麵對敗局已定而又決心孤注一擲進行拚死抵抗的日本，任何在以後的作戰中盡最大可能減少美軍的傷亡就自然成了杜魯門關注的焦點。
杜魯門總統是美國三軍的最高統帥，同時他又是一個政治家。在對待是否動用原子彈這個問題是，他還有另外的一種考慮。
美國為了研究原子彈可謂耗資巨大，如果不在實戰中得以應用，那麼，他就無法在國會和國民而前交待，那樣人們就會懷疑花費巨資研製的原子彈的意義和價值。
在政治上，雖然當時美國和蘇聯是盟友，但是兩國受到自身利益特別是意識形態上的根本區別，兩國必定要成為敵人。因此，美國不會也不願意讓蘇聯在太平洋戰場上以很小的代價取得很大的利益。杜魯門一定要在蘇聯參與進來之前打垮日本的鬥誌。他要提高美國在戰勝日本中的地位和作用。
從上述種種問題的分析看，能夠在戰略上及心理上給日本人以沉重打擊的手段，並盡快促使日本投降的最有效途徑，就是使用那個令杜魯門和軍方極感興趣的“可怕的新家夥”——原子彈。
更讓杜魯門心動的是，在世人麵前展示一下這柄利劍的鋒利，將會給美國在戰後的世界地位鋪下一塊堅實的基石。這對任何一位美國總統都將是極大的誘惑，杜魯門也難以拒絕這些。
但是，杜魯門總統畢竟是政治家，在日本投降的問題上盟國給了日本最後一次機會——在《波茨坦公告》中，再次敦促日本投降。
7月28日，針對敦促日本投降的《波茨坦公告》，日本首相鈴木表示：“本國政府……除了完全不予理睬並堅決把戰爭進行到勝利結束以外，別無他圖。”隨後，陸軍大臣阿南上將又在《告全軍將士》中叫喊：“事已至此，夫複何言；惟有毅然保衛神州，將聖戰進行到底而已。縱使啖草茹泥，匍匐山野，隻要堅決戰鬥，相信死地自有活路……”
日本的強硬態度，促使美國人堅定了使用原子彈的決心。在決定使用原子彈攻擊城市的問題上，軍方的一致意見是：雖然不能以平民區為目標，但應對盡可能多的平民和最高決策當局造成極其深刻的心理影響。為此，有必要選擇一個有軍事和政治雙重價值的大城市，並且為防止日本用盟軍戰俘作盾牌，不能事先警告；杜魯門同意了這個意見。
最終，兩顆原子彈落到了日本人的頭上。
兩顆原子彈當時造成了30萬人的死亡，終於使裕仁天皇開了金口：“現在已經到了承受不可承受的結局之時了。”隨著電波的傳送，蠻橫飄揚在他國的日本軍旗，頹然落地。
雖然杜魯門在戰後回答人們向他提出的是否在決定向日本投放原子彈時很傷腦筋的問題時，做了一個輕彈手指的動作，並輕描淡寫地說：“不，就像這樣。”但是，可以肯定的是，原子彈的殺傷效果在這位美國總統的腦子裏絕不是無足輕重的，否則他不會拿這種武器與龐大的登陸計劃及轟炸計劃相衡量。
從杜魯門的角度分析，他有百分之百的理由投放原子彈，但從人道的角度分析，死在原子彈爆炸中都是平民，這又讓人難以接受，畢竟百姓無罪，但他們卻作了那些玩政治人手中的替罪羊。