吏部左侍郎兼翰林院掌院學士徐階身為內閣輔臣，自然要比一般官員看得更深一層，能體會到皇上此舉是為了籠絡江南那幫心誌搖擺不定的士子，但即便如此，謀逆是抄家滅族的大罪，皇上法外施恩不與他計較也就罷了，何必要許他躋身翰林院文苑清流之列，更許其任庶吉士？這可是被人目之以“儲相”，尋常二甲進士不經館選也難有此殊榮，怎能如此輕易讓這個素懷異心更有謀逆情事的普通舉子占據一席之地？因此，當張居正遵聖命前去翰林院報到的當日，他便召見了張居正，悉心考究了他的學問。具體考究情況旁人不得而知，隻是在那之後，徐階不再質疑張居正入翰林院的資格，卻叮囑他不必再馳騖古典，浸淫於秦文漢賦唐詩宋詞，而是要下功夫鑽研朝章國故，以備日後為朝廷所大用。張居正不但背負著“逆臣”之名，進翰林院也是蒙皇上特旨開恩，因而備受同僚的歧視，受到徐階這樣的關懷甚為感動，遂對徐階持弟子之禮。徐階雖在公開場合仍對他不假辭色，但也默許了他這種“私附門牆”的行為，時常指點他的學問，令翰林院一幫清流官員很是不齒，私下裏多有議論。
不過，除了翰林院那幫無所事事，終日吟詩弄文的清流詞臣之外，沒有人對張居正這個悻進之臣感興趣，滿朝文武大臣感興趣的是他關於徐州叛軍的情報。得知蝟集徐州的八十萬叛軍不過是一群外強中幹的烏合之眾，那些文臣們都打消了心中的疑慮，不再公然反對整軍南下的決策；那些武將們更是口沫飛濺地在朝堂之上大聲嚷嚷機不可失，時不再來，若有遲誤，讓徐州叛軍有充裕的時間做出兵力部署調整，便是誤國誤軍，罪莫大焉！
朝中大臣關於南下的意見趨於一致，朱厚熜便下定了決心，頒下了從速整軍南下的詔命。
皇上乃是九五之尊，聖意不容違逆。朱厚熜的決心一定，整個國家機器便飛快地按照他的指示運轉起來。誠如張茂等軍中將領所言，禁軍早已整訓完畢，枕戈待旦以俟王命，在五軍都督府和兵部的共同努力下，不過數日，總計三十五萬的平叛大軍便迅速集結完畢，效率之高讓朱厚熜也不禁嘖嘖稱奇。
但是，朝廷新組建的禁軍總計不過四十萬之眾，出動三十五萬大軍可謂孤注一擲，傾師南下，如此龐大的軍事行動當然不能草率從事；而且，比之去年那場北京保衛戰，朱厚熜更將眼下即將開始的平叛之役視為對自己最大的考驗，一旦戰敗，後果不堪設想。因此，他命人找來明朝開國以來曆次重大軍事行動的典籍史料，進行研究。
不看不知道，一看嚇一跳，從明初開始，無論是北上滅元，還是南下平定藩王作亂，朝廷曆次大舉興兵，既沒有最高軍事指揮機關確定作戰原則製定相應的作戰計劃並進行局部動員，更談不上建立完備的後勤保障體係，數十萬大軍便倉促出動。尤其是後勤保障問題，最典型的是明成祖朱棣的幾次北伐和明英宗朱祁鎮的那次北上抗擊瓦刺，大軍還未走出北直隸地界便已缺糧，軍心不穩，群情洶洶，象這樣大規模的軍事行動，簡直是在拿軍隊甚至國家的命運在開玩笑——連軍事冒險都算不上！明成祖朱棣幾次北伐均取得了勝利，那是因為他剛剛取得了靖難之役的勝利，經過殘酷戰爭的洗禮，明軍擁有一大批能征善戰的將領和一支訓練有素的軍隊，南征北戰自然無往而不利，更創下了掃平漠北，勒石而還的赫赫武功；到了國家承平日久的英宗正統年間，將不知兵，兵不習戰，如此草草興軍，就難免全軍覆沒於土木堡一戰的悲慘結局了！
有鑒於此，朱厚熜不但一天幾道上諭，嚴厲督導有司做好各項準備工作，還命令戶、兵兩部各自派出一名侍郎，抽調幹練的職官司員，組建了明軍前所未有的軍需供應總署，隨大軍行動，協調、督辦軍需糧秣供應諸事；責令都察院派出一名副都禦史，監督軍需供應總署的工作；北直隸、山東、河南等省成立軍需轉運使衙門，由各省布政使和糧道分任正副轉運使，並明確指示，軍中但有一日缺糧，便要將戶、兵兩部，還有各省轉運使衙門等一幹負責軍需供應的各級官員，從正二品的堂官、正三品的布政使到不入流的文員胥吏全部問罪，以慰奮勇殺敵、捍衛大明江山社稷的全軍將士！
盡管對皇上如此嚴厲頗不以為然，但“兵馬未動，糧草先行”、“軍無糧不穩，兵非糧不戰”這些道理誰都明白，這一英明決策得到了滿朝文武，尤其是平叛軍全軍將士的一致擁護。