色目人即外國人，是元朝時中國西部民族的統稱，一切非蒙古、漢人、南人的都算是色目人。
在同南宋的作戰中，蒙古貴族不斷地從中亞一帶調來軍隊。在東來的蒙古軍隊中，有大批的阿拉伯人和信奉伊斯蘭教的波斯等中亞人。其中主要是士兵和工匠，也有商人和社會上層人物。這些人當時統被稱之為“回回”，歸於“色目人”。這些穆斯林隨著蒙古貴族對全中國的征服而散布於東西南北各地，西北、西南、中原、江南尤多。
如果說唐宋兩朝中國穆斯林在分布上還隻是一個一個孤立的點，那麼在元朝，中國穆斯林在分布上不僅連接成了線，而且鋪成了麵。在雲南省，元時穆斯林業已“盈千累萬”。元代東來的阿拉伯人和波斯等信仰伊斯蘭教的中亞人，是後來回族的骨幹成分。元朝時期中國西鄰各伊斯蘭國家也在蒙古人的統治之下，中國西部邊界實際上處於開放狀態；同時“色目人”在中國又屬於統治階層，這種情況無疑為伊斯蘭教迅速地向東發展提供了方便條件。
明太祖洪武帝姓朱，名元璋，生於安徽鳳陽縣，古稱濠州，其周圍各縣，如定遠、壽縣、懷遠、臨淮等為曆史上回民聚居區。鳳陽城為一南北長、東西窄的長方形小城，西門直對東門，兩門之間為一長街，將風陽城分為南北兩部分，稱南城與北城，北城居民幾乎全部都是漢民；而南城居民全部為回民，其中絕大多數姓朱，有清真寺一所，位於南城中央偏西。朱元璋生於南城朱姓群內，不難看出，朱元璋是屬於伊斯蘭教的色目人。
公元1344年鳳陽蝗災旱災，朱元璋的父母哥哥相繼去世，均用布包起來安葬。窮人買不起棺木的，一般用蘆席掩埋，而布比蘆席昂貴，朱家貧窮且連逝幾人，不用蘆席，而用布匹，說明朱家並非窮得買不起最簡單的棺材才用白布，而是按伊斯蘭教的規定處理喪事。
《明史》中提到太祖“生活孤苦無著，入皇覺寺為僧”，該寺坐西朝東，於其他寺院不同，證明此寺為清真寺。根據中國傳統，凡儒、佛、道教的寺廟、觀均坐北向南，而中國的清真寺一律坐西朝東，因為中國穆斯林做禮拜時，須朝向位於中國西方的麥加天房。因為當時佛寺與清真寺統稱為寺，寺裏的學生也統稱為僧，甚至曆史上有人把牧師稱為大食僧。朱元璋登基後賜名“皇覺寺”，意為皇帝在此覺醒。朱元璋還為皇覺寺寫下《百字讚》。
全文如下：“乾坤初始，天藉注名，傳教大聖，降生西域，受授天經，三十部冊，普代眾生，信兆君師，萬聖領袖，協助天運，保庇國民，五時祈佑，默祝太平，存心真主，加誌窮民，拯救患難，洞徹幽冥，超拔靈魂，脫離暈業，仁覆天下，道貫古今，降邪歸一，教名清真，穆罕默德，至聖貴人。”
朱元璋的《百字讚》對伊斯蘭教的教義、使命、《古蘭經》、穆聖進行了淋漓盡致的描述和精辟的概括。如果對伊斯蘭教沒有深厚的感情和深刻的認識，很難寫出如此之傑作。
波斯旅行家賽義德?阿裏?阿克巴爾?哈塔伊於1500遊曆中國，於公元1516年在當時奧斯曼帝國首都君士坦丁堡，用波斯語寫成《中國紀行》一書，作為禮物奉獻給土耳其素丹賽利姆一世。該書全麵介紹了當時中國社會各方麵的狀況。作者出於穆斯林的宗教感情，以較多的篇幅著重介紹了明朝王室與伊斯蘭教的關係，說：“宮廷內有皇帝專用的清真寺，有宣禮員，主麻日（星期五）皇帝到城外的清真寺做聚禮，以及穆斯林文臣武將對明朝開國的貢獻、皇帝對他們的重用等。說：“從皇帝的某些行為看，他已信奉伊斯蘭教了，然而由於害怕喪失權力，他不能對此公開宣布。這是因為他的國家風俗和法規所規定的。”阿裏?阿克巴爾的描述是他親眼所見，與中國民間的傳說相吻合。