慈禧太後接到王書瑞上奏的折子和片，不知該如何處置為好。此時同治皇帝剛死不久，光緒皇帝尚年幼，名義上是兩宮皇太後統攝朝政，而慈安不想參與煩人的政事，所以朝政大事都由慈禧太後一人說了算。雖說同治時慈禧就已垂簾聽政，那時畢竟還有同治帝在台麵上。慈禧想管就管，不想管就讓同治去管。如今光緒年幼，朝政大事不輪是否熟悉，都得自己一手操辦，像王書瑞奏折之事，該不該準奏，準了該派誰去，不準又該如何答複，慈禧還有些拿不準。於是，她隻好先聽聽其他大臣的意見。
慈禧太後叫來軍機大臣翁同和，問王書瑞的奏折該如何處置。翁同和認為，如果太後不準其奏折，須說出一些不準其奏折的理由來，不過還難以找出這樣的理由。現在京城官員都比較關注這一案件，支持這一奏折的官員不在少數。所以，以準其奏折為上。如果太後準其奏折，一是可以從京城二品以上官員或其他省封疆大吏中抽調官員赴浙江審理本案。不過此案至少三、五月方能了結，朝中大臣或外省封疆大吏抽出這麼長的時間有些難處。二是可以從浙江未參與此案審理的大員中選任。隻要是太後特命其審理這一案子，可以排除原審官員對此案的幹擾和影響。
慈禧太後說道：“那就從浙江大員中選任。浙江大員中何人可以勝任此職？”翁同和說道；“浙江布政司盧定勳，正黃旗出身，浙江學政胡瑞瀾，進士出身，浙江按察使蒯賀蓀，剛剛暴病而亡，尚未有接替大員。除楊昌浚，浙江現任大員也就這二位。”慈禧太後說道：“盧定勳此人本宮略知一二，所學不精，腦子不靈，隻知伺花弄草，不諳審案之道，憑其祖上蔭德，才有布政司之位。那就叫胡瑞瀾辦這個案子吧。你們起草個喻旨。”
就這樣，以兩宮皇太後的名義，特命胡瑞瀾全權審理楊乃武和小白菜因奸謀毒申訴一案。喻旨中說：
有人奏，浙江複訊重案意存瞻徇，請派大員查辦各折片。浙江餘杭縣民婦葛畢氏毒斃本夫葛品連誣攀舉人楊乃武因奸同謀一案，前經楊乃武之姊葉楊氏赴都察院呈訴。經該衙門谘回複訊，因原問官回護前非，經楊乃武之妻楊詹氏赴步軍統領衙門複訴冤情，當交楊昌浚督同臬司親提人證訊題具奏。現在葛畢氏既已供出實情，自應從此根究，以期水落石出，何以該問官屢用嚴刑逼令照依原供。且葛畢氏既堅稱因仇誣攀，實與楊乃武無幹，何以該問官仍置若罔聞，似此意存瞻徇，殊屬不成事體。
著胡瑞瀾提集該案人證，秉公嚴訊，務期究出實情，以成信讞。倘該學政見好同官，代為回護，仍照原題含混定案，別經發覺，定惟胡瑞瀾是問。此案情節極重，該問官一味遷延，難保不希冀楊乃武等有一監斃，便可含糊了結。現交該學政查辦，難保不暗中布置致死滅口。著楊昌浚嚴飭承審各員，將楊乃武、葛畢氏及案內要證妥為看管，聽候審訊。倘有監斃等情，不但治該員等以應得之罪，恐楊昌浚也不能擔此重究也。原折並楊詹氏原呈均著抄給胡瑞瀾閱看，將此各諭令知之，欽此。遵旨寄信前來。
楊昌浚接到這一喻旨，氣了個半死。他氣的是，喻旨中說浙江官員承辦此案是“有意瞻徇”，那就是說自己沒有公正之心，並不把大清律法放在心上，故意拖著不予辦理，想把人犯拖死於獄中，以此保住自己的頂戴花翎，不管此案有冤無冤。想想自己根本不是這樣的想法，而在一些朝臣的心目中，自己竟是這樣一位糊塗官員，心中確是氣憤難平。他更氣的是，喻旨要他管好兩個人犯，說如有不測，致兩人死亡，要以他問責。想想自己乃是堂堂封疆大吏，掌管一省之最高行政長官，而自己的頂戴花翎竟不如在押兩名死囚的賤命。兩宮皇太後竟如此看輕自己，心中實在氣憤不平。假如人犯得了不治之症，死在獄中，也要自己負責嗎？他氣的還有，把此案交於自己下屬承辦，而且是特命欽差，兩宮皇太後的意思分明是針對自己而來。所謂特命欽差，意思就是可以不受浙江任何人的製約。在浙江誰會去製約胡瑞瀾？有誰敢去製約？除了自己還會有誰？所以，朝廷分明是把自己看成是辦理此案的絆腳石。真正豈有此理！想到這些，楊昌浚真正氣憤難忍。
話雖如此，楊昌浚還不得不交待下去，嚴令所屬各員，將楊乃武、葛畢氏兩人妥為看管，不得出現任何意外！又讓龔嘉儁將案卷材料送至學台衙門。並囑龔嘉儁及兩名知縣結束本案審理，可以回到自己的衙署去了。
他又將張遲和李朝叫來，商議應對之策。張遲看了諭旨，說道：“大人，小人覺得大人可以寫一份奏折，反擊朝中那些胡言亂語之人，以便讓太後知道大人您的意見。如今皇上年幼，兩宮皇太後執掌朝政。說句大不敬的話，兩位太後畢竟都是女人，耳朵皮軟，容易聽信周圍人之言。官場之上不能逆來順愛，不能落於下風，得申辯時就得理直氣壯地提出申辯意見。小人以為，恐有人想借此案以達到自己的目的，為取得太後信任，不惜在背後捅大人刀子，大人不可視而不見。如果此時大人在太後心目中留下不好的印象，對大人的前程很是不利。”張遲見楊昌浚並無反對意見，又說道：“從這一喻旨看，朝中大臣分明不了解此案，他們紅口白牙，信口雌黃，大人得好好教訓教訓他們一頓才是。”
楊昌浚也想想張遲之言不無道理，太後的確很可能受到了朝中大臣左右。為了給自己辯白，他聽從張遲之言，決意寫一個奏折，對張遲說道：“張先生，就按你的意思，寫一個奏折。要寫得有些分量，但也不能寫得太過囂張，要棉中藏針，不露鋒芒。寫好後，交給我看看。”