1941年春天，魏茨澤克才找到機會去哥本哈根作報告。他利用這次機會為海森堡和玻爾會見作了積極準備。
應當時所謂“德國科學研究所”的邀請，海森堡與魏茨澤克於1941年9月一道前往哥本哈根參加會議。但玻爾拒絕出席德國科學研究所的活動，並對海森堡產生懷疑。
玻爾的兒子阿格·玻爾後來回憶說，海森堡與他父親和其他同事談到當時的軍事局勢時說，德國會打贏這場戰爭。其實這一點不奇怪，因為當時德軍已占領了差不多半個歐洲，並正向莫斯科推進。對海森堡來說，他沒法在公開場合懷疑德軍會打敗仗。
最後，海森堡終於找到一個與玻爾單獨在一起的機會。兩人進行了私下談話。現在看來，海森堡多半是接受了魏茨澤克的建議，勸誡波爾不要跟德國公使過不去。這次談話導致了玻爾對海森堡的疑慮，他認為海森堡從一開始就有目的地要將自己引向德方。兩人之間的誤解可能就此深深埋下了。
可以肯定的是，海森堡當時確實談到了原子彈的話題。這個話題之所以如此敏感，是因為海森堡參與了納粹的原子彈製造計劃。因此，海森堡在與玻爾交談時十分謹慎，很多話不能直說，這也因此給玻爾留下這一印象，即海森堡全力以赴地為德國製造原子彈。
事實上，德國當時的情況是，1939年9月，在陸軍裝備局領導下成立了“鈾協會”，研究如何將鈾裂變並用於軍事，但許多技術問題根本沒弄清，如製造一顆原子彈需要幾公斤或幾噸裂變物。此外，德國手裏當時除了有鈾—235外一無所有。
1939年12月，海森堡建立了鈾反應堆基礎理論，後來試驗成功。魏茨澤克的理論也證明，反應堆在運行時可以產生用於原子彈的裂變物質鈈。但是，1939年海森堡得出的結論卻恰恰相反，他認為，自然鈾在獲取核能時不會產生別的主要物質。也就是說，德國除了僅在進行核研究外，並沒有一個關於製造原子彈的具體全計劃。
那麼，海森堡是否真想請教他視同慈父的導師，或者真想與玻爾密謀共同研製原子彈，迄今仍是一樁疑案。但是，玻爾當時肯定是中斷了他們之間的談話，而且氣氛很僵，就像海森堡在結束談話幾分鍾後對魏茨澤克說的那樣：“全弄擰了！”
玻爾在談話20年後寫給海森堡的信中仍能讓人們感覺到，玻爾沒有將海森堡在公開場合與私下談話區別開來，也許，他沒有意識到海森堡對待他的真實想法。直到戰後，魏茨澤克在美國見到玻爾，並問起那次的談話情況時，玻爾仍說：“唉，隨它去吧！我知道，在戰爭期間，人人都是為了自己的祖國。”
那次不歡而散的談話除了說明兩人交流上的失敗外，還說明了海森堡在政治上的幼稚和感情上的一相情願。可能他根本就沒有意識到，從一開始，丹麥科學家玻爾就從未把他當成朋友或保護者，而是僅僅把他視為占領軍的代表。
圍繞這個像謎一樣的問題，海森堡的辯護者和譴責者有過激烈的交鋒。
辯護者稱，海森堡從未主動要求去國外訪問。他出使丹麥、匈牙利和瑞士等國，完全是官方刻意安排的。在海森堡被稱之為“白色猶太人”之後，納粹官方安排他出訪，是對海森堡的承認和平反。如果拒絕，將會導致嚴重的後果。海森堡進退兩難，沒有自主權。
對於一些德國人，尤其是像海森堡這樣的非納粹（或反納粹）人士，存在一個道德的兩難選擇——一方麵，他們並不希望希特勒主導戰爭；另一方麵，他們又都是強烈的愛國者，並不希望德國戰敗。對於他們來說，最佳的解決辦法是德國能避免戰敗，軍隊最終能擺脫希特勒的控製。雖然現在看來這個過是一個不切實際的幻想，但當時這種想法卻是非常現實的。由於納粹的片麵宣傳和有意隱瞞，德國民眾隻知道蘇聯的斯大林搞過大清洗，而對納粹德國的奧斯維辛集中營卻一無所知。一些高級將領想通過刺殺希特勒來避免失敗。通過與反對派接近的“星期三聚會”，海森堡本人知道這些情況。毋庸置疑，他內心是討厭納粹政權的。在無法推翻它之前，最好是利用它。
反對者則稱，海森堡當時相信德國能在很短的時間內取得勝利，他根本沒有掩飾自己的態度。海森堡的目的至少是勸說玻爾冷靜地對待德國即將獲得的勝利。
對於這一點，辯護者稱，海森堡其實並不希望納粹德國掌握原子彈。經過初步計算後，他就不想再進行下去了。海森堡已經得到了正確的結果，但他沒有向納粹當局講明真相，而是誇大了製造原子彈的難度，因而也拖延了研究進程。
反對者也稱，海森堡並不是不想製造原子彈，他竭盡全力為納粹服務，隻是由於他的錯誤而導致德國的計劃沒有成功。海森堡沒有仔細計算“臨界質量”。按他的計算，製造原子彈需要成噸的純“U-235”，而他估計盟國一年隻能生產30公斤“U-235”。
辯護者認為，這種說法已遭到海森堡本人的有力駁斥。在《部分與整體》中，海森堡對他當時的心態作了很好的描述。