至於民政方麵，值得高興的事也是層出不窮，其中更有兩件，都是朱厚熜認為功在當代，利在千秋的大喜事。
一是嘉靖二十七年春節前年，首批冬運漕糧稅銀安然抵京，沒有翻一條船，沒有死一個人。朱厚熜高興之餘，下旨永久停止春秋季的漕運改為冬運，徹底廢除了“春秋兩季兌運漕糧”的祖製。
明成祖朱棣遷都北京之後，江南錢糧賦稅就要分春秋兩季，通過京杭大運河解運北京，供京師和北邊官軍之用。但解運漕糧之時恰逢大運河春洪秋汛，每年總有十餘條槽船、數以百計的漕軍歿於水患，損失漕糧少則十幾萬石，多則二三十萬石，從來都沒有如數收繳過。自嘉靖二十四年起，朝廷抄沒了薛林義、陳以勤一幹逆黨要犯的家，手頭上有點餘錢，朱厚熜與戶部尚書馬憲成、工部尚書林之詮商議，撥出專款整修漕河，於江淮上遊修建多處蓄洪湖泊船閘，一為防汛，二為調節水係，於冬季枯水季節開閘放水，保證漕船航行之必需水位，前後花了兩、三百萬兩銀子，經過三年整治，已初見成效。去年冬季，工部侍郎兼河道總督、河道整修工程總管尤嘉緣大膽奏請朝廷改春秋兌運為冬運。漕運關係國家命脈，朱厚熜當時實在是捏了一把汗，後來考慮到冬季是商業運輸的淡季，如果能將漕糧運輸改在冬季，可不在春秋旺季與民船爭道，更加有利於南北交通和經濟發展，就咬咬牙，準了尤嘉緣的奏。
說真的，自從漕船自江南起航以來，朱厚熜就一直沒有安心睡過一天覺，每天到東暖閣的第一件事就是索要前日河道兩岸官府的報告，連招嬪妃侍寢都沒了興趣，直到幾百條漕船安然抵達京師，將一百六十萬石漕糧運到通州軍糧庫，將四百一十五萬兩稅銀交到戶部太倉，他才長長地出了一口氣。
這麼一件功在當代，利在千秋的大喜事當然少不了要給內閣和戶工兩部一應有功人員加官進爵、封妻蔭子，朱厚熜不但為尤嘉緣加了從二品南京工部尚書銜，還報請朝廷為他的孀母封了一品誥命。尤嘉緣十分感激朝廷的恩典，過完春假就匆匆辭謝帝闋，直奔河南，那裏正在緊鑼密鼓地開展黃河治理工程，離不開他這個大明王朝當代第一大水利專家。
黃河是中華民族的母親河，華夏文明最早的發源地就在黃河流域。可能是因為後世子孫讓她很失望，她這個做母親的就要時不時發點脾氣，教訓一下自己的孩子，因此成為了曆朝曆代政府最頭疼的一件事情，而這一點，在以京杭大運河為生命線的明朝尤為明顯。
當運河到洪澤湖時，就會遇到從安徽流來的淮河，淮河在運河的清口與黃河交彙，一旦遇到黃河漲水，就會堵塞河道，使運河無法通行，這是第一道難關。再往北走，當運河到達徐州的茶城之時，利用了黃河的一段河道作為運河，水豐之時會淹沒漕船；枯水季節漕船又會擱淺，無法順利到達京城，這裏是第二道難關，也是最危險的關口。此外，因黃河每年有大量泥沙淤積，使開封以東河段經常決口泛濫或改道，不但給沿岸百姓生命財產安全造成極大的威脅，而且經常阻斷京杭大運河的正常通航，將京畿及北方重鎮與江南財賦重地之間的主要交通運輸阻斷。由於明朝的京城事實上處於國防第一線，一旦南方的錢糧不能順利解送京城，不但關係到京畿及北方重鎮官軍百姓的溫飽問題，而且直接影響國防安全。
因此，朱厚熜一方麵責令北直隸和山東等北方諸省大力開荒墾殖，興修水利，引種高產水稻、番薯等作物增加糧食產量，減少北方諸省對南方的依賴，減輕漕運壓力；另一方麵，在治理漕河的同時，又讓黃河上遊各地官府衙門於農閑之時，組織民夫分段整修河道，加固河堤，並大力植樹造林，減少泥沙流入黃河。但是，這些都不是一朝一夕就能見到成效的措施，關鍵還是要盡快解決下遊河沙淤積的問題。
朱厚熜隱約記得曆史上黃河治沙一直采取加寬河道的作法，但成效不佳，後來明朝萬曆年間著名的水利專家潘季馴反其道而行，采取了收縮河道的作法，反倒把黃河給治好了，但這其中的道理何在，他卻不清楚。在尤嘉緣辭別帝闕，奔赴黃河河南之時，他試著把這個想法跟尤嘉緣談了一下，尤嘉緣皺著眉頭想了半天，突然猛地一巴掌拍在大腿上，高聲說妙啊！河道緊縮之後，水的流速勢必加快，河水中裹帶的大量泥沙也就不容易沉積下來了，會被直接衝到海裏去；而且，原本泛濫的河道經過幾年的淤積，肯定能得數萬畝良田。皇上，你這“束水衝沙”的絕妙之法是從哪裏來的？真是讓人匪夷所思又茅塞頓開！說完之後，尤嘉緣才意識到自己在君前失儀，犯下了誅滅九族的大罪，嚇得臉色都白了，慌忙跪在地上，重重地給朱厚熜磕了三個響頭，口稱微臣罪該萬死，罪該萬死。朱厚熜當然不好跟他說這是在你之後幾十年出現的一位水利專家的治黃方法，可是我隻知其然而不知其所以然，於是就故弄玄虛地拈須微笑，說尤部堂，法子朕是告訴你了，能不能把黃河給朕治住就看你的了，幹好了這件差事，別說是加官進爵、封妻蔭子，朕準許黃河兩岸百姓給你建生祠，永享香火祭祀。尤嘉緣感動得聲淚俱下，說吾皇聖明，黃河若不得大治，臣請皇上誅臣九族以報浩蕩天恩。從東暖閣出來之後，尤嘉緣連家也不回，就出京城直奔治黃工地而去。