盟軍的統帥們心中明白，麵對日軍的殊死抵抗，在“傷亡比”上，盟軍並沒有占多少便宜。因此，在盟軍基本已穩操勝券的情況下，在此後的對日作戰行動中，如何盡量減少自己的傷亡，自然成為了盟軍方麵首先要考慮的問題。
據美軍參聯會估計，對九州和本州的兩棲進攻和隨後的陸上戰鬥中，美軍的傷亡情況是：在九州，陣亡和失蹤21000～27500人，傷85000～105000人；進攻本州以及預計在東京平原的戰鬥將陣亡22500人，傷65000人。這與麥克阿瑟的估計也很接近。馬歇爾則預計，登陸作戰中美軍至少要傷亡25萬人，多則達100萬人，日軍方麵的傷亡人數也大致一樣。美海軍因考慮到自殺飛機的威脅，更傾向於悲觀的估計。
太平洋戰區司令尼米茲海軍上將也認為，進攻被強大的海空力量切斷後路的島嶼的戰例，不能被用做估計進攻有充足後援的日本本土時的依據。衝繩離日本本土的自殺飛機基地還有563公裏，而本州離日本本土太近，到時，美國軍艦就將成為靶子了。而且那時日軍自殺性武器的數量將會數以千計，令人防不勝防。
在這些自殺性武器中，數KORYUD型袖珍潛艇叫人害怕。這種5人潛艇以16節的速度能在水下行駛40分鍾，以2.5節的速度則可支持50個小時，一般裝兩枚魚雷，魚雷不夠時，則幹脆裝炸藥包。這樣的潛艇日本每月可生產180艘，日本海軍當時擁有540艘。另外，日軍還計劃到預定的美軍進攻日期時，擁有740艘更先進的KARYU潛艇。這種兩人潛艇也裝兩枚魚雷或炸藥包。日本海軍還培訓了“人雷”，即由潛水員攜帶裝有觸發引信的炸藥包遊到登陸艇上炸毀它。當時日軍已組成了650人的“人雷”營，並打算在盟軍登陸前組織到4000人。至於海岸邊的淺水水雷就更不用說了。盟軍的運兵船和兩棲艦將是凶殺武器的首要攻擊目標，這會給船上的登陸部隊造成很大大傷亡。有人估計，登陸船隊的海陸軍傷亡將比衝繩高10倍。
同時讓盟軍的統帥們不得不考慮的另外一個因素是：日本人是如何對待盟國戰俘和被捕的盟國平民的。在菲律賓被害的約10萬平民有不少是死在美軍即將解放馬尼拉之前日軍的大屠殺中的，至於在中國等地，日軍的暴行更早已駭人聽聞。
當然，在美軍的心中留下最深陰影的還是日軍殘酷虐待不幸落入其手中的戰俘的行為。從1942年4月巴丹陷落後，美、菲戰俘的“死亡行軍”，到修築265英裏的桂河鐵路的27萬名亞洲人和6.1萬名盟軍戰俘分別死了87500人和12568人的嚴酷現實即可窺見一斑。戰後的統計也證明了這一點：被德、意軍俘虜的235473名英、美戰俘死亡4%（9348人），而被日本人俘虜的132134名美、澳、英戰俘死亡27%（35750人）。
另外，美國通過破譯日本密碼，了解到日本正在本土積極備戰的重要情報。情報顯示，日軍方已要求駐歐洲中立國的外交官了解德國在歐洲戰場的最後防禦階段的情況，以便吸取教訓。
其他證據也表明，日本正在製定戰至最後一人的防禦計劃。他們的如意算盤是：如果他們能成功地使美國人在九州作戰中遭受難以接受的損失，使美國人民相信對日本的大規模登陸會帶來美軍的巨大犧牲，並使他們感受到日本軍隊和平民的決死戰鬥精神，美國政府就會在來自國內公眾的壓力下，取消或者延遲在東京地區的關鍵戰役。這樣他們就可能贏得時間來爭取得到有利的投降條件或者是其他方式的談判。