康熙皇帝在除掉鼇拜以後，就開始考慮一件大事：削平“三藩”。“藩”指的是封建王朝的屬地。康熙皇帝所要消滅的“三藩”，指的是當時駐守在雲南、貴州的平西王吳三桂、駐守在福建的靖南王耿精忠和駐守在廣東的平南王尚可喜。這三個藩王原來都是鎮守遼東的邊將，後來又投降了清朝，充當了引路人，帶領清兵開進了中原地區。康熙皇帝就封他們為藩王，給予他們優厚的待遇。
吳三桂在鎮守雲貴地區之後，招兵買馬，擁有了10萬眾兵，他就在西南割據稱雄，做起土皇帝。他任命官吏與將領，不許朝廷幹涉，朝廷任命的雲貴兩省總督、巡撫，都要受他節製。他還利用西南豐富的礦產製造兵器，還囤積了大量火藥，製造火槍火炮。又鑿井煮鹽，用鹽與鄰省交換糧食布匹等軍需用品。耿精忠則利用沿海的有利地形，與海外私通貿易，大量走私，撈取大批金錢。尚可喜在廣東征收大量租稅，而且他性情殘暴，經常殺人取樂，毫無人性。
康熙帝不允許皇權旁落，更不允許國家分裂。吳三桂、耿精忠、尚可喜的胡作非為，康熙皇帝早有耳聞，而且他將處理“三藩”的問題時時刻刻銘記在心上。
康熙十二年（公元1673年），尚可喜自覺年老力衰，請求皇帝讓他回到遼東養老，把王位傳給他的兒子尚之信，繼續留鎮廣東，平南王府予以撤消。吳三桂聽到這個消息後，立刻找來謀士商量，他也寫了奏折給皇帝，請求撤藩。耿精忠見吳三桂也寫了奏折，他也連忙上了奏折，請求撤藩。
康熙帝在收到吳三桂、耿精忠的奏折後，立即交給郡臣商議，並且表示他打算將三個藩一塊兒撤消。不料，眾大臣之中，除了明珠、莫洛、米思翰等少數大臣同意撤藩，大多數大臣都不同意，他們害怕三藩聯合起來對抗朝廷；剛滿20歲的康熙皇帝，在明珠等大臣的支持下，他認為自己的削藩主張是正確的，就下詔批準了吳三桂、耿精忠請求撤藩的奏疏，叫他們各自返回家鄉養老，並在走以前把地方行政移交給當地的總督、巡撫。
吳三桂怎麼也沒想到康熙真會同意他的請求。他與耿精忠聯合起來，玩弄兩麵手法：一方麵裝出畢恭畢敬的態度準備撤藩，另一方麵迅速調兵遣將準備反叛。吳三桂想出一條妙計：他找來一個30來歲的姓朱的青年，在他的兩腿上各刺了一條龍，假稱是崇禎皇帝的後代，想複興明室。吳三桂借了崇禎皇帝的名義，起兵反叛清朝。
公元1673年11月，吳三桂終於打出“反清複明”的旗號。他自稱“天下都招討兵馬大元帥”，分兵兩路進攻湖南和川陝。第二年3月耿精忠在福建起兵響應，向浙江、江西發動進攻。公元1676年2月，尚之信也在廣東起兵響應，向廣西進攻，至此，三藩勾結反清，叛亂範圍擴展到雲南、貴州、福建、廣東、湖南、四川、陝西、甘肅、浙江、江西、貴州等11個省。