太平天國由於宗教信仰的原因，不僅沒去網羅知識分子，反而采取排斥的態度和做法。從廣西至南京，沿途名儒、飽學之士極多，卻沒有看到洪秀全、楊秀清潛心爭取知識分子的行動。其中就包括著名的湘軍名將左宗棠。當時還是失意舉人的左宗棠曾往謁太平天國領導，進獻攻守建國之策，卻沒有結果。其基督教宣傳激起了傳統士大夫階層的反感。其騷擾政策，惹起了一輩安居樂業的農民的敵意，曾國藩的湘軍因此而起。
馮友蘭先生對曾國藩的評論如下：中國維新時代的主題是向西方學習，進步的人們都向西方學習，但不能倒過來說，凡向西方學習的都是進步的人們。這要具體地分析，要看他要學習的是什麼。中國所要向西方學習的是西方的長處，並不是西方的缺點，洪秀全和太平天國所要學習而搬到中國來的是西方中世紀的神權政治，那正是西方的缺點。西方的近代化正是在和這個缺點的鬥爭中而生長出來的，中國所需要的是西方的近代化，並不是西方中世紀的神權政治。洪秀全和太平天國如果統一了全國，那就要使中國倒退幾個世紀，這是我對洪秀全和太平天國的評價。
這個評價把洪秀全和太平天國貶低了，其自然的結果就是把它的對立麵曾國藩抬高了。曾國藩是不是把中國推向前進是可以討論的，但他確實阻止了中國的倒退，這就是一個大貢獻。
清八旗建於入關前，23萬左右，主要是滿人，大部分駐京師，小部分駐各省主要城鎮。綠營建於入關後，主要是漢人，駐各省。兵製，世兵製，即一人在任，全家編入兵籍，由兵部掌握，父死子為兵，世代相承，主要官職是滿州人。總督巡撫，節製一省綠營，帶兵是武官，以文治武，總督巡撫加提督銜，可以節製本省綠營，防止武官拔扈。綠營在清初是很有戰鬥力的，但隨之而久，戰鬥力下降。太平天國興起後，綠營沒能阻止起義的爆發，統治者為了控製局麵，下令各省舉辦團練。1853年，清任命十省在藉官僚為督辦團練大臣，任務是團練鄉兵，鎮壓土匪。湘軍就是在此背景下建立起來的。
鹹豐二年1852年，一介書生的曾國藩出山開始了練兵征戰的後半生。曾國藩和湘軍之前的團練武裝，僅限於在各個地區清查戶口、維係治安，不過是保甲製度在功能上的延伸，從來沒有大規模招募和正規化訓練的先例，更不用說獨當一麵、出省作戰了。太平軍在長江中下遊地區對綠營主力部隊的毀滅性打擊，使曾國藩和湘軍從戰略助攻部隊變成了戰略主攻部隊。
湘軍的興起，標誌著以曾國藩為首的漢族地主經世派的崛起。他們的崛起，使清封疆大吏由權貴當權變為經世派當權。促使清地方官員中滿漢比例的變化，1861年到1890年，任命的44個總督，漢人占34個，其中大半是傑出的鄉勇領袖。巡撫117人，漢人104人，半數以上為勇營出身。就是說，他們中多數是通過軍功取得權力的。他們中的曾國藩、李鴻章、左宗棠、劉銘傳、劉坤一、郭嵩燾等，都成為晚清政治有影響的人物。
過去，皇帝嚴格限製和分散督撫權力。表麵上，督撫統掌一省軍政、民政、財政、司法諸大權，但督撫必須在皇帝和中央機構的嚴格監督下行使權力：重大政務奏請皇帝，請旨後方能行事，督撫政府職能部門的官員要由皇帝選派，這些人又各自向中央主管部門負責，可以有不經過督撫的上奏權，兵權、財政權、司法權仍在中央。而現在，隨著湘淮軍將領被任命為地方大吏，督撫自己控製一部分軍隊，這些軍隊“兵為將有”，非經本人同意，中央難以調遣，兵部除綠營之外，各省勇數不能知。各省督撫借口彈壓，多招勇營。
財政方麵原由戶部總經管，地方將收支作預估，送戶部，然後由戶部在春秋兩季撥款，省布政使司是戶部的派出機構。戰爭中，國庫無款可撥，清政府不得不同意督撫“便宜行事”，各省自己截留稅收，自己等餉，厘金成為督撫的重要財政收入，督撫專門設局籌防，直接控製一部分財政權。中央被迫承認地方這種權力，把盡數報撥改為“按年定數指撥解部”。
清中期以前，行政人事權統於中央，總督綜製文武，但其屬下的布政使（掌行政、財政），按察使（掌刑名按劾）都是中央派出官員，而非省總督巡撫的屬官，各自對上負責，互相牽製。鹹豐以後，由於財政權、軍權下移，布政使、按察使成了督撫的屬員。原來，總督保舉官員隻能是文職道府以下、武職副將以下者。曾國藩擔任四省總督以後，保舉一批湘淮軍出身者為巡撫總督，督撫擴大了官吏的支配權。
鎮壓太平天國以後，湘軍成了新的燙手山芋。滿清對漢族地主官僚士子是既鄙視又疑懼。鹹豐同意漢官辦團練興私軍，是在太平天國篷勃興起時江南半壁眼看不保，江山可能易手，實在無法支撐的嚴峻形勢下，兩害相權之下作的權宜。一旦太平天國鎮壓下去，在清廷統治者看來漢族地主武裝集團此時不但失去的存在的意義，反倒成為心腹之患，在滿清權貴眼中甚麼太平天國甚麼湘、楚、淮軍其實差不多都是一路貨。