事後，保護蔣經國的那位便衣警察獲贈蔣隨身攜帶的昂貴手表。蜂擁而至的美國記者請蔣經國發表遇襲感言，蔣神態從容鎮定：“這些懷有異見的人，他們如果有什麼不同意見，可以向我陳述，我一定接見。至於這兩個被逮捕的無知青年，我希望美國把他們釋放。”
但蔣經國回到台灣後，黃文雄即被列入重點看顧的海外黑名單，情治單位對黃的家人也一直“照顧有加”，隻是美國的法律製度最終成就了蔣經國的仁慈。
在警局內，警察從他身上搜不到任何證件。黃文雄行前也沒有告訴女友自己的計劃。他預判，當天下午，女友會到住處找他，因此他必須把時間拉長，讓女友和可以照顧女友的朋友們在警方查出他的住處前，有機會從電視上得到消息。他顯得十分冷靜，警告警察自己會有很好的律師，“明天的《紐約時報》頭條肯定會是我”。直到當天晚上，他斷定新聞已經傳到康奈爾大學後，才說出了自己的名字、學校和住址。
很快，他和鄭自才被檢方以“謀殺未遂和共謀”罪起訴。
在拘留所裏，他認為自己見證了當年美國人反越戰運動給社會帶來的改變，比如這場運動讓許多美國人對第三世界的反對者有了更多同情和支持。在好幾個拘留站，他們受到工作人員的特別照顧，甚至所經之處，還有人舉起拳頭向他們打招呼，以示加油。而相同囚室裏，大多都是政治犯，包括反戰運動、黑人解放運動和波多黎各獨立運動的成員。直到今天，他還清晰記得在牢中的時事辯論會。
由於涉及聯邦事務，當局將保釋金定得很高，黃文雄需要十萬美元，鄭自才需要九萬美元。他們的律師稱，這創造了紐約當時的紀錄。但不到三個月，台灣在美國的留學生們為他們成功募款，湊齊了保釋金，兩人獲得保釋。黃文雄認為這也證明刺殺行動的成功，如此迅速籌到保釋金就是另外一種投票，等於對蔣氏王朝做了一場民調，也對美國政府的台灣政策帶來一定衝擊。
雖然蔣經國多次表現出對此事的大度，仿佛若無其事，但槍擊事件的巨大刺激令蔣經國終生難忘，以至於此後經常嘀咕：“台灣人為什麼要殺我？”正是在這樣的反思中，體製向台灣本土年輕人開放，李登輝、連戰、吳伯雄這些熟悉的名字得以進入體製。隨後到來的所謂外交危機也化作改革的動力，政府、知識分子、民眾之間似乎達成了某種暫時的和解，台灣最終走向解除戒嚴體製。
一些美國人主動遞上援手。為黃、鄭二人辯護的律師中，一位律師的女兒也因反戰案件被聯邦政府通緝，另一名律師是調查紐約警察貪汙委員會的成員，也是一名前檢察官。康奈爾大學幾位社會學家則製定了一套陪審團篩選方法，以幫助辯方律師。
但是最終，黃文雄和鄭自才選擇了棄保逃亡。他們得到了負責出入境工作的幾位外國朋友和台灣老鄉的幫助，順利在FBI的監視下逃亡。有關逃亡的過程，黃文雄自稱“十分精彩，是自己報廢前必須好好寫下來的故事”。但還未來得及向包括我在內的采訪者詳細描述，他便被醫生禁止外聯了。逃出美國後，鄭自才在瑞典被發現，此後被引渡到美國，服刑一年多後，被假釋出獄。而黃文雄則在歐洲遊蕩了二十五年，直到蔣經國在臨終前拔出關著民主的魔瓶塞子後第八年——1996年，黃文雄得以回到台灣。
這一年，他在回台公開身份後接受的第一個電視采訪中，被主持人問：“現在最想說什麼？”他說，想向當年美國的女友道歉。
要做怎樣的反對者？
有關歐洲流亡的故事，黃文雄一直守口如瓶。他隻是一直強調為了不讓自己暴露：開車十分小心，生怕出事，同時也不會去酒吧喝酒；實在想家，也不敢給家裏電話。
1992年，流亡期間的黃文雄主動找上在歐洲訪問的“國大代表”、反對黨的要角陳菊。陳菊回台後於《自立早報》刊載《二十一年生死兩茫茫——喜見刺蔣案黃文雄誌士》一文，台灣人才首次得知黃文雄“別來無恙”。
四年後，黃文雄回到了台灣。雖然早在四年前，李登輝就已經宣布解除海外黑名單，但對當時的政治環境還未抱太大信心，黃文雄選擇的入境方式是偷渡。
此時他的母親已臥病在床五年。黃聽從弟弟的意見，與母親見麵時，扮作弟弟從美國歸來的朋友兼推拿醫生。但他沒想到的是，已經二十六年未見的母親很快就認出了他，和他對望著。也許是看出黃文雄情緒上的激動，在他為母親按摩腳的時候，母親用腳趾夾住他的手指，眼中有一閃慧黠的光芒。“母親似乎在告訴我，我們得先騙過他們。已經回來了，要哭以後再哭。”
母親的舉動讓黃文雄決定提前召開記者會，宣布歸來。此後他遭到起訴，檢方的理由是，雖然其擁有“中華民國”護照，但是沒有戶籍，必須申請後才能入境。最終黃文雄勝訴而獲判無罪。
