康熙帝這次探病也清楚了鼇拜的陰謀及其險惡用心；他的陰謀雖然還沒有成熟，然而已使朝政危在旦夕。因此康熙帝決定按太皇太後“陰謀應及早粉碎，免生後患”的旨意，回宮後及時把此事講述給祖母聽，然後又召集索額圖等親近大臣共同商討，進行了周密地安排，詳細地布置，把粉碎鼇拜的陰謀叛亂準備做得萬無一失。
諸事安排就緒後，康熙帝下詔，命鼇拜進宮議事，鼇拜裝病時，沒發現皇帝對他有疑心，因而仍如往常一樣，旁若無人地走進皇宮，見了康熙皇帝仍舊是不跪拜隻是哈腰，問道：“陛下召老臣有何吩咐！”康熙帝十分生氣，厲聲喝道：“鼇拜你可知罪！”鼇拜一聽心知皇上有疑，但一貫專橫的鼇拜根本沒把這年少皇帝放在眼裏，冷笑一聲，揮動著手臂傲慢地說：“臣奉先帝遺詔，輔政八年，何罪之有？”康熙帝見狀更加氣憤：“大膽鼇拜，結黨營私、違犯政令、陷害忠良、圖謀不軌，還敢說無罪！”一向蠻橫的鼇拜又拿出逼康熙誅殺蘇克薩哈的架勢、衝到禦案前張牙舞爪地質問康熙帝：“說我犯了這些罪，有何證據？”康熙帝大怒：“來人，拿下這個奸賊！”話音剛落，從後衝出百餘名年輕小將一齊奔向鼇拜。鼇拜見狀大吃一驚，但他畢竟是久經沙場的猛將，豈能懼怕這些孩子，又見他們都是赤手空拳，更不放在眼裏，竟揮拳與這些武士打起來，鼇拜做夢也沒想到，這些小將就是康熙帝幾年來精心訓練出來的，專門對付他的擒拿勇士。未幾回合，鼇拜就被打翻在地，五花大綁地跪在了康熙帝麵前。康熙帝擒住逆臣賊首，十分高興，立即下令禦林軍將鼇拜府團團圍住，將其兒子、弟弟、侄子、及其死黨全部擒獲歸案，並召集文武大臣上殿，公布鼇拜的罪狀，責令康親王傑書會同刑部進行審訊。
鼇拜專橫跋扈，朝野上下敢怒不敢言，今日被康熙皇帝擒獲，大快人心。眾大臣都佩服少年皇帝文韜武略過人。金殿上，眾臣你一條他一條列舉了鼇拜許多罪狀，經過歸納整理共30條，條條死罪，按清律應處以大辟之刑。其子、弟弟、侄子及其死黨也應處於死刑。康熙皇帝又進行了一次複審，色厲內荏的鼇拜，此時伏地受審，一一承認了這些罪惡。康熙帝姑念其有功於前，又年事已高，故從輕發落，將他與其子叛終身監禁，不久鼇拜就病死在獄中了。
康熙帝智擒鼇拜，給被他打擊和害死的大臣平了反，掃除一大隱患，他奪回權力以後，開始了清朝政治史上新的一頁。