此外，他們對於被稱為“大明中興聖主”的明嘉靖帝朱厚熜的異常反應也是殊為不解--這位率領大明王朝主動擁抱海洋、昂首走向世界的明君聖主，不應該認識不到此戰的重要意義，卻始終對此吝於褒美；這位向來對有功之臣不吝封賞的皇帝，卻對汪宗翰如此顯赫的戰功視而不見。
野史傳言，這是因為汪宗翰當年曾參與江南叛亂，明嘉靖帝朱厚熜始終對他存有猜疑之心。但在軍事家們看來，這根本就是毫無根據的無稽之談--若說明嘉靖帝朱厚熜猜忌汪宗翰，日後又怎會將他和戚繼光同日封侯，並將大明王朝海軍兩大艦隊之一的鎮西艦隊交給他來執掌，放心大膽地任由他統帥大明王朝海軍一半的家底縱橫四海、揚威域外？
可惜的是，這些也都隻是軍事家們的一家之言--他們太拘泥於從軍事的角度去看問題，往往忽略了史家春秋筆法背後隱匿的事實真相。倘若有人能夠進入皇史晟，並且願意耗費時間和精力，大海撈針一般地從那些汗牛充棟的詔令、奏疏、題本、文告、譜牒、祭文、閣票、邸報、塘報以及起居注、時憲書，乃至青詞、食譜、醫案中查找有用的資料的話，或許就會翻到汪宗翰於嘉靖三十年正月上呈的一份請罪疏，奏陳在馬六甲之戰中，由於自己治軍無方，致使麾下倭人營織田信長所部有參與鏖內柔佛王朝兵馬屠城之情事。
由於朱厚熜也給了汪宗翰和高拱、戚繼光等心腹重臣一樣的密折奏事之權，他的這份請罪疏直呈大內，並未在通政使司記檔，也就理所當然地被朱厚熜給“淹”了。曆史上記載的隻是在大明王朝和鏖內柔佛王朝兩國聯軍攻克馬六甲城之後，鏖內柔佛王朝統帥奉蘇丹之命縱兵屠城，將城中兩千多名佛朗機人的老弱婦孺，以及近三萬印度人、緬甸人和爪哇人，不分老幼一律屠戮殆盡。
鏖內柔佛王朝這麼做，說起來也是無可厚非--在這次戰役的四十年前的1511年7月，葡萄牙第二任印度總督阿爾布克爾率領18艘戰艦、1200名葡萄牙士兵及200多名馬爾巴拉士兵攻克馬六甲城之後，按照他們殖民各地的慣例進行了屠城，將城中近十萬馬來人殺了個幹幹淨淨，隻留下了與馬來人有矛盾的印度人、緬甸人和爪哇人。馬六甲王國不得不退到內陸，建立了鏖內柔佛王朝。如今他們卷土重來，當然不會放過那些昔日背叛國家、臣服於佛朗機人的印度人、緬甸人和爪哇人。
但是，在這其中，汪宗翰的作法卻並非無懈可擊--那支由印度人、緬甸人和爪哇人拚湊起來的雇傭軍向大明遠征軍投降之時，汪宗翰曾承諾保護他們及其家人的安全。可是，當他們慘遭鏖內柔佛王朝兵士殺戮，懇請天朝王師給予保護之時，汪宗翰卻以大明海軍陸戰隊鏖戰竟日、將士疲憊不堪為由，拒絕派出大明兵馬維持秩序，隻把倭人營派了出去。那些倭人出身海盜，素來嗜血好殺，雖經大明戰俘營幾年的嚴格管束和教育，畢竟野性難馴，又是隸屬於遠征軍的客軍，不受“三大軍規八項鐵律”的大明軍法拘管，非但沒有強力製止鏖內柔佛王朝兵士的屠城之舉，反而有不少人參與其中，以致汪宗翰事後不得不將帶頭燒殺淫掠的十幾個倭人斬首示眾，並上呈密疏，向皇上請罪。
不過，跟天朝王師以雷霆萬鈞之勢犁庭掃穴，一舉拔除佛朗機人在東亞的統治中心和最大的軍事據點，幫助自己的藩屬之國鏖內柔佛王朝重建馬六甲王國的赫赫奇功相比起來，區區幾萬人的生死實在算不上什麼大事。而且，這畢竟是馬六甲王國的內政，大明王朝雖為宗主國，卻也不好過多幹預。因此，對於馬六甲所發生的屠城之事，明嘉靖帝朱厚熜不置一詞、大明史家吝於筆墨，也就都不足為奇了……