義軍連日的英勇戰鬥激勵著全台的人民。在鬼子的全力圍攻下，暫時歸於沉寂的隻是一時一地，但台中地區抗日烽火仍在繼續燃燒，戰鬥此伏而彼起。
而且台中抗日軍民沒有退縮，還一度采取攻勢，盯著新竹組織反擊，與日軍進行了持續爭奪。
新竹是台北聯係台中地區的重地，也極具象征意義。新竹在，台中尚穩，新竹一失，對台中抗日軍民的心理也是一大衝擊。保持新竹，就成為保持與台北的維係、更兼保衛台中地區的主動選擇。
台灣民主國任命的台灣知府黎景嵩，先前曾派副將楊載雲率一營自台中北上支援，未及救援新竹已陷，部隊便駐紮在新竹以南。
台北失陷，但義軍卻風起雲湧，不斷襲擊敵人，有力遲滯了日軍進攻，也讓黎知府感到恢複新竹有望，便抓緊時間召集所屬台灣、彰化、雲林、苗栗四縣官紳會議，籌款守禦，並開設籌防局招募義勇。
很快，台灣縣知縣史道濟募勇五百人，署苗栗縣知縣李烇募勇千人，署雲林縣知縣羅汝澤募勇一千五百人，“營製、營規一依湘、楚舊章，約略變通之”，按湘楚軍的營製，編成數營，楊載雲也添募陳澄波一營，黎知府又把棟軍傅德升（曾參加保衛新竹戰鬥）、鄭以金二營也劃給楊載雲指揮。
這樣，在部分老湘楚軍的基礎上，竟然編成了一支頗有規模的軍隊，成軍後，也借湘楚軍名號擴大影響，就命名為“新楚軍”，命副將楊載雲擔任統領。
楊載雲（也有記為楊紫雲或楊再雲的），原籍湖北，從軍來台，積功至副將。善於帶兵，作戰英勇，加以積極地編練新楚軍，讓這些新募之勇很快學會了基本的陣法戰術，士氣也很高，有了一些戰鬥力。
吳湯興的新苗軍也有擴大，已發展為六營，除衛中隊營一營隨身差遣外，其餘徐驤一營扼紮北埔，邱國霖一營扼守尖筆山沿山一帶，張兆麟一營分守三環水流東，陳超亮一營駐防深井，黃景嶽一營仍守苗栗。
黎景嵩對待義軍一視同仁，還下令將苗栗縣庫存不多的錢糧作義軍糧餉，並發給軍裝。縣庫見底，就發布告示籌餉，命士紳富人借款暫濟燃眉之急，承諾“一俟籌有巨款，即如數備還”，鼓勵大家增強信心，支持抗戰，“現已派新楚勁勇數營開往前敵，會同義軍，共圖恢複，力掃倭氛。”
經過努力，這一時期，新苗軍與新楚軍終於能夠比較緊密地配合作戰，史稱：義軍與清軍聯舟抗日的形勢，再度在台灣府一帶形成。
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當然，支持長期抗戰，需要持續的財力物力保障。光糧餉一項，台灣府就很難有這個力量承擔。何況，義軍還缺少軍械彈藥。
從當時起就有一種觀點，認為新竹日軍一千餘人，處於新苗軍、新楚軍和新竹以北各莊義軍的包圍之中。假如黎景嵩能夠主動與台南聯合，集中台灣、台南二府的抗日力量，請劉永福全麵主持作戰事宜，不僅收複新竹指日可期，而且戰局必有轉機。
其實，這是對形勢的不正確估計。
即使能打下來，打下來怎麼辦？
日軍決不是孤立的的一支，而是隨時可以從台北增援。日軍總數可是兩萬多人，從人數上都不在下風。何況，如果從軍械裝備數質量、兵員戰鬥素質上，皆不可同日而語。僅憑抗日軍的血勇，是難以一戰而定的。而且，那隻會讓鬼子高興。
大支義軍圍困敵一個大隊，卻被優勢之敵突破解圍，反而遭受重大損失，說明了這一點。集中兵力決戰不是以弱勝強的有效方法，“拖”才是要點，持久消耗敵人才是正確戰略，在打法上，遊擊戰才是真正發揮優勢、克敵之短的有效戰法。從後來我國的抗日遊擊戰，到近年中東某些國抗擊入侵的戰例，都表明了這一條。
後又有人批評黎景嵩未能與台南黑旗軍及時地聯手，致使收複新竹之戰功敗垂成了。特別指黎心胸狹窄，擔心劉永福占功，又夜郎自大，不願求援台南。
其實，未能及時聯合，絕對是個錯誤，但至於為何，恐怕還是戰略指導的錯誤，還有過於自信（下節我們再討論）。
客觀說，聯合起來尚不見得能一戰成功（甚至仍然可以認為可能性很小），何況是將抗日力量逐步投入戰鬥呢？
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侵台日軍隻以為大批正規清軍退走以後，台灣唾手可得。但仗往後越打竟然越艱苦。
日軍也沒有想到，義軍不光是神出鬼沒打遊擊、搞襲擾，他們還會集中起來打大仗，敢於向日軍占據的城鎮主動發起進攻。
在日軍將主要力量投入到台北新竹間，攻擊此地的抗日力量時，新竹日軍確實取守勢。此時，黎景嵩抓住時機，命令抗日聯軍各部克期收複新竹。
於是7月10日，北麵幾支義軍即將與台北出動掃蕩的日軍打響時，南麵抗日聯軍又對新竹發動了距上次時隔半月的第二次進攻。
但是，黎景嵩對形勢的估計更加過於樂觀，以為新竹指日可下。
而且，由於部隊不注意保密，被漢奸獲取並報告日軍，造成機密失泄的重大失誤。
一切隻緣於抗日軍軍事素養還是不足，個別軍官疏忽大意，違反了一般軍事行動常理。
本來台灣已經是魚龍混雜，新楚軍營官陳澄波還提前通知沿途地方供應，“駐稍後，冀香山接待，先使告香山總理（查清代陳朝龍纂輯《新竹縣采訪冊》等史籍，總理為掌管一村莊之職，相當於村長。香山在新竹西十裏）。總理則告新竹人，轉報日軍。於是，師未行而期泄。”[ 洪棄父《台灣戰紀》，見《中日戰爭》]