魏大中又說阮大铖使了手腳以至周士樸無法升遷，這也似乎甚為勉強，不太能說得通，頗有捕風捉影之嫌。
蓋因《明史》楊漣本傳記曰，楊漣彈劾魏忠賢的二十四大罪之一就是：“給事中周士樸執糾織監。忠賢竟停其升遷，使吏部不得專銓除，言官不敢司封駁，大罪十七。”
此處言周士樸是因參糾織造太監而被魏忠賢阻其升遷。
周士樸，字丹其，商丘人，泰昌元年征授禮科給事中。此人專與內監作對，太監王添爵選淨身男子索賄案、守陵太監劉尚忠鼓動守陵部隊挾賞案、太監劉朝等以送軍器為名出行山海擾亂地方案等，他都有上本彈劾。尤其是天啟三年六月，千餘名太監要求提前供給冬衣，闖入工部侮辱尚書鍾羽正，砸毀其公座，謾罵、毆打工部官員；以及天啟四年正月，蘇州府同知楊薑、應天巡撫周起元彈劾織造稅監李實（也就是楊漣說的“執糾織監”）這兩案中，他為朝官辯護、攻擊太監尤厲，故深為魏忠賢所恨。
周士樸升遷被格，《明史》本傳說他是因“尤好與中官相搘柱，深為魏忠賢所惡。會當擢京卿，忠賢持不下，士樸遂謝病歸”。 而之前所說的楊薑、周起元劾李實一案，在天啟四年的正月二十三日才剛剛告一段落，隨即二月中周士樸升遷之疏被格不下，此顯係魏忠賢和太監集團一心報複所致，是雙方結怨已久的結果，既非一日之曝，亦無需什麼人去唆使魏忠賢，何況周士樸還是為趙南星等人所推升，那就更別想升遷了。退一步講，無論阮大铖有否在其中做什麼動作，這周士樸都是無法升遷的。況且此年二月，阮大铖還通不到魏忠賢，最多隻能通到錦衣衛的一個小小刑理事，即使連這都還是隔著一層關係才夠上的，要說走個後門給犯人說項少吃點苦到是可能，可要幹涉京卿升遷，此刻他的關係還遠遠不夠分量。
故餘以為魏大中之所以有此一說，無非是因周士樸正好於此刻不得升遷，於是順手將此事附於阮大铖之身而已，可即便這樣，他在末尾還是不得不加上一句：“蓋亦方以疏參織監取忌中璫也。”
隻可惜，補了這句之後，他底氣就顯得不那麼足了。
又，《明史》諸傳所記，除於補缺首選有異同之外，對書召阮大铖入京之人的記錄，也和當事人魏大中敘述不同。
《明史》左、阮兩傳以及錢秉鐙《皖髯事實》等，並雲書召阮大铖者為左光鬥，而魏大中卻說是劉弘化，是事甚堪斟酌。
按《魏廓園先生自譜》道，書召阮大铖者為劉弘化，不是左光鬥。同時他還將阮大铖與自己產生矛盾的關鍵，歸之於劉弘化的居中挑撥，具體原因他沒說，隻說劉弘化“不便予之居斯地也”，因此急召回家省親的阮大铖入京待缺，使得魏大中無法越過阮大铖補缺。在此段中有一處人名缺損：“（原文殘缺）於冬間既微以親病聞矣”，按前後文及其他史料推斷，與此事有牽連又有丁憂消息傳來者，隻有劉弘化，所以此人名當為文中的“某”，即劉弘化。
當時的“塚宰”，即吏部尚書趙南星以及其他幾位東林核心，為了能讓魏大中登上吏部掌科之位，可謂處心積慮，做了不少小動作。一方麵，他們乘劉弘化家中丁憂消息還不確實尚在其位，急行推升工部的周士樸，使工桓先行出缺，好讓排名第二的阮大铖補去工桓；一方麵又讓阮大铖的同鄉左光鬥出麵去做阮的工作，要阮大铖接受去工桓的任命。這樣一來，即使劉弘化補了吏桓，也馬上會因丁憂去官，吏部的位子最終還是魏大中來坐。
但據魏大中所言，又是這個劉弘化在知道此事後居中挑撥，致使阮大铖誤以為此乃魏大中所為，使得阮大铖原來隻是對趙南星、左光鬥等人不讓他補吏桓缺的行為不滿，現在對魏大中也開始不滿，有所嫉恨。
