住在北京的林清，卻並不知道李文成起義的消息。到了中秋節那一天，林清按早就規劃好的，把攻打皇宮的人分作兩隊：一隊從東華門進攻皇宮，一隊從西華門進攻皇宮。義軍首領搖晃著小旗，指揮義軍搭人梯爬牆。
形勢十分緊迫，二皇子綿寧哆哆嗦嗦地拿了一杆鳥槍爬上城牆，看見義軍已從人梯上爬上來了，他定定神，舉起槍，義軍應聲落地，這時候鎮國公奕灝帶著1000多人趕來了，義軍與他們展開了激烈的戰鬥。無奈寡不敵眾，逐漸敗下去了。這一夜，皇宮中亂成一片。王公、妃嬪、太監、宮女，都哭哭啼啼地縮在屋子的角落裏，心驚膽戰，還不敢燒火做飯，隻好餓著肚子，不知是凶是吉。
天亮時候，有幾個突圍出去的義軍趕緊去報告在那裏等候消息的林清。沒想到莊親王綿寧已經探知林清的情況，搶先一步，用計把林清抓走了。在北京起義的天理教徒，至此已完全失敗了。
在河南起義的李文成，仍然在那兒與官軍對陣，抗擊著上萬官軍。官兵見無法打退李文成，就采用圍城的辦法。李文成於是同妻子李四嫂分兵兩路。李四嫂帶兵堅守，他自己則帶著一部分兵士退到深山老林裏去了。這裏深山老林，路徑彎曲，李文成在這山中指揮起義軍與官兵拚命死戰，殺死無數官兵。不料官府見難以取勝，就命令放火燒山。一時間，濃煙滾滾，火映紅了半個天空。李文成見無法逃身，就縱身火海，在烈火中殉難。
李文成率領的起義軍覆滅後，官府的重兵就轉移到城內。因為這是一座古城，城牆堅實厚重。於是有人建議用炮轟，有人建議掘地道。地道快要挖成的時候被起義軍發現了，趕忙運水往地道灌，阻止了官兵的進攻。沒想到他們竟在地道裏裝上炸藥，配合四麵攻城。隻聽一聲巨響，城牆倒塌了，官兵蜂擁而進。在城裏的起義軍，倉促之間與官兵們展開肉搏戰。起義軍在城內已被圍困了很久，已經疲乏不堪了，然而大敵當前，大家都奮勇殺敵，毫不退讓。李文成的妻子李四嫂揮舞雙刀，率領義軍們奮不顧身地左衝右突，殺了上千名敵人，最後因為人數太少，勢單力薄而漸漸敗下來。李四嫂也身負重傷。她深知官兵們殘酷的行徑，即使活著被抓去，終究不免一死，為了少受侮辱，李四嫂自刎而死。其他義軍首領大多數自殺了。河南的天理教起義也以失敗告終了。
林清、李文成等人領導的天理教起義缺乏明確的目標，帶有濃厚的迷信色彩，他們把希望寄托在僥幸取勝上，所以很快就失敗了。但是他們神奇般地攻進了皇宮深處，英勇無畏地與最高統治者直接進行戰鬥，是漢唐宋明以來從未有過的壯舉。
這次事變像一把利刀刺進清王朝的心髒，使它流血不止。這次事變對清王朝的統治是一次強有力的震憾，令清王朝的統治者想起來就心驚膽戰，不寒而栗。