第二階段是自中宗元年至明宗末年，這是朝鮮書院大發展的準備階段，主要背景是官學的衰落。自朝鮮世宗以來，科舉流於紊亂，貴族子弟可以不經科舉而入仕為官，出身寒門的儒生即便學業優秀，與貴族子弟相比也無優勢可言，使得相當一部分儒生，對繼續就學於鄉校失去興趣；而鄉校因優秀生源的流失，也吸引不到優秀儒士講學；中宗（1506—1544）時期，作為官學的鄉校進一步衰落，社會聲望蕩然無存，就連作為最高學府的成均館及四學中的儒生，竟然“全不聚會，師長亦不勤教誨”；各地鄉校更加混亂不堪，甚至出現了“托名儒籍，年幾六十而不識一字”者。這些情形縱然有所誇張，但至少是朝政腐敗在官方學術領域的反映。對社會負有強烈使命感的儒士們，意識到“唯有書院之教盛興於今日，則庶可以救學政之缺”。因為書院的私學性質，得以在一定程度上擺脫官方僵化意識形態的束縛，更具活力。這樣的社會背景，成為促進書院發展的推動力。另一方麵，中宗時期受到明朝大肆立祠、推行崇儒尊賢政策的影響，對促進朝鮮書院從單一的講學功能轉變為廟、學並重的形態，起到了重要的影響。經過著名學者如鄭夢周、金光弼等人的積極推進和身體力行，建廟立祠開始在朝鮮儒士中成為一種風氣。
根據韓國學者中比較公認的觀點，朝鮮的書院始於李混所創之“白雲洞書院”，因為書院講學功能的逐漸強化與李混的努力是分不開的。白雲洞書院在李混的努力下，名聲得以廣播，因而於朝鮮明宗五年（1550）得到朝廷賜額，更名為“紹修書院”，更是促進了士大夫設院講學的風氣。自此之後，書院的地位日益得到重視，在朝鮮全境開始普及，其中較著名且受朝廷賜額的如臨皋書院、藍溪書院、嵩陽書院等。這一時期設立的書院的數量相對並不甚多，而且與中國早期書院的情況類似，往往如寺刹般選擇山水清幽之地，遠離塵囂。這類書院重視的是學術品質，並不追求建築的宏大精美，有的還是“舍宅為院”或者“舍祠為院”，“斯是陋室，唯吾德馨”的意味頗濃，自然也沒有一定的標準形製，例如紹修書院的情況。
作為比較原始的書院，紹修書院係由佛教寺刹一宿水寺改建而來，直接將佛教空間轉換成儒學空間，因此以後的書院格局在這裏並未得到體現。書院中祭祀空間與講學空間雖然已同時出現，但相互間的關係比較鬆散，看不出什麼有意識的聯係。在講學空間中，講學用的講堂和儒生們住宿讀書用的齋舍之間也無明確的關係；書院的正門也隻有一開間，並未如定型化後的那樣成為三間（外三門）。這些特征說明，此時朝鮮書院的建築形式和空間布局仍在摸索之中，從另一個側麵也說明儒家的倫理禮儀秩序對書院建築的影響是決定性的，因為定型後的書院與寺刹相比，在同樣的社會背景、同樣的用地條件下，卻表現出與寺刹完全不同的模式。
7.2.2.2繁盛期（16世紀中葉—17世紀中葉）
朝鮮書院發展的第二個時期可以認為是從明宗末年到顯宗（1660—1674）時期。這百餘年是書院繁盛和形製定型的時期，而且幾乎與中國明代萬曆年間書院發展高潮同步。從朝鮮自身的曆史背景來看，這一時期以儒學為根本的士大夫階層取得了政治上的主導權，從行政的角度大力推行書院的設立，如朝廷頒布大量賜額，刺激書院的發展；頒賜土地（謂之學田）並免除學田賦稅；允許書院蓄奴，而且這些院奴免於國家徭役，如此等等。這些措施，有力地促進了書院的蓬勃發展。另一方麵，各地儒士對書院講學模式逐漸熱衷，也成為了書院發展的重要動力。在這樣的背景下，從朝鮮慶尚道先端的書院迅速擴散到全羅道、忠清道、京畿道乃至漢江以北地區。儒士們的活動更加自由活圖7.13紹修書院現狀總平麵躍，大大地促進了書院在全國範圍內的發展。
隨著儒學教育的發展，書院的功能也發生了一定的變化。與早期書院高度重視祭祀功能有所不同的是，這一時期書院的講學上升為核心功能，進而引起了書院空間配置形態的變化，形成了以講學空間為中心的書院布局模式。這一時期書院甚至取代了日益僵化沒落的鄉校，成為朝鮮儒學發展的“基地”，代表性的書院如西嶽書院（1561）、道東書院（1568）、玉山書院（1573）、陶山書院（1574）、德川書院（1576）、屏山書院、魯岡書院（1675）等。
道東書院亦由李混創建於1568年。建築布局參考了山地型寺刹的配置形式，主要軸線南北向，門樓、講堂、祠堂位於軸線上。玉山書院位於月城，創建於朝鮮中宗二十七年（1573）。書院一如中國的白鹿洞書院，選址於青山秀水之地，還設有溪亭等觀賞遊樂設施。屏山書院為紀念柳成龍而建，正門為麵闊7間的晚對樓，從樓下進入講學空間。晚對樓事實上類似於開放之亭，供師生講論及觀賞風景之用，表現了書院相對於鄉校的開放自由的教學空氣。講堂懸額名“立教堂”，其前配置東、西齋；祠堂稱為尊德祠，獨立成院。陶山書院依山而建，主要軸線東南向，建築群以作為講學場所的典教堂為中心，其南對稱地配置東、西齋作為儒生生活和學習的所在。作為祠堂的尚德祠配置在西北角，居次要地位，明確地反映出這一時期廟、學關係的主次變化。