軍事初步
崇禎元年九月，在頒布一些列整頓農業、安撫西北的政策後，加強軍事，編練新軍的政策開始提上議事日程。夏雲連續幾夜閱讀了明朝幾代著名軍事家、火器專家撰寫的關於火器兵法的使用心得，其中有戚繼光、孫承宗、趙化禎、孫元化、徐光啟等人著作。
這些著作讓夏雲對於明朝火器兵器製造，以及相對應的部隊編製、戰術戰法有了一個詳細的了解。同時，夏雲也看了有關大明與滿清之間在幾十年以來數十次大大小小戰役的簡報，在仔細詢問了孫承宗等人對於這些戰役的分析和報告後，夏雲下定決心要參考明朝的一些優秀軍事辦法，結合自己所掌握的現代軍事手段，早日打造一支百戰而勝的雄師，時間不等人。
因為據他所知的曆史知識範圍內，崇禎二年的十月，後金皇太極將會傾全國之兵繞過山海關，經蒙古境內南下入侵北京，而此時的大明軍隊除了袁崇煥的部隊稍微具有一定的戰鬥力外，其餘的均是空負聲名，隻是個擺設，因此整頓京畿防務，訓練部隊已成為當務之急的事情。
麵對嚴峻的形勢，時間上的限製，夏雲將其他的問題先擺下，召集內閣、兵部、工部等部門，連續召開幾天具有針對性的軍事會議，商談明北方九邊衛所得防禦問題，著力談了發放兵餉，整頓士兵，清理空額，整修兵器，修繕城防，統一指揮，籌集錢糧器具等事宜。
會議決定擢升大名知府盧象升為兵部侍郎，宣、大（宣化和大同兩地）總兵，總領兩邊軍政事務，加強兵備。擢升洪承疇為京畿防務總督，領兵部尚書銜，擢升茅元儀為遵化巡撫，總攬遵化一帶的防務。
同時，會議分析了當前大明與後金之間的軍事實力，一致認為在國內局麵尚未平息的情況，大明總體的軍事態勢為防禦型，在適當的時候，擇機進行局部的戰術進攻。經過一係列的人事調整，大明第一階段的軍事防務部署已初步具備輪廓。由於天啟二年、天啟四年兩次廣、寧遠大捷，讓朝廷上下深知在防禦型戰爭中火炮的作用，幾位大臣均奏請國庫撥專款，擇專人前往澳門，向葡萄牙人購買紅夷大炮和弗朗機炮，在各軍事戰略要地修築炮台，構建城牆。
本來，夏雲想憑借著大明的科學實力，以及擁有的如徐光啟、孫承宗、孫元化、茅元儀等著名火器專家召集全國的冶煉、製造、火藥方麵的數量工匠，自身製造火炮，節約成本，提高產量，但是幾位大臣上奏說目前大明的火炮製造技術不過關，其中最為主要的是製造火炮的金屬材料冶煉技術不過關，尚不能夠應付當前這樣所需甚大的軍事需要，可采用一邊購買，一邊研究製造的手段，盡快讓部隊形成戰鬥力。
原本任兵部職方事、登萊巡撫的孫元化，被調致北京，授兵部侍郎銜，統領京畿三大營的炮營，按照夏雲提出的方案訓練京畿新軍的火炮部隊，京畿三大營由南宮閑暫時統領，按照夏雲之前交給他們的部隊軍訓方法整編。
而夏雲撰寫的《新軍操典》讓這些著名軍事家們感到異常的興奮和佩服，有許多的訓練方法，戰術戰法是他們沒有想到和見過的，而這些東西使他們覺得皇上的英明神武，皇上表現出來的才學、果斷、剛毅、包容，讓朝廷內的重臣從心裏麵尊敬，增強了朝廷內部的凝聚力。
同年，為防止火器技術落入後金、蒙古以及其他外國之手，9月上旬朝廷頒布新的一項法令《大明兵器技術外泄律》，其中嚴厲禁止民間私自鑄造包括火炮、火槍等在內的火器，禁止發行、刊印各種有關火器、火藥方麵書籍，如今發現以叛國罪論處，無論主犯、從犯，及家族均被格殺勿論。
崇禎還下諭旨給皮島總兵毛文龍，命其編練水師，定期出海，掃平渤海灣一帶所有的商船，嚴厲禁止任何物資進入遼東以北。同時，授予毛文龍、司馬長風海戰中臨機專斷之權，在照顧海上的同時，也令其組織一定的熟悉遼東、後金海岸的精銳士卒，以遊擊、騷擾、破壞的戰術，打擊後金的軍事，破壞其經濟發展，牽製後金的部份部隊，為朝廷的從容部署爭取時間。
另外，夏雲命禮部、鴻臚詩派出使者前往朝鮮，嚴令朝鮮不得暗自與後金通商，提供戰略物資。內閣還下令福建巡撫熊文燦組建福建水師，擢升鄭芝龍為福建水師總兵，製造戰船，選練士兵，待明年聽命北上朝鮮和日本，從海上進攻遼東。
太子太傅、戶部尚書徐光啟認為火器是克敵致勝的利器，便上奏疏說杭州的天主教人李之藻和楊廷筠與葡萄牙人熟悉，了解與西人打交道的方法，可命二人前去署理購買火炮事宜。於是朝廷下令命李之藻和楊廷筠二人為兵部職方事、工部兵器局總管，前往澳門，設法購買西洋火器，以備練兵之用。