由此可見，當時書召阮大铖的並非左光鬥一人，至少還有這位劉弘化。而魏大中之所以不提左光鬥，估計是因他在家撰寫這份年譜時，已知左光鬥下獄，自己亦將不免，故不欲在此再指責因左光鬥書召阮大铖來京，致使東林黨內部起矛盾。二則左光鬥後來在爭吏桓一事中倒向了魏大中一方，且在此事中他不象劉那樣有厲害關係，所以一旦提起左光鬥也曾書召阮大铖，等於間接證實了按序確應是阮大铖即位，那麼這起爭端便是曲在魏大中，這將與他下文為己辯護之詞互相矛盾，所以幹脆就避而不談了。
最後，爭吏桓一事以阮大铖補缺後幾天又辭職而去、魏大中繼任而告終。但是，這之後的餘波，卻依然甚為曲折而複雜，亟待仔細考辨。據魏大中說：
於是某之喪聞，而阮補吏桓矣。阮既補，予以阮故未絕於吾黨，凡事誠意相商，必不至大決裂，乃某意既弗善予，複不善阮，欲乘此兩去而更有所屬。會西江諸子以鄒公匪石調銓事，弗得予聞為恥，阮因合章（原文殘缺）並合黃正賓、陳居恭共構之。而操江（原文殘缺）複怏怏於弗得驟遷，令圖予複圖浮邱，而傅櫆之疏稿具矣。櫆稿具而阮始辭朝，予急叩塚宰，停數日且弗推，塚宰既諾之矣，乃以是日升予。十八日，予遷吏科都給事中。十九日，傅櫆疏上。時魏奄如涿祠元君，阮留涿，燃秸相拜，作竟夜談（8）。
由此可以知道，在阮大铖補了吏桓缺後，他與魏大中以及左、趙等人的關係在明麵上還是不錯的，即使是身處矛盾中心的魏大中，亦以為阮大铖其時“未絕於吾黨，凡事誠意相商，必不至大決裂”，尚屬黨內“同誌”關係、“人民”內部矛盾；其次是阮大铖在二月十九日傅櫆發難前，已經“辭朝”離開北京，他在這個吏部都給事中的位置上，連板凳都沒坐熱就走人了。這期間他曾上了一封要求嚴懲吏部“大計”中弊端的《懲貪疏》（9），算是留了個紀念。
隻是阮大铖既然得了這個職位馬上就辭職而去，那先前為什麼又千辛萬苦，甚至不惜和左、魏等人搞僵關係也要得到這個職位呢？
以阮大铖之心思機巧，以及從官場得失和厲害關係上看，他都不應該做那麼愚蠢的事情，但自與他交往多年的鄉人錢秉鐙的口中，我們卻可以知道其答案所在。錢秉鐙說“其人器量褊淺，幾微得失見於顏麵；急權勢、善矜伐，悻悻然小丈夫也”（10），可見阮大铖的個性中並不具備職業政客那種深謀遠慮的機心，而是一個為人氣量偏小、些許得失就掛在臉上、自傲又頗為意氣用事的人，確切地說，他身上更多的是一種自矜偏狹的文人意氣。
他之所以非要爭這個位置，我推測大約一是他自覺才堪充任，二則論資曆確實該他補缺，三是他要爭口氣給趙南星等人一個難堪。他甫一上任就辭職的潛台詞，應該便是你們搞那麼多小動作不讓我上，現在我靠自己的力量爭取到了，讓你們知道我不靠你們也一樣可以坐上這個位置；而我上了一封疏，皇上還準奏了，這至少表示我還真就能做好這個官。我現在辭職不幹了，這是我讓給你們做的，我看你們臉上臊不臊。
關於這點，我們還可以自黃宗羲父親黃尊素事跡中得到佐證。黃宗羲在記載他父親事跡時曾說：
阮大铖長吏垣，與桐城、嘉善不睦，借一去以發難。先生挽大铖，使毋去，大铖意亦稍轉，而無奈桐城之疏彼也（11）。
