呂芳的密報都能公示於內閣，戚繼光的密疏就更沒有必要藏著掖著。三位閣員傳看之後，對戚繼光懇請寬恕叛將林健都沒有異議，但在舉薦林健擔任營團軍前軍副統領一事上，李春芳和徐階兩大閣員卻同聲反對。
怪就怪戚繼光太老實，絲毫不敢隱瞞皇上，把林健先是率部拚死抵抗，其後被曹聞道和楊博責之以春秋大義才投降的經過一五一十都寫在了奏疏之中，雖是他一片忠君之想，但終歸是給此事帶來了麻煩。
李春芳從林健的舉動中看出，此人雖有將才，卻優柔寡斷，更太過念舊情，認為即便能赦免其罪，也不該安排在營團軍那樣重要的軍中任職，以免懷婦人之仁不願與昔日同僚刀兵相見，戰場之上，勝負隻在轉瞬之間，稍有猶豫不但貽誤軍機，更有可能禍及將士生命安危。
徐階身為吏部堂官，掌握全國官員升遷罷黜，他的見解比李春芳還要更為深遠。他認為即便林健是被脅持附逆，按大明官製，凡有失城棄地之情事的武將，都要褫奪軍職，發九邊充軍；縱有率軍投誠之功，畢竟是營團軍攻上城頭之後，不可與皇上昔日恩旨中所謂“殺官起事”之大功同日而語，若是能讓他官複原職，日後攻破南京，魏國公徐弘君、信國公湯正中一幹逆賊自縛請降，又該如何酌處？若不嚴懲，豈能以儆效尤？可若是嚴懲重處，豈不又顯得朝廷處事不公？
朱厚熜聽徐階這麼一說，也覺得挺有道理，但他知道戚繼光是個少年得誌，眼高於頂的人，能讓他看中的人一定也錯不了，有心要成全那個什麼林健，為國家留一有用人才，便把求助的目光投向了尚未表態的嚴嵩。
身為閣揆，嚴嵩自然要分君之憂，略一思量，便從容說道：“李閣老、徐閣老所言都有道理，罪將林健辜負聖恩，附逆為禍，雖九死難贖其罪，刺配充軍已是浩蕩天恩，更遑論升任營團軍要職……”說到這裏，他略微停頓了一下，看到了皇上一道淩厲的目光立刻掃了過來，更加確知了聖意，便又接著說道：“不過，惟其如此，方能彰顯吾皇如天之仁，更為諸多附逆從亂之軍將立一榜樣！”
說到這裏，他衝李春芳點點頭，說：“李閣老擔憂我大明將士安危，其心也殷，其情也切，但所謂林健之有婦人之仁倒也不必過慮，愚以為有其人臨城一呼，興許某些天良未曾完全泯滅之叛將感懷聖恩，即刻便開城請降，免了王師攻城奪隘之辛勞損傷。三國之蜀主劉備入川，得一嚴顏，蜀地望風而降者十餘城，如此之例，史不絕書啊！”
接著，他又衝徐階點點頭：“徐閣老一力維護朝廷法度官製也在情理之中，不過，愚以為以林健比之徐弘君、湯正中那幫逆賊則多有不同，一來有首犯、從犯之別，實無必要也不應該一體而論；二來林健昔日不過是叛將鳳廬總兵李明博帳下一偏裨牙將，附逆從亂也是奉命而行。徐閣老任推官掌刑名多年，該當知道我大明律法載有明文，奉命行事是公罪，公罪不論。上天有好生之德，仁德寬厚更無過於皇上，對林健法外施恩，也是合情合理的。”
嚴嵩的話絲絲入扣，李春芳聽了一時倒也無從反駁；徐階卻聽出他話語之中對自己和李春芳褒貶不一，知道嚴嵩老賊定是想著剛才將李春芳得罪到了死處，此刻不得不放下身段想著法子給李春芳賠罪；而自己舉薦嚴世蕃及他幾個親信門生參與清查衛所資產，卻將他得罪到了死處，故此才厚此薄彼。不過，他如此欺軟怕硬，讓徐階十分不滿，當即要出聲抗辯，卻見嚴嵩飛快地瞟了悄無聲息地侍立一旁的張居正一眼，已到嘴邊上的話立刻又咽了回去。
大戰之後，還有諸多善後之事需要處置，可是許多都涉及戶部，戶部尚書馬憲成身兼內閣學士，他不參與議事，內閣也不好越俎代庖直接下廷寄讓戶部執行。朱厚熜一是不想強人所難，二來也是考慮沒有馬憲成這個財神爺在，其他人也未必能清楚國家真實的家底，所謂看菜吃飯，量體裁衣，與其匆忙做出決議讓戶部為難，還不如等馬憲成自通州回來之後再具體研究，商議出個妥當的法子來。因此，朱厚熜擺擺手說：“區區一個副統領，便是心懷異誌，也壞不了朕的平叛大局，此事就這麼定了，內閣按方才議定的結果擬票。此番大戰，營團軍傷亡不小，如何整補，還有露布上說的俘虜了十幾萬叛軍，又該如何安置，內閣會同兵部盡快擬個條陳呈上來。陣亡傷殘將士優撫之事得戶部掏銀子，沒有馬閣老這個財神爺在，你們說了不算，朕說了也不算，今日就不議了，即刻命人去往通州，命他處理完軍需轉運之事便火速回京。”