十數萬，則皆守城以待官軍者”。繼又攻克烏什，東西城盡複。
和闐伯克呢牙斯歸順清軍，得悉清軍已過庫車，乃率眾攻取葉爾羌。伯克胡裏率5000人自喀什噶爾來援，呢牙斯戰敗。伯克胡裏占領和闐。在喀什噶爾的叛將何步雲此時反正，率滿漢民數百人據守漢城。具報白彥虎到喀什噶爾助攻漢城，劉錦棠命餘虎恩率5營取道爾巴楚克，馬納巴什；黃萬鵬、張俊率9營取道布魯特邊境進兵喀什噶爾。劉錦棠自率大隊駐巴爾楚克、瑪納巴什，以扼形勝。
另派董福祥率部攻取和闐。清軍於十一月十三日攻克和闐，伯克胡裏、白彥虎相率逃走。清軍留張俊率部守城，大隊繼續追擊。伯克胡裏逃往布魯特，後入俄境。白彥虎逃往東北方向，劉錦棠令餘虎恩、黃萬鵬、肖元亨等於十六日追至岌岌槽，生擒其元帥馬元，陣斬其副帥白彥龍。次日續續追擊，遇有俄屬布魯特部眾五六百人攔路，聲稱白彥虎已進入其境，中國追兵非先知照，不得便過，隻好作罷。事後，“生擒各賊僉供白彥虎於秋杪已遣甘回馬壯齎所掠金銀貨寶由俄屬布魯特赴俄國買路求生，至今未回。此次一聞官軍驟至，即與叛棄前瑪爾巴什守備馬振威、甘回索老三、黑寶才、馬良會等先行竄走。”“白彥虎一股竄過瑪克時，正值大雪，凍僵無數，於一二百騎於十一月二十四日到俄界納林河橋，俄人收其軍械，放令過橋而去。”
十一月十七日收複葉爾羌，二十日收複英吉沙爾。十一月二十九日董福祥到達和闐，追捕安集延殘敵，諭撫城鄉頭目。十二月初二日在城南山區，陣擒安集延大小頭目40餘人及其眾320餘名，和闐遂平。至此，南路盡複。清軍俘獲甚多，其中俘虜阿古柏子女9人，金相印父子也被俘獲。經審訊正法者1166人。獲後膛進開花大炮7座、開花螺絲銅炮4座、前膛進子開花銅炮100餘座，戰馬1萬數千匹，槍械彈藥甚多。
收複新疆之役全麵告捷，清廷對參戰將士進行獎掖。左宗棠由一等伯晉升二等侯，劉錦棠由騎都尉世職晉升二等男，董福祥賞給雲騎尉世職，張俊賞穿黃馬褂。
四、善後措施
追殲進擾之敵接納逃犯，沙俄將伯克胡裏，白彥虎接至境內後，就唆使、縱容他們屢次進犯我境。戰後兩年中較大規模的戰爭就發生四次。
沙俄先將白彥虎置於阿爾瑪圖，又徙至托呼瑪克。光緒四年（1878）八月至十月，白彥虎唆使金山、馬良會率其黨羽進犯烏什邊界台站，劉錦棠派羅長祜追擊，日夜兼程400裏，擒殺金山及其黨羽200餘人，同時張曜部殲滅一股進擾烏什阿依他溝之敵。