桐城、嘉善，即左光鬥與魏大中。黃氏明言他知道阮大铖是“借一去以發難”，是以才周旋其間，意圖挽留阮大铖以彌合雙方，而“大铖意亦稍轉”，無奈左光鬥此刻已倒向了魏大中一麵，堅持要魏大中接任，是以終究沒能挽回此事。
再接下去，魏大中又對阮大铖提出了一項更為嚴重的指控：“櫆稿具而阮始辭朝，……十九日，傅櫆疏上。時魏奄如涿祠元君，阮留涿，燃秸相拜，作竟夜談。”
這便是後來被頻頻提起頗為著名的“叩馬獻策”，意即當時阮大铖主動找上了魏忠賢，為其絞殺東林黨獻計獻策。這條材料一旦坐實，即便我們不知道阮、魏密談的內容，阮大铖參與天啟四年陷害東林黨人之罪名，也幾乎無可置疑。
但是，這條資料疑點頗多，並不那麼確實。
首先是以當時魏忠賢涿州進香時的權勢排場，幾乎等同於皇帝，這也是楊漣攻其的一大罪狀：“忠賢進香涿州，鐵騎之簇擁如雲，蟒衣之趨隨耀日，警蹕傳呼，清塵墊道，人人認為駕幸涿州。及其歸也，以輿夫為遲，故駕駟馬，羽幢青蓋，夾護環遮，則已儼然乘輿矣。（12）”如此情況下，阮大铖身為一名東林黨人，與魏忠賢在野外燃秸相對做徹夜長談，幾乎不可能，也沒這個必要。哪怕阮大铖真在夜裏於半路“叩馬獻策”，魏忠賢也大可將其帶去前麵落腳處長談。退一步說，就地入車也好，立帳入幕也好，對其時的魏忠賢來說都隻是彈手之間，且等同於皇帝級別的大隊人馬進香，要火炬有火炬，要暖爐有暖爐，斷不至要“燃秸相拜，作竟夜談”。
而阮大铖在弘光朝曾上過一封《孤忠被陷之由疏》，其中針對此事喊冤道：
铖與相國馮銓有文字交，歸過涿州，一晤即行；而大中門客汪文言遂誣铖與銓以“叩馬獻策”。夫铖與銓在涿州，忠賢在深宮近侍，其馬安得而叩之（13）？
阮大铖的話，在沒有得到其他旁證前當然是不能做數的，但他在這裏卻透露了一點有用的信息，那便是“叩馬獻策”之說非魏大中本人發端，而是自汪文言處聽來的傳言。
那麼這個傳言是否可信呢？
至少顧炎武及文秉等東林一脈的傳人是亟以為可信的。如顧炎武就駁斥阮大铖之說道：
叩馬獻策，原指逆賢進香涿州之日，非指深官近侍之日；大铖南歸過涿州，正逆賢進香至涿州，萬耳萬目何可掩也（14）！
文秉則道：
大铖南歸至涿州，適逆賢進香至涿，馮銓跪謁途次，萬耳萬目，胡可掩也！逆賢豈身不出宮禁，而以之辨叩馬獻策之為誣哉（15）？
兩人的駁斥的說法聽起來甚為有理，你阮大铖南歸時過涿州馮銓處，而魏忠賢正好那會去涿州進香，你卻居然說魏在深宮近侍，這不是睜眼說瞎話嗎？而且此事“萬耳萬目”，何可掩也、胡可掩也，如此多的證人言之鑿鑿，應該無可置疑。
但文秉所言之中，也流露出了一絲問題，即“大铖南歸至涿州，適逆賢進香至涿”後，接下來說得卻是“馮銓跪謁途次”，而不是“大铖、銓跪謁途次”，這上下兩句之間其實並無邏輯關係。照此說來，“叩馬獻策”者似乎隻有馮銓一人，
另一個問題則在於以阮大铖身負江南第一才子之機敏，怎麼就編了那麼一個白癡而又容易被戳穿的謊言來為自己辯護呢？
然而看當時在魏忠賢手下內直房經管文書的太監劉若愚《酌中誌》所記（16），可知當時跪謁途次的確實隻有馮銓一人，並無阮大铖在內。應該說，這是目前知道最第一手的資料，且劉若愚並非魏黨，其記載的可信度是比較高的。
從這個角度出發，我們再仔細去看下時間，便可發現指證阮大铖“叩馬獻策”者肯定出了差錯，其傳言大有問題。
