這些基本情況，與忍者世界的真實情況倒也相互吻合；但仔細深究，就會發現，幾乎所有的電影電視和動漫之中都存在著不少謬誤之處，甚至說是顛倒黑白也不為過--
首先，盡管早在距離明朝一千多年之前的日本，就有了那些類似於大明鎮撫司緹騎校尉之類的、為主君進行秘策、破壞、暗殺、收集敵方前線情報、攪亂敵方後援基地等種種秘密活動的人員，等同於後世所謂的忍者；並且，如今的日本正處在戰國時代，群雄逐鹿，相互攻殺不休，各位戰國大名、領主都需要有人來為他們做這些秘密勾當，忍者這一特殊的職業得到了很大的發展。可是，他們此時卻並不被人稱為“忍者”；甚至，根據受雇的主君之家所不同，稱呼也是五花八門，最流行的說法，則是由此刻正與中朝聯軍對峙於伊賀的倭人聯軍總大將、甲斐武田氏家主武田信玄所創，名曰“亂波”。“忍者”這個稱謂，一直到了德川家康摘下織田信長挖坑植樹、豐臣秀吉澆水施肥而結出的桃子，結束了日本戰國亂世，建立了江戶幕府之後，才正式確立下來；但在同時，由於國內長期處於和平時期，忍者失去了活動的舞台，作用也越來越小，漸漸地淡出了人們的視野，許多忍術也因而失傳，隻是在電影電視、動漫作品之中大放異彩，騙一騙類似於嘉靖帝朱厚熜那樣對曆史一知半解的幼稚家夥。
其次，忍者並非單一層級，又分為“上忍”、“中忍”、“下忍”三個階層。“上忍”，又稱“智囊忍”，專門籌策整體作戰計劃；“中忍”，是實際作戰時的指揮頭子，當然忍術也得超群出眾才行；“下忍”，又稱“體忍”，相當於現代的特戰部隊，是在最前線實際作戰的忍者。三者之間等級關係涇渭分明，“下忍”對“中忍”唯命是從，“中忍”對“上忍”俯首帖耳。
第三，那部十分有名的電影《伊賀忍法帖》之中，將忍者描述為伊賀、甲賀兩大集團，確實不錯--盡管日本忍術流派眾多，但追溯根源，卻都發源於伊賀、甲賀兩地。但是，電影之中將這兩大集團渲染為勢不兩立、不共戴天的宿敵，連番惡鬥、不死不休，貌似一對分屬兩大集團的情侶困惑於家族責任和個人感情，不得不同歸於盡，簡直類似於一出日本忍者版的羅密歐與茱麗葉，騙去了不少觀眾同情的淚水。其實並非如此，伊賀、甲賀兩大忍者集團同出一門，雙方之間大部分也都有親戚關係；為了便於忍術能世代傳授下去，他們之間也不得不頻繁通婚，說他們唇亡齒寒也不為過。隻是，彼此的雇主或效忠的主君若是敵對關係的話，他們便不得不同室操戈，甚或同一流派之中，也會兄弟鬩牆、骨肉相殘。
最至關重要的一點：暗殺並非忍者的單一職能，甚至算不上忍者的主要職能，更多的則是潛入敵方陣營打探消息、搜集情報，即便要暗殺敵人，也多以施放暗器和投毒為主，甚少有正麵對陣、貼身肉搏的情況發生；加之許多忍術，如飛身遁地術、追蹤術、潛行術等等，都要求忍者身輕如燕，為了隱藏行蹤，還不能吃任何能強身健體、卻會增強體味的肉類等等，膂力也就十分有限。因此，忍者固然自幼就要接受包括平衡、靈敏、力量、持久和特殊技巧等五個方麵的嚴酷忍術訓練，獲得了超越常人的毅力、耐力和戰鬥力，卻並不以近戰武力見長。當然了，遇到普通人，甚至是一般的兵士，忍者都可以輕鬆地戰勝並殺死對方。但是，他們實在是太不走運，遇到的是劍法堪稱大明百萬軍中第一人的俞大猷；加之又誤以為俞大猷投向自己的製錢是淬毒暗器，一時慌了神，隻顧著閃躲，自然就被俞大猷輕鬆殺死。
由於忍者生前必須隱姓埋名，過著終生見不得天日的生活；死後也不能留下隻言片語，以免日後東窗事發，連累主君家族。因此，關於忍者的曆史記錄寥寥無幾，對於一般人來說，忍者世界就顯得異常神秘，也就任由那些作家寫手、影視導演天馬行空地憑空捏造，以致那位冒牌皇帝朱厚熜以訛傳訛，誤導自己的心腹愛將俞大猷堅信倭奴忍者當真個個武功蓋世、身手不凡，竟然懷疑那幾個被自己殺掉的忍者是九州諸藩大名之家隨軍出征的倭人兵士……