高拱的一番口舌總算是沒有白費，兵部不再執意要追究徐海叛軍逃亡和聚眾為匪的罪責，朱厚熜也不好過分強求他們，隻得再度召見了陳東等人，先是為自己無法兌現先前賞賜的承諾而賠罪；接著便封授徐海為鎮撫司千戶、陳東、麻葉兩人為副千戶，其他各級頭目分授百戶以下官職，由徐海敘功舉薦。
陳東等人情知自己犯下的罪行非同小可，自己猜度，能憑借今次義救百姓和萬裏報訊之功，得到朝廷的赦免已是天幸，根本沒有奢求能給自己換來一官半職。此刻聽到皇上賠罪，又禦口親封為鎮撫司官職，等若恩準自己一幹海寇集體加入皇上的親兵錦衣衛，這是何等的信任與恩寵！那些縱橫四海，向來自詡“天老大，爺爺老二”的海盜們都被震驚了，僵在那裏，不知如何是好。一旁的高拱嚇得麵色慘白，不顧君前失儀，把喉嚨都快咳破了，這才使得他們回過神來，趕緊跪地謝恩，矢誌殺賊報國，不負浩蕩天恩。朱厚熜大為欣喜，允諾“英雄莫問出處，隻要能為國家建功立業，朕何吝封侯之賜！”
使大明王朝陷入了無比尷尬的境地，並且在朝野內外掀起一場空前激烈的爭論的典恤榮王和招撫徐海這兩件事情，在君臣的相互鬥爭、妥協下，總算是勉強找到不算圓滿卻能相互妥協的解決辦法。興師討伐膽敢明犯大明天威的佛朗機人，以及追究那些畏懼佛朗機人兵勢，驅逐大明海外僑胞的西番諸國的“從逆之罪”就正式擺上了朝廷的議事日程。
正所謂箭在弦上，不得不發，出兵平夷是毋庸質疑的。兵部遵上諭確定的總體戰略中明確規定，遠征軍此次跨海遠征，負有兩大作戰任務：一是殲滅佛朗機人和呂宋國聯軍，營救陷入夷人之手的海外僑胞，替身死異域的大明臣民百姓報仇雪恨；二是將佛朗機人驅逐出亞洲，重新確立大明王朝在亞洲的統治地位。
為了實現這一宏大的戰略目標，朱厚熜已經驅趕著大明王朝勒緊褲腰帶整飭武備、修造戰船，做了多年的準備。尤其是廢弛海禁幾年來，通過錦衣衛和海商，布設起了遍布東南亞的海外情報網，並利用廣大的身在異邦、心懷故國的大明海外僑胞，搜集到了大量關於佛朗機人和西番諸國的情報。據統計，佛朗機人駐守亞洲的兵力不過五千餘人，連同從國內增援的三千人，不過區區八千餘眾，其中遠征呂宋的有三千五百人，駐守馬六甲城的有兩千人，其餘二千五百人分散駐紮在數十個西番小國的沿海戰略要地，大部分充為佛朗機人商站的護衛，在個別已經屈服於他們兵威的國家如印度的古裏等國，甚至建立了堅固軍事據點。
因此，在殲滅佛朗機人和呂宋國聯合艦隊之後，大明遠征軍將會兵分兩路，主力揮師南下，攻打佛朗機人設在馬六甲的殖民基地，並幫助退守馬來半島中部的鏖內柔佛王朝複國，重建臣服於大明王朝的馬六甲王國；一部折向西南，沿海岸線巡弋，逐一拔除佛朗機人設在其他西番諸國的軍事據點，摧毀他們自殖民貿易網絡。
東海艦隊和海軍陸戰隊總兵力接近五萬人，除了留下一部近萬人巡弋於山東至東南海域，防止倭寇死灰複燃之外，其餘四萬人全部投入此次跨海遠征。拋開大明軍隊裝備的優勢不談，隻要東海艦隊能在蘇比克灣盡殲佛朗機人和呂宋國聯軍主力，以這樣的兵力掃蕩佛朗機人分散在沿海諸國的殘餘勢力，應該說是綽綽有餘，甚至有點牛刀殺雞、以強淩弱。但是，兵部仍遵上諭，調禁軍第一軍、第二軍各一個師從海路南下，駐紮寧波，準備在東海艦隊殲滅佛朗機人艦隊，取得絕對的製海權之後，投入第三階段作戰。
所謂第三階段作戰，那便是耀兵異域，揚大明之國威。說的直白一點，就是要嚴厲懲處那些膽敢夥同佛朗機人侵淩殺戮大明海外僑胞的呂宋、暹羅、安南等西番諸國；嚴正警告那些懾於佛朗機人兵威、心誌動搖的大明藩屬之國，鞏固大明王朝經過明太祖朱元璋和明成祖朱棣兩代開國雄主的不懈努力，建立起來的以中國為中心的東亞封貢體係。
元朝初年，憑借著蒙古鐵騎天下無雙的騎射本領，各大汗國在歐亞大陸縱橫馳騁，許多曾經顯赫一時的強大帝國如大宋、花刺子模等，或被亡國滅種，或俯首稱臣。可是，威名赫赫的蒙古鐵騎卻在日本、安南、緬甸、占城、爪哇等幾個當時還名不見經傳的小國麵前損兵折將、铩羽而歸，不但被迫停下了征伐天下的腳步，還給自己埋下了衰敗覆亡的巨大陰影。有鑒於此，明太祖朱元璋在欽定的《皇明祖訓》中鄭重告誡後世子孫：“四方諸夷皆限山隔海，僻在一隅，得其地不足以供給，得其民不足以使令。若其不自揣量，來擾我邊，則彼為不祥。彼既不為，而我興兵輕犯，亦不祥也。吾恐後世子孫倚中國富強，貪一時戰功，無故興兵，殺傷人命，切記不可。但胡戎（指蒙古）與中國邊鏡密邇，累世戰爭，必選將練兵，時謹備之。”