浙江巡撫楊昌浚打開都察院文書一看，大吃一驚。原來因楊乃武的申訴，都察院決定，將此案發回浙江重審。楊昌浚雖大為惱火，心想，此案怎麼可能有錯？都是刑部拖延所致，按原先計劃，此案應已通過秋審，早該交付執行，楊乃武早已人頭落地，何致會被發回重審？但都察院發回重審的決定卻不敢不遵。在楊昌浚看來，都察院並不比浙江巡撫衙門高出多少，雖是都察院發回重審，也不甚放在心上。他把此案交由原來的承辦官員杭州知府陳魯重審。
杭州知府陳魯接下這一申訴案子，也沒有把它當作一回事。壓了數十日，看也不看一眼。府台杜明禮見狀，向陳魯說道：“大人，楊乃武申訴一案自巡撫大人交下，已有數十日，不知大人如何應對？”
陳魯不屑地看了一眼杜明禮，說道：“這個案子是經巡撫大人審定後上報朝廷的，我們沒有吃過豹子膽，豈能去翻巡撫大人經辦的案子？既是他交給我們辦理，那意思再明白不過了，很明顯是要我們虛予應付，不可當真，隻要按原辦意見上報就是了。否則，他也不會叫我們原來辦過此案的人來重審了。你說是否？隻要再過一段時間，我們就可以原封不動，把此案報上，就說我們已經慎查細審，未發現原審有任何破綻。楊乃武申訴純屬無理，應按原審處理意見上報朝廷。這樣，定會得巡撫大人的讚賞。”
杜大人隻得說：“大人明鑒。話雖如此，如果我們不做一些實際工作，不要說朝廷，就是巡撫大人那裏，恐怕也是難以交待的。”
陳魯不耐煩地說道：“那你說應當做些什麼實際工作？”
杜明禮說道：“我們是否找一下與此案有關的一些人證，尤其是那些街坊鄰居，聽聽他們的意見？上次審理時，我們還沒有找過有關的人證呢！”
陳魯心想，此話分明是挑本官所辦案子的刺。本官從來沒有把這位府台放在眼裏，他心裏自然有數。這位府台心中對自己肯定有些怨氣。是不是這位府台想借此機會，找些這個案子中的紕漏，最終弄得這個案子定也定不下，翻也翻不了，好讓我下不來台？他好乘機出口惡氣？哼哼，笑話，本官辦的案件還有什麼差錯？讓他去見識見識本官所辦的案件是何等的鐵案如山。想到此，便對杜明禮說道：“杜大人說得是。那你先把案卷材料拿去看看，詳詳細細地看上一看，看看還應當做些什麼工作，回頭你再跟本官通個氣。”
杜府台聽陳魯說要他先看看案卷材料，無可推諉，便把所有卷宗材料抱了去。
數日後，杜明禮抱回了卷宗材料，陳魯語帶譏諷地問道：“杜大人，發現了什麼問題呀？”
杜明禮說道：“大人，卑職是有一些想法請教大人。”
陳魯說道：“說吧，別拐彎抹角的。”
杜明禮說道：“是，大人。卑職看了卷宗材料，覺得有這樣四個疑點，第一，楊乃武和小白菜所供述的勾搭成奸時間值得懷疑。兩人供述勾搭成奸的時間是在同治十一年九月二十八日的傍晚，而且雙方都供認此前還有數次調戲未能成奸的經曆，時間也均在傍晚後。卑職認為，傍晚這個時間是最不可能調戲或勾搭成奸的。因為死者葛品連是在豆腐店裏幫工。做豆腐生意的時間很有規律性，通常半夜三更就得起床磨豆腐，做好豆腐後還得上街賣豆腐。最忙的是早晨這段時間，最空的正好是傍晚後。就算葛品連睡在豆腐店裏，此時也可能還沒有去店。就是去了店裏，可能也會突然回家來。所以這時雙方勾搭成奸的風險最大。楊乃武和小白菜同住一樓，深知葛品連的活動規律，不可能在風險最大的時間段裏勾搭成奸。”
說到這裏，杜明禮停了下來，他想看看陳魯對此有何看法。不想陳魯見杜明禮停了下來，便說道：“嗯，說下去。你剛才不是說這是第一，還有第二、第三、第四呢？”
杜明禮見陳魯既不反駁，也未表態讚同，而是讓他繼續說下去，隻得繼續說道：“第二，楊乃武所供認的在從杭州回餘杭的半路上倉前鎮買砒的話不大可信。楊乃武既已到了杭州，為啥不在杭州買砒，而要回到倉前鎮來買？砒霜不是尋常之物，不一定哪個藥鋪都能買到。而杭州藥鋪多，這個藥鋪沒有賣，另外的藥鋪有賣；這個藥鋪不肯賣，另外的藥鋪肯賣。既是有心謀害他人，即有非買到不可的決心，那就不會在回來的半路上買。試想一下，如果倉前鎮藥店沒有砒霜出售，或者該藥鋪老板不肯出售，豈非有負美人空等？且杭州城內買砒無人會知悉，人海茫茫，就是日後在餘杭縣城發生了人命大案，杭州城裏的賣砒人也絕不會與自己出售砒霜之事相聯係。而倉前鎮藥鋪老板是認識之人，離縣城不遠，萬一消息透露，那是性命交關，難道楊乃武連這一點都沒有想到？第三，楊乃武和小白菜並無來往密切之證據。照理，雙方關係已經密切達到謀殺親夫的程度，必然是山盟海誓，如膠似漆，定會如書上所言，一日不見，如隔三秋。當小白菜夫婦搬出楊乃武家後，王心培及他的左鄰右舍都應當時不時地看到楊乃武從小白菜租住處進進出出的身影。但卷宗內也沒有這樣的證據材料。這對於兩個已經達到要謀殺親夫的情人來說，並不符合常情。第四，從材料上看，死者臨死之前，曾經縣城裏兩位郎中診治。想砒霜中毒，對於郎中而言，應當當時就可發現砒霜中毒症狀，不難辨別。而原來的材料上，卻沒有這兩位郎中的證詞。另外，說楊乃武交砒的時間也是在傍晚，前麵說過，這個時間不適宜雙方來往。”