但是，卡爾的情形卻與貝多芬期望的相反。雖然他有很好的接受教育的機會，但他卻並不專心致誌地學習。
1825年初，卡爾稱自己所受到的大學教育已經足夠了，希望加入陸軍，但貝多芬並不讚成。而貝多芬的希望也從來都沒有被卡爾所接受過，甚至貝多芬連了解都不想了解。
1825年的春天，貝多芬讓卡爾進入工學院學習。在學習期間，卡爾住在一位政府官員舒裏默的家中，同時也受到了舒裏默的嚴格監護。
到了夏天，貝多芬就搬到巴登去居住了，隻有在星期日和假日才與卡爾在一起生活。在這期間，貝多芬讓卡爾兼任了不少的工作，比如書記員等，讓他沒有更多的空閑時間去對別人搞惡作劇。但是，一個剛剛20歲的青年又怎麼能被他的伯父輕易地看管住呢？再說了，舒裏默平時也很忙，根本不可能整天都看護著卡爾。
貝多芬認為，卡爾是沒有獨立自主的權利的，他必須聽從自己的安排。但是，越是這樣嚴格地壓製，卡爾就越發叛逆。而貝多芬對他的一些不公正的指責，更是讓卡爾感到不滿。
貝多芬想時刻都能約束卡爾，並要求他出來必須得到舒裏默的同意。但卡爾不喜歡這樣，因此常常在晚上偷偷溜出去；貝多芬給他的零用錢很有限，他在用每一分錢的時候都必須要認真思考一下，這也讓卡爾感到十分煩惱。
卡爾的性格並不像貝多芬想象得那麼順從、聽話，相反，他本來就有狡猾的一麵。由於缺錢花，他就偷偷地跑出去賭