回到台灣後，黃文雄仍然充滿爭議，有關他刺蔣的細節被媒體大量報道。直到2000年，國民黨人唐湘龍在《中國時報》上發表文章，稱他為“刺蔣暴徒”。而在同一年，他則被剛當選為“總統”的陳水扁聘為“國策顧問”。
不過黃並沒有因此加入民進黨，他並沒有像其他“海外黑名單”上的異議者一樣，在台灣民主化後，把曾經的“反對者”身份作為資源，在各種選舉場合呼風喚雨。他回到台灣後，依然扮演的是體製的批評者。
在陳水扁執政期間，謝長廷內閣曾推出“台灣全民指紋資料庫”計劃，在居民更換身份證時，被強製要求按捺指紋。為此，在2005年5月24日，黃文雄與台灣人權促進會、“中國人權協會”等人權團體合組為“拒按指紋524行動聯盟”，公開反對“行政院”推行的“全民指紋建檔”計劃。
最終，“司法院”大法官公布“釋字第603號解釋”，宣告該案法源應不再適用。2005年10月，官司獲勝後的黃文雄辭去“國策顧問”職位，轉任台灣人權促進會顧問。他終其一生，都是一個反對者。但在黃文雄的世界裏，敵人隻是不合理的體製，統獨從來不是他關心的重點。他出生於日據時期，與傳統的本土精英極為親日不同的是，他認為日據時期的台灣，殖民化和現代化同時進行，情感十分複雜，今天台麵上的兩極化說法都過於簡單。
對台灣，他充滿了感情。他常提及台灣學者曾建民的著作《1945，破曉時刻的台灣》。這本書描述了1945年8月15日台灣光複、日軍投降到陳誠和國軍接管的兩個多月時間裏，台灣高度自治的狀態。多元的公民團體和社會組織如雨後春筍般湧現，共同規劃戰後重建，甚至有公民社會自我組織能力的萌芽出現。曾建民是統派學者，此書認為這種局麵是台灣人高度的民族認同感驅使下完成的。黃文雄也沒有反對這點，他也認為1945年台灣人脫離殖民統治、回歸祖國的歡欣達到了高潮。但讓人可惜的是這個高潮不但隻有空前，而且絕後，兩年後，“二·二八”事件和白色恐怖接踵而至。以至於他常想，若早期接管台灣的大陸政權是個民主政權，今天的台灣會有如此大的爭議嗎？
他年輕時深受影響的雷震、殷海光、柏楊是標準的外省人。回到台灣後，他和柏楊第一次見麵時，柏楊很認真地對他說：“文雄啊，你開那槍後，我們牢中原來判輕罪的都改判重罪，原來判重罪的都改判槍斃了。但我們都不怪你，隻怪你槍法怎麼這麼差！”
他也不關心權力屬於哪一派，真正要緊的無非民之福祉。2006年12月4日，黃文雄在台灣綠黨網站發表《我為什麼支持綠黨？》一文，公開表態支持台灣綠黨的理念，以拓寬台灣的多元政治光譜，並批評泛藍與泛綠關懷的議題主要局限於“國家認同”與省籍差異而非公共議題。依照2012年“立委”選舉的不分區政黨票來排名，綠黨目前為台灣第五大政黨。這個政黨長期關心勞工、弱勢、環保議題。
人們總是期待從他這裏得到對蔣經國不同於主流的評價，但每次都失望而歸。2003年，他在《中國時報》發表文章稱蔣經國為“先生”，並認為蔣經國是一位舉足輕重的人物。“認識他，評價他，所關係的並不是為某個人‘打分數’而已，還關係到我們對自己的社會、時代，甚至對我們自己的了解，不可不謹慎從事。”他常強調，自己刺殺的是體製，不是針對蔣經國個人。
有趣的是，人們總是把他和另外一位日本籍台灣裔作家黃文雄混淆。二者都出生在20世紀30年代日據時期，都曾是蔣政權的反對者，這樣兩個同名人士的確很容易被混淆。但是和那位“反中作家”黃文雄相比，這位黃文雄顯得溫和許多，幾乎沒有發表過針對大陸的任何評價和文章。
將“二黃”混淆的不僅是一些大陸媒體人，還有中國社科院涉台研究機構的研究員們。一位研究員在一篇研究文章中，痛罵刺蔣的黃文雄為“刺蔣案主凶”、“恐怖幽靈”，並稱黃現任“台灣獨立建國聯盟”日本本部中央委員，其人權鬥士的麵目可想而知。後麵這個職務，其實屬於“作家黃文雄”。
這位反對者，雖然以一個“刺客”的身份留下最震撼一幕的曆史畫麵，但他最終選擇為“非暴力抗爭”布道。
2009年，黃文雄在鄭南榕（黨外政論雜誌出版者，1989年被國民黨以叛亂罪起訴，拒捕自焚而死）去世二十周年的紀念活動中，發表演說呼籲非暴力抗爭。人們常把他當作另外一個鄭南榕。黃文雄在演講中稱：“我沒有時間向大家報告非暴力抗爭、公民不服從運動以及平民國防的曆史、經驗、技術和理論……我隻是想用它來舉例說明鄭南榕的精神和方法學，並且向Nylon（鄭南榕的綽號）這位不是用勇氣就可以形容的兄弟說：我已經在和幾位影片製作者商談了，希望能製作一部有關非暴力抗爭的曆史、理論和技術的教學影片。希望努力有成，明年掃墓時，可以帶來代替鮮花，向你致敬。”
(鄭東陽，專欄作者，《鳳凰周刊》編委。)