三藩叛亂，江南失守的消息傳到北京，朝廷上一片混亂。那些不主張削藩的大臣們又叫嚷起來，他們主張與三藩求和。可是主張削藩的明珠、莫洛、米思翰等怎麼也不肯退讓，他們主張平定三藩的叛亂。康熙皇帝堅定了他的削藩決心，決定派八旗軍全力討伐吳三桂，堅決鎮壓叛軍。
對耿精忠、尚之信，康熙皇帝則軟硬兼施。他一方麵派他們住在北京的兄弟前往福建和廣東進行勸說，一再表示對他們以前的行為不再追究；另一方麵，又派八旗軍去攻打他們，把他們逼得投降了。這軟硬兼施的辦法果然見效，不久，耿精忠和尚之信就投降了。三藩中平定兩藩，隻剩下了西南的吳三桂了。
耿精忠和尚之信被降服，給吳三桂以很大打擊。但他仍不死心，在攻入湖南以後，叛軍的氣焰十分囂張，八旗軍多次未能攻下被叛軍占領的嶽州、長沙等地。康熙帝下令繼續加強正麵進攻，同時派兵繞道湖南南部深入廣西，襲擊叛軍後方。八旗軍越戰越勇，叛軍內部卻發生了動搖分化。吳三桂手下的大將林興珠、韓大任投降了清軍。
即將覆滅的吳三桂，已經74歲了，可是他仍念念不忘他的皇帝夢。終於在康熙十七年（公元1678年）公然在衡州自稱“大周皇帝”，改元昭武，並大封偽官偽將，企圖用這種辦法給他的部將們打氣。可是，這一切都不頂用，叛軍終於抵抗不住清軍的強大攻勢，節節敗退。一天，吳三桂聽到前線戰敗的消息，心中一急，突然中風昏厥。從此吃不下飯，喝不下水。8月17日，他一命嗚呼了，結束了他醜惡的一生。
吳三桂死後，他的部將馬寶、胡國柱草草安葬了他的屍體，就趕忙派人前往雲南接吳三桂的孫子、13歲的吳世璠（音fán）前來奔喪。吳世璠到了衡陽以後，繼承了皇位，改元洪化。然後帶著他祖父的棺材匆匆忙忙地逃離湖南，退回到雲南昆明。吳世璠逃回了雲南昆明，仍不死心，仍然同清王朝對抗。康熙二十年（公元1681年）11月，康熙皇帝派去了大將貝子章和都統賴塔，他們二人帶著勇敢、頑強的清軍攻破了昆明，吳世璠畏罪自殺。這樣曆時8年之久的三藩之亂終於完全結束了。
康熙二十一年（公元1682年），章泰和賴塔從雲南凱旋而歸，康熙皇帝高興得親自到蘆溝橋來迎接，君臣見麵，親親熱熱地舉行了抱見禮，這對兩位立了赫赫戰功的將軍給予了很大的安慰。由於康熙皇帝維護國家統一的決心很大，而且他的處事非常果斷，因此他避免了一場使全國再度陷入混亂和分裂的戰爭。
康熙皇帝敢於堅持正確的意見，不聽信讒言，而且善於用兵，終於打敗了貌似強大的吳三桂、耿精忠和尚可喜，保證了護祖國的統一和穩固，對於經濟的發展和人民的生活安定做出了很大的貢獻。