蓋魏忠賢去涿州，乃是為祭祀“元君”。“元君”者，碧霞元君也。《明史》趙參魯傳曰：“萬曆二年，慈聖太後立廟涿州，祀碧霞元君。”有明一代，此君香火頗為旺盛。劉侗、於奕正所著的《帝京景物略》道：“四月一日至十八日，傾城趨馬駒橋，幡樂最盛，碧霞元君誕也”；劉若愚《酌中誌》的卷二十“飲食好尚紀略”，於“四月”條下亦雲：“初旬以至下旬，耍西山，香山，碧雲等；西直門外之高梁橋，涿州娘娘，馬駒橋娘娘，西頂娘娘進香”，在說馮銓“叩馬獻策”的“黑頭爰立紀略”中，他又特意說起此項內廷風俗道：“涿州去京師百餘裏。其涿郡娘娘，宮中鹹敬之，中宮進香者絡繹。”而清人潘榮陛的《帝京歲時紀勝》中，也說祭祀碧霞元君的時間是在四月。
再查現在涿州以及附近各地的地方及道教資料，包括泰山在內，碧霞元君的聖誕也都是四月十八日，祭祀活動基本集中在四月十六至十八這三天內。如雪花山碧霞元君廟，就是四月十六至十八三天，由井陘舊城周圍四、五十個村莊組織參加廟會，還有著一套相當嚴格的程序和儀式。
據此可見，魏忠賢去涿州進香時間為四月一日至十八日之間無疑，準確地說，應該是在四月十六到十八日這三天間，魏忠賢盤桓於涿州一帶。
然而按照魏大中自撰年譜所記，阮大铖已於二月十九日傅櫆上疏之前“辭朝”離京，這兩者之間的時間差長達兩月之久，且二月時連魏忠賢自己都不知道四月會去涿州進香，要說阮大铖在那裏等他“叩馬獻策”，不免過於附會，跡近家言。
這便是阮大铖為什麼要大喊冤枉，說“汪文言遂誣铖與銓以‘叩馬獻策’。夫铖與銓在涿州，忠賢在深宮近侍，其馬安得而叩之”的原因所在。結合劉若愚的記載，基本可以斷定他說的沒錯，他離京時魏忠賢確實在深宮近侍，而阮、馮二人在涿州也確實叩不著魏的馬頭。
再還有一點旁證，也可證明阮大铖當時與魏忠賢還攀不上關係，此條資料還是來自於阮大铖的鄉人錢秉鐙。他說阮大铖辭職回鄉之時，“大铖與同誌相呼應者，馮銓、霍維華、楊維垣等數人耳；而用以通閹者，倪文煥也。（17）”
按《明史》閹黨列傳，倪文煥之通魏忠賢，是通過崔呈秀的門徑，而崔呈秀通魏忠賢，則在天啟四年九月之後。倪文煥是因謁崔呈秀求救，才被引入魏忠賢幕的，其首功為彈劾兵部侍郎李邦華、禦史李日宣、吏部員外郎周順昌和林枝橋，但這已是天啟五年的事了。因此阮大铖即使真的通魏，最早也要到天啟四年年底之後，他於天啟四年的二月到四月間，壓根還沒找到門路和魏忠賢說上話，若其果有涿州“叩馬獻策”事，則何用倪文煥為之通魏。
顧炎武與文秉等人，首為門戶之見所蔽，次不察當時內廷慣例與民俗，三未梳理通關節所需之門徑，隻因阮大铖歸家要路過涿州且與馮銓有過交往，而魏忠賢也去過涿州進香，就生生把馮銓“跪謁途次”之“叩馬獻策”事給硬扣到阮大铖身上，並以“萬耳萬目”雲雲為言，此種處理態度，不免使人感到遺憾。
在阮、魏爭吏桓事告一段落後，魏大中雖然說阮大铖與東林諸君的矛盾之起是因劉弘化的挑撥，但又說之後傅櫆對東林黨的發難，有阮大铖唆使的因素在內。
這其中有個問題先要解決，那便是何以同為東林幹將的劉弘化要如此針對魏大中呢？
其實說穿了也並不奇怪。那時候雖然朝中東林黨與魏忠賢及齊、浙、楚三黨鬥爭激烈勢同水火，可東林黨內部並非鐵板一塊。有為政見不合而紛爭的，有為地域小集團利益不睦的，也有為爭權奪利而勾心鬥角的，總之是林林總總不一而足。這其中，尤以鄉黨之爭為烈，其時朝中以及東林內部的各地方集團之間經常互相攻訐，部分東林黨人甚至借助東林以外或對立方之力而大動幹戈，且同鄉在朝為官者，也經常出現跨越黨派互相提攜和一致對抗其他勢力的現象。如《明史》魏大中本傳就這樣說到：
