鹹豐帝對曾國藩是既愛又怕，對這個特殊人才也是特殊對待，從來沒有因抗旨不遵而辦過他的罪。事後鹹豐帝覺得曾國藩說得也有道理，太平軍西征攻打安徽、江西時如日中天，而湘軍那時如剛出殼的小鳥。那時若去送死也許就沒有現在的湘軍了。
湘軍收複湖南全境，奪取湖北武漢，鹹豐帝對曾國藩喜愛有加，除了賞他二品頂戴花翎以外，總覺得要給他一個好名分。恰巧湖北巡撫一職空缺，鹹豐帝落得個順手人情。
可是曾國藩卻不領情，又一次抗旨，不收鹹豐帝的人情，拒絕湖北巡撫一職。誰也搞不清他的真實意圖，為母守孝已一年多了，擔任湖北巡撫與為母守孝又有什麼衝突呢？真是搞不懂！在真正為母守孝期間曾國藩奉命幫辦團練，在沒有任何軍職的情況下，帶領湘軍打打殺殺，攻城略地大顯軍威。而眾多的高級專職軍官如：提督、都統、總兵都是專科出身，打起仗來卻畏敵如虎，隻顧逃命。譬如原湖北提督博勒恭武，在太平軍由洞庭湖入長江攻打嶽州時，就騎馬獨自逃跑，至今隱身江湖，蹤跡不明。鹹豐帝一想起這個人就大發雷霆，有空就想捉拿博勒恭武治罪。
曾國藩雖然有時抗旨不遵，但他對朝廷的作用不可低估，他對朝廷的忠誠也是有目共睹。有本事的人就有個性，雖然曾國藩拒絕湖北巡撫一職有些古怪，有些匪夷所思，有些不可思議，可唯一能解釋的是他不願當文官守在武昌，而喜歡繼續帶兵去打仗。
那麼就成人之美滿足他的願望吧！鹹豐帝於是改任他為兵部侍郎，授予他繼續帶兵作戰的權力。改任陶恩培為湖北巡撫。
也許曾國藩真是個侍郎專家，在此之前的正式職務就是禮部右侍郎兼刑、吏部兩部左侍郎。禮部是管禮儀外交的；刑部是管社會治安的；吏部就相當於現在的組織部。曾國藩飽讀詩書，文采出眾。和平時期曾國藩在這三個部作官，朝廷沒有看錯人。可是現在是戰爭年代，曾國藩棄文從武，帶兵就猶如他寫文章一樣頭頭是道。得到這麼多勝利以後，曾國藩對打仗產生了濃厚興趣，同時當侍郎也形成了慣性。既然已經兼三個部的侍郎了，再多一個侍郎又如何呢？
曾國藩心安理得的接受了兵部侍郎一職，一文一武，來了個角色的大變化。禮部、刑部、吏部都是文，而兵部就相當於現在的國防部，曾國藩也就是個國防部的副部長吧。與他現在的帶兵生涯很相附。
曾國藩雖然是個副職，但他是朝廷派出的京官，是個通天人物，各省軍政大員都不敢小瞧他。原湖南提督鮑起豹不知天高地厚，竟與曾國藩作對。曾國藩向皇上參了幾本，鹹豐帝龍顏大怒，即刻將胞起豹革職查辦，讓其成為階下囚。誰叫那小子不知趣？
曾國藩獎懲分明，是非明斷，湘軍弟兄們都服他，願意為他效力，這就是湘軍為什麼總打勝仗的原因。湘軍占領武昌後，還有一次戰鬥。太平軍從武漢三鎮撤離時，另有幾千條木船停泊在漢江上，來不及撤離。幾天後想由漢江入長江東下，被湘軍炮打火燒，木船全部被焚毀，除落水死傷的外，活著的都上岸四處潰散。
楊秀清有武漢失守的思想準備，他讓西征主將秦日綱在鄂贛交界地半壁山田家鎮，利用地理優勢設下防守陣地，主要目的就在於阻擋住湘軍，保護安徽、江西大片天國占領區。
曾國藩就猶如麻將場上連連和牌的賭主一樣，打仗已經有些上癮了。在武漢休整了幾天，作了些戰鬥準備，他就親率湘軍順長江而下，與太平軍展開更大的戰鬥。這時候彭玉麟傷愈歸隊，趕來武漢請求參加戰鬥，曾國藩連連說好。
曾國藩分三路進軍：南路由塔齊布帶領湘軍攻打興國、大冶；北路由陝西提督桂明帶陝兵進犯蘄州、廣濟；中路為楊載福、彭玉麟所帶水師沿長江先行。