刑部裏一片沸騰，通過勘驗審明了如此大案，刑部官員一個個就像打了大勝仗，神氣活現，趾高氣揚。可憐李起，因不讚同勘驗之舉，就像一隻鬥敗了的公雞，躲在角落裏，不敢亢一聲大氣。
崇實、桑春榮把刑部主事以上官員召集到一起，商議起草結案奏折。崇實說道：“列位大人，楊乃武與葛畢氏因奸謀毒一案，經本部勘驗，現已有明確結果，經本官向太後老佛爺稟報，太後要本部盡快給出一個折子。今天請列位大人議一議此事。”
桑春榮說道：“本案通過勘驗，確係無毒因病而亡。本案原題有兩款案由，一是奸情，二是謀毒。通過勘驗，現已查明，本案不存在謀毒情形，對此，不應有任何疑義。經潘大人審問，楊、畢兩人有無奸情一節，已有眉目。因兩人是否有奸情的問題，事關本案最終處理結果，須得好好議議。如有謀毒之事，必有奸情無疑。現已查明，本案並無謀毒一節，然是否有奸情一節，尚未定讞。有謀毒必有奸情，然無毒並非沒有奸情。若有奸情，仍應懲治楊、畢二人。所以，奸情一節，現已成為本案另一重要一環。本官覺得，是否先請潘大人談談對此節的看法。”
潘祖蔭說道：“既是桑大人有令，本官又是主審此案，理當向諸位大人稟報。奸情一節，事屬隱秘，若非雙方確供或當場抓獲，極難查明。本官雖經盡力審查，卻並無明晰定見，尚祈諸位大人賜教。本案因刑逼之故，有供有翻，真真假假，把奸情一節，弄得雜亂無章，麵目全非。本官審理此節，從三個方麵入手：一是原題案卷材料，二是隔別審問楊、畢兩人，三是審問來京多名證人。原題材料看來難以作為定案依據。因其所述奸情被撞破一說，已被胡瑞瀾大人所推翻。原題所述同治十二年八月二十四日楊、畢兩人行奸時，被死者葛品連撞破，葛品連責打葛畢氏，葛畢氏欲剪了頭發去當尼姑，楊乃武聞言，勸葛畢氏尼姑不要去做，不如嫁給他，致有楊、畢兩人商議謀毒一事。胡大人審理本案時，認定當天因葛畢氏醃羅卜菜遲延，致夫妻兩人口角，葛畢氏要剪去頭發去當尼姑。楊乃武聞言後來勸葛畢氏，尼姑不要去當，不如嫁了他，並商議謀毒一事。故本案之中，並無奸情實據。另有王心培所稱，雖未親見楊乃武來到葛畢氏家中，隻是常聽葛畢氏家夜半有開門之聲，但是否楊乃武在此時出入，不能確定。另沈喻氏懷疑楊、畢有奸情，也隻是聽其子葛品連告訴，並未親見。親見的，隻是兩人同食教經而已。雖形跡可疑，究非奸情確據。現隔別審問楊、畢兩人，兩人均已翻供，極力否認奸情之事。故本官認為，定兩人有奸情，尚無確鑿證據。不知列位大人有何高見？”
紹祺說道：“潘大人，據原來卷宗所稱，楊、畢兩人之奸情，茶肆酒樓，早有傳聞，以致於餘杭城內，無人不知，無人不曉。俗話說，無風不起浪。如此風大浪急，豈有起於無形之可能麼？”
潘祖蔭說道：“紹大人問得好！據原卷材料所載，楊、畢兩人之奸情之說已成滿城風雨，並非虛妄。隻是本官以為，定案須有明證確據，道路傳聞並不能作為定案確據。茶肆酒樓之中所聽到的，少不了添油加醋，甚至無中生有。如在案發之初，一一予以追查，尚能查個水落石出，知其究是無中生有，抑或確有其事。而本案已由本部提審，早經多次調查，想必該追查的已經追查，該有的證據均已到案，本部不可能依據道路傳聞再予追查。現既無奸情確據在案，本部也隻能以奸情證據不足了結。紹大人以為本官此說是否在理？”
紹祺說道：“潘大人此話雖是不錯。本部辦案總得依證而斷，沒有證據，斷不能隨意給人定罪科刑。然本官總覺得如此大案，未有可靠證據來否定原先成見，心裏總有點不夠踏實之感，或者說尚有遺憾之處。”
錢寶廉說道：“本官認為，如此結已經十分難得，應當說，本部所辦此案已是十分漂亮。無毒的結果，本身也是對原先有奸情一說的否定。定罪須有證據，無證據便不能定罪。此案原先定楊、畢兩人有奸情須有證據，然現推翻先前奸情一說，卻並不須要有證據。這正如認定潘金蓮與西門慶之奸情須有證據，說武鬆與潘金蓮無奸情卻並不須有證據，也無法取得這樣的證據。本案之所以成為冤案，一個重要因素便是街巷間兩人奸情的不實傳聞，且當地官員相信了這些不實傳聞，才有這冤案的鑄成。此案給辦案官員的一個深刻教訓就是，千萬信不得道路傳聞。道路傳聞信不得，但楊、畢兩人均作過有罪供認為何不信，倒是一個不能忽視的問題。本官記得，楊、畢兩人歸案後，均作了有奸情之供認。現謀毒一事已由本部開棺驗屍予以推翻，而兩人所作曾有奸情的供認，現尚無推翻的有力理由。且兩人對奸情的供述相互吻合，無懈可擊。現在予以全盤否定，本部對外應當作何解釋，還請潘大人賜教。”