反對者稱，玻爾檔案館公布的材料表明，玻爾在信中明確指出，海森堡曾說過，他曾竭盡全力地花了兩年時間研究原子武器。
辯護者的觀點是，這隻是玻爾自己的理解。玻爾當時並不清楚反應堆與原子彈之間的區別。海森堡所言，是說經過兩年的研究後，他得出結論：原子彈在理論上是可行的，但很難製造，無論從技術上，還是經濟上都是這樣；而反應堆除了理論上，實際當中也是可行的，也比較容易製造，以後他將隻研究反應堆。在海森堡還沒有完全解釋清楚之前，玻爾就中止了談話。很顯然，這是一種誤解。
反對者堅持，如果是這樣，為什麼海森堡不阻止納粹的計劃？他去哥本哈根的“真實目的”是想從玻爾口中了解盟國在原子彈方麵的研究進展。
辯護者感到好笑，海森堡用不著阻止納粹的計劃，因為早在1942年，納粹就放棄了這個計劃。他們從海森堡處得知，研製原子武器需要許多年，並且投入非常大。納粹沒有耐心等待，他們需要更直接有效的武器。海森堡去哥本哈根的真實目的並不邪惡。
反對者認為，海森堡，還有他的那個“謀士”魏茨澤克，通過容克的《比一千個太陽還明亮》，為自己洗清罪名，把自己打扮成是因道德考慮而主動放棄原子彈研究的，這是一種十足的虛偽，他在戰後反對核武器，是一種不自然的表現。
辯護者認為，新聞記者容克在他的書中作了許多不必要的誇張和推廣，有許多失真之處。無論海森堡本人，還是魏茨澤克都給他寫過信，指出書中的不實之處，但容克在該書1957年的丹麥版本中，隻摘出了海森堡出於禮貌而對他的工作表示感謝的話。
玻爾對這本書非常反感。正是容克的這本書給海森堡幫了倒忙，對海森堡人品的議論也由此開始。世人普遍認為是海森堡委托容克來作宣傳的，這與事實不符。盡管戰後海森堡多次在不同場合宣稱，二戰期間德國科學家並非不能，而是基於良知而故意隻作反應堆的研究，但海森堡並不知道容克的意圖。他無意把自己打扮成一個納粹的消極怠工者的形象。
可見，持不同見解的人的觀點是何等的對立。從已有的材料來看，發生在玻爾和海森堡之間的誤解構成了一出永恒的悲劇。也許海森堡當時還想以一種相互信任的方式與玻爾交談，但是他忘了當時的情形——丹麥是一個被德國占領的國家。自戰爭爆發以來，他與玻爾已有兩年多沒有聯係，玻爾把他看成是德國占領軍的代表，懷疑他是代表德國政府來遊說的。海森堡一點也沒有察覺到這其中的心理差異，這從另一個側麵也折射出一些德國人身上習而不察的自大感和優越感。
玻爾為人相當厚道。戰後他之所以沒有發出那些已寫好的信，是不想傷害海森堡的感情。那些未完成的草稿，表明了他內心的彷徨，他不知道是否應該向海森堡講明自己的感受。在海森堡60歲生日時，玻爾給海森堡寄去了熱情洋溢的祝壽信，高度讚揚了海森堡的成就。也許有人認為這純粹是出於一種禮貌，但是，另一些事情卻很難將這種關係界定為僅僅是出於禮貌。當海森堡被關在英國的“農舍”時，玻爾也與海森堡保持著通信聯係。戰後玻爾還訪問過海森堡在哥廷根的家，後來他們兩家還一同去希臘遊玩。可見，僅僅出於禮貌是很難維持這種關係的。
或許玻爾始終以一種師友的身份在等待著海森堡的自我檢討。遺憾的是，這種情形一直沒有出現。可以肯定，在海森堡的心中，不能恢複與玻爾之間原先的那種親密無間的關係，是他永遠的痛。
二戰結束後，海森堡與玻爾在1947年又一次見麵。他當時已獲知玻爾對1941年的訪問有著與自己完全不同的理解。但他並沒有為自己辯護。按他的說法，如果這樣做的話，一定會勾起雙方痛苦的回憶，因而作罷。海森堡的餘生一直為他與玻爾之間的誤解而憂心忡忡。或許他根本就沒有意識到，玻爾也一直在思考1941年會談的問題。如果玻爾把這些信當時寄出去的話，他們之間的誤解也許就會消解了。
不過，海森堡的言行確有前後不一，文過飾非之處，加上有些“謀士”的辯解，使本來就異常複雜和不確定的海森堡形象變得更加無從定位。他雖不熱衷政治，但不幸被深深卷入其中，進退兩難，盡管在恐怖的納粹德國沒有人能保住尊嚴，但他的所作所為仍有檢討之處。正是由於他在德國科學界享有崇高的地位，他才更應該謹慎對待自己的一言一行。
海森堡在納粹德國統治期間的種種表現，是一出真正的曆史悲劇。而這種悲劇的結局是他自己也不能預料到的。
其實，人性都有弱點，即使是科學家也不能幸免，我們應從大局看：海森堡起碼沒有讓納粹德國擁有原子彈。人們應該這樣考慮：假若海森堡竭盡全力，德國是不會研製不出原子彈的。