吏部尚書趙南星知其（魏大中）賢，事多谘訪。朝士不能得南星意，率怨大中。而是時牴排東林者多屏廢，方恨南星輩次骨。東林中，又各以地分左右。大中嚐駁蘇鬆巡撫王象恒恤典，山東人居言路者鹹怒。及駁浙江巡撫劉一焜，江西人亦大怒。給事中章允儒，江西人也，性尤忮，嗾其同官傅櫆假汪文言發難。
《明史》黃尊素傳則曰：
是時，東林盈朝，自以鄉裏分朋黨。江西章允儒、陳良訓與大中有隙，而大中欲駁尚書南師仲恤典，秦人亦多不悅。尊素急言於大中，止之。最後，山西尹同皋、潘雲翼欲用其座主郭尚友為山西巡撫，大中以尚友數問遺朝貴，執不可。尊素引杜征南數遺洛中貴要為言，大中卒不可，議用謝應祥，難端遂作。
劉弘化與魏大中有什麼過節，目前不得而知。但魏大中持論刻峻為人梗直，平時得罪人不少，得罪的東林黨內地方勢力也不少，因此他與東林黨內一些人士有比較大的矛盾也並不奇怪。僅以上兩條所引為例，便可知其至少得罪了朝中和東林黨內的山東、江西、陝西、山西等地方集團，是以最後地方鄉黨勢力終於跨越政治集團之界限，聯合起來對其發難。
第一個對他發難的，便是言官傅櫆。
傅櫆，江西臨川人，刑科給事中。天啟四年傅櫆借汪文言一案牽連彈劾左光鬥和魏大中，二度反複後最終釀成大獄，朝中東林黨魁於斯役全軍覆沒，幾乎被一網打盡。諸書並雲傅櫆此舉是為阮大铖指使，並以此為阮大铖投靠魏忠賢集團的發端，予以為此言又大不然。
據《明史》王紀、葉向高兩傳及《國榷》等記載，東林黨人、刑部尚書王紀先後上書彈劾魏黨徐大化、第一位附魏的閣臣沈紘以及魏忠賢本人，致使徐大化去官，由於當時魏黨勢力已頗具規模，遂於天啟二年七月甲辰遭到報複，被斥職為民。當時傅櫆也為救王紀而上疏抗爭，將被貶謫，幸為東林重臣葉向高所營救，但最後還是被處以奪俸之罰。
據此可知這傅櫆原非魏忠賢黨羽，而且他還曾和魏忠賢唱過對台戲，至少可以算是個中立人士。
事實上，傅櫆向魏大中發難，並非是針對東林黨這個政治集團，而是純粹因鄉黨之爭而起，針對某個具體個人的意氣之爭。他一開始針對的也不是魏大中，而是當時的吏部尚書趙南星。
傅櫆是因趙南星任用兵部職方司郎中鄒維璉為吏部稽勳司郎中一事發難的。
這位被提拔的鄒維璉，說起來確實不符合言路官員以往一貫任用條件，蓋當時同一部門的言路官員不得一省用兩人，以免結黨弊端，而吏部先已有江西人吳羽文為驗封司主事。趙南星雖然曾上過一封要求改革此項製度的疏奏，但在這件事情的執行上卻過於獨斷專行，終於鑄成了大錯。
在當時，如果某部要調人充任郎中、給事中一類的言路職位，必先向其同省在京的言路官員做書麵谘詢，名曰“訪單”，即要先谘詢此人在鄉在朝的口碑以及諸人的意見，以示此項任用之無私和對言路官員的尊重。這種“訪單”雖然是一種不成文的慣例，但實際上早被各省在京言路官員視為自己一種當然權利，因為他們的評議可以在很大程度上幹涉任命的實施與否，若被任命者聲名狼藉，則多半無法實施任命。此即為“言官清議”之一種，雖有一定的弊端，但總體來說，在當時社會及製度背景下，是一種相當不錯的官吏任命製約手段。