河亶甲帝死後，他的兒子祖乙繼位。祖乙帝即位後，又開始遷都，先是從相遷到了耿，後來又從耿遷到了庇，並且把他的弟弟封在了耿。在大彭與豕韋兩個氏族的幫助下，祖乙帝征服了東南方的蘭夷和班方。祖乙帝在位期間，巫鹹被任以重職，商氏的政權又興盛起來。看到這兒，或許有人會不屑：一個大巫而已，怎麼能給商氏帶來興盛？我們或許對巫的理解有些片麵了，除了祭祀鬼神這種活動，我們現在可以說它不科學之外，其實換個角度來說，巫掌握著當時最豐富的知識，同時也代表了當時先進的文化的。另外，在商朝那個時期，巫教的影響力極其廣泛，勢力也是非常大的。祖乙帝重用巫鹹，似乎代表著在祖乙帝時期，在商氏的政權與巫教的教義之間，實現了相互妥協和有機融合。
祖乙帝死後，他的兒子祖辛繼位；祖辛帝死後，他的弟弟沃甲繼位；沃甲帝死後，祖辛的兒子祖丁繼位；祖丁帝死後，沃甲的兒子南庚繼位；南庚帝死後，他的兒子陽甲繼位。南庚帝在位的時候，又將商都從庇遷到了奄。陽甲帝在位的時候，因為多年帝位的爭奪，奴隸主集團的勢力盤根錯節，商氏的內部已經相當混亂。
從中丁帝到陽甲帝，史稱“九世之亂”。這一時期的商氏，主要表現出三個特點。第一個特點是帝位繼承製度的不確定。反觀前麵的文字，我們不難發現，這一時期商氏的帝位繼承，有兒子繼承父親的，有弟弟繼承哥哥的，有侄子繼承叔叔的，還有堂弟繼承堂兄的，章法不是一般的混亂。正是這種帝位繼承製度上的不確定，商氏陷入了爭權的混亂之中，這種混亂，給商氏帶來了政治上的衰敗。到陽甲帝的時候，很多諸侯已經不給商氏上貢了。第二個特點是頻繁遷都。比如中丁帝遷都於隞，河亶甲帝遷都於相，祖乙帝先後遷都至耿、邢以及庇，南庚帝又遷都到了奄。第三個特點是頻繁的遷都導致商氏族人的離心。遷都是一個很繁瑣的事情，有很多係統性的工作要去做，頻繁的遷都給人民帶來了疲乏。同時，對於每一次遷都，在商氏內部總會有一些不同的聲音出現，隨著頻繁的遷都，這些不同的聲音就會越來越多。排除因為自然災害而遷都的情況，商氏曾經遷徙過的那些舊都城，總會留下不少的商氏族人，這樣，商氏新都的人口就會越來越少，而人口上的減少也間接導致了商氏的衰敗。