鹿耳門水淺礁多，航道非常危險。這裏平時海水淺至一丈，漲潮時也不過一丈四五尺，而且航道很窄，隻能容兩隻船出入，又彎彎曲曲，海底都是沙石淺灘，荷蘭人又故意把損壞的甲板船沉在此處，港路更加複雜曲折，船隻一不小心，就會撞個粉碎。所以，荷蘭人憑恃鹿耳門是個“天險”，不加設防。他們將防禦的重點放在台灣城和旁邊的七鯤以及赤崁城上，在那些地方設有多處炮台，駐兵防守。
做了充分準備的鄭成功對攻打鹿耳門胸有成竹。原來，事先他已派人探測到從鹿耳門到赤崁城邊，在汙泥中衝流著一條迂回曲折的港路，這條港路一直不為人知，逢到水位高的時候，船隻可以很順利地駛進去。現在關鍵性的問題是掌握鹿耳門的潮汛，鄭成功從漁民處得知，每月的初一和十六是鹿耳門海潮水位最高的一天，於是，他就將進港日期定在四月初一。
這天上午，海水果然大漲，鄭成功指揮船隊沿著迂回曲折的港路，順利地駛進了鹿耳門，直抵赤崁城附近。一直以為中國船隊會從正麵進攻的荷蘭人，發現鄭成功等人衝進了台江，以為他們從天而降，個個驚慌失措。英勇的中國將士們猛烈炮轟敵艦，將荷蘭最大的一隻名為“黑克托號”的艦船擊沉。荷蘭在台灣的駐軍共有2000多名，這一仗就被擊斃了500多人，荷蘭傷亡慘重，退入城堡龜縮不出。
登陸的鄭成功部隊，受到台灣人民的熱烈歡迎和積極支援。在這種有利的形勢下，鄭成功將大軍移紮在台灣城附近的鯤身山上，準備攻打荷蘭殖民主義者在台灣的統治中心——台灣城。攻克台灣城，將意味著結束荷蘭在台灣的殖民統治。但是，台灣城卻並不容易攻克。荷蘭人稱它為“熱蘭遮城”，意思是“海上堡壘”。他們當初設計的時候，就將整座城當做一座堡壘，建築十分堅固，城基方276丈6尺，高3丈多，上下兩層，用大磚調油灰搗成，雉堞用鐵釘牢，城牆上每隔幾步，就有一個了望台，各處安著千斤大炮，環城四周的任一地方，都在射程之內。所以，鄭成功的部隊無論從哪個角度進攻，都躲不開敵人猛烈的火力，進攻幾次，均告失敗，並且傷亡不少。於是，鄭成功采納參軍蕭拱辰的建議，長期圍困台灣城，直至城中糧絕投降。
這一年的12月，已被圍困了足足8個月的台灣城中，荷蘭士兵死傷已達1600多人，剩下的不滿700人，彈藥、糧草幾乎用光，荷蘭人陷入了絕境。
時機已經成熟，鄭成功決定發動最後總攻擊。戰士們奮勇攻戰，一枚枚炮彈在城堡上爆炸開來，頃刻之間，瓦石亂飛，城牆上出現了缺口。荷蘭總督揆一見大勢已去，隻好投降。
公元1662年2月1日，曆史將永遠記住這一天。就在這天，西方殖民主義的代表——荷蘭第一次在正義的中國人民麵前低下頭來，承認自己侵略的失敗。
年僅38歲的鄭成功，坐在廣場中的帳幕當中，接受荷蘭駐台灣的最高長官揆一雙手獻上的降表，他向西方殖民者莊嚴宣告：中國的領土是不可侵犯的！台灣城上的荷蘭國旗灰溜溜地降了下來，被侵占了38年的台灣，重新回到了祖國的懷抱。
鄭成功收複台灣後，命兒子鄭經留守在廈門，自己帶了幾營親軍開發台灣。他打算在台灣發展生產，學習春秋時候越王勾踐十年生聚十年教訓的榜樣，為抗清複明做長期準備。可惜因為他長年在戰火中奔波，風裏來雨裏去，積勞成疾，損害了健康，於收複台灣不久患病去世。死時才39歲。
鄭成功死後，兒子鄭經掌握台灣，還一直控製著福建沿海的島嶼。後來，康熙帝統治期間，台灣接受了清政府的統治，這樣台灣與大陸歸於統一。