3.2激勵工作中存在的主要問題
可以說，上述措施已經在一定程度上起到了激勵的作用，促進了高校科研管理工作的發展。但是，由於受到了各方麵條件的限製和影響，人們在運用激勵理論進行實際操作中，仍遇到不少問題，沒能使激勵的效能最大程度地發揮出來，這是值得思考和改進的。主要體現在以下幾個方麵：
（1）缺乏係統觀念的指導，沒有形成完整的激勵體係。首先，就激勵方法而言，沒有處理好激勵的種類選擇與有機結合之間的關係，常常是隻以單種激勵方法來單兵作戰，沒能形成各種方法之間的統一指導思想，不能使它們有機地配合起來，相互支持，反而在采用多種方法的同時，會產生各自為政、相互抵觸的問題。第二，就激勵的縱深而言，則往往缺乏由低到高逐漸升級的層次性，不能適用處於不同需要層次的員工的激勵，不但起不到應有的激勵作用，還常常造成這樣一種事實，即在對一部分員工的負激勵。第三，在激勵的範圍和著眼點上沒有處理好點和麵的關係，往往隻注意“點”上的拔尖激勵，而不重視所有員工積極性的全麵提高，而且由於對優秀人才的激勵往往把握不好“度”，存在激勵過度、重複激勵和“馬太效應”等問題，既不利於優秀人才的培養，也不利於團隊建設和團隊精神的培養。第四，在時間分布上，激勵的係統性缺陷表現為它對受激勵者的作用在時間分布上呈現不一致。這是因為缺乏長遠考慮和足夠的預見能力，或受到短期行為的影響，不能實現可持續的激勵功效。
（2）物質激勵與精神激勵失衡。管理者重物質激勵而輕精神激勵，這樣會產生一係列不良的後果。第一，物質激勵的作用達到一定的程度後，就不再繼續產生效力；第二，會在一定程度上使某些科研人員產生攀比心理，缺失了應有的敬業精神和奉獻精神；第三，過分采用物質激勵，會使得維係高校科研凝聚力的因素過於單一，高校科研因此缺乏強大的精神支柱和核心力量。這種脆弱的凝聚力很難在高校遇到困難時發揮作用；第四，容易造成高校科研文化的庸俗化。科研人員得不到更高境界的精神享受，這既不利於他們的身心健康與全麵發展，也容易使得高校的發展完全為物質利益所驅使和左右。
（3）激勵工作沒有建立在科學的考核與評價的基礎之上。如一些高校的考核方案存在指標設置不合理、定性指標與定量指標的關係失當、各指標之間的權重不協調等問題，因此易發生人為的不公平現象。
（4）尚未構建起一種比較完善的基於知識和創新的激勵機製，不能適應知識經濟和我國加入WTO後形勢的要求。隨著知識經濟的來臨和我國加入WTO，傳統的分配和激勵方式必然要受到衝擊，如何建立適應新時代要求的激勵機製，是高校科研管理麵臨的新課題。科研的靈魂在於創新，高校科研工作的特點，決定它理應先於其他行業建立起一種基於知識和創新的激勵機製。然而，在科研工作中，盡管知識產權近幾年得到了前所未有的重視，但身份、資曆和勞動時間仍然是決定分配的最主要因素，而發明創造、知識創新和知識產權等因素仍然沒有得到應有的重視，科研人員在發明創造中應得的報酬與其所創造的價值遠遠不能對等。
4.高校科研管理中的激勵機製的構建
4.1激勵措施應因人而異
高校對教師的激勵不能千篇一律，應針對不同類型的教師采取與之相適應的激勵措施，以達到有效激勵教師的目的。青年教師進入教師隊伍的時間不長，他們活躍勤奮、工作熱情高，但在生活上剛剛自立，經濟上的需求占據其主要地位。因而，必須引入競爭機製促使其科研工作的展開：科研工作出色者，給予經濟上的補貼並考慮職稱破格晉級。此外，還要在學術上幫助其選擇科研方向，吸收他們參加課題研究，完成一些基礎的理論研究與實踐問題的探索。
中年骨幹教師在專業知識的深度和廣度，研究能力和教學能力等方麵，有較大的培訓提高空間，職務職稱評定的需求占據其主導地位。雖然他們收入增多，但家庭負擔較重，經濟上的需求同樣存在。對此應該做好職稱評定工作，保證其合理的經濟收人，促進他們將精力集中於科研工作。
學科帶頭人在專業方麵擁有十多年的積累與學習，其學識水平、研究能力、教學能力等處在一個較高的層次上。提高自身學術水平，掌握學科前沿理論和知識，進一步擴大學術影響，以引導和帶領學科的建設與發展，是他們的需要重點。因此，應給他們一個良好的工作環境，放手讓他們做科學研究，並鼓勵他們多帶年輕人，形成科研梯隊。
通過正確適合的分類，從而因人而異地製定激勵策略，才能達到最大的激勵效果。從社會人的角度來看，每個人都希望自己的成功能得到別人的承認和讚賞，從其職位的角度來看，參加各種會議和提供有針對性的培訓，與提高物質上的獎勵同樣不可忽視。當然，高校進入不同的發展階段，工作重心自然會發生轉移。因此，學校的激勵機製也要隨之做出相應的調整，通過最合適的激勵手段來激勵教師發揮潛能，共同完成組織的下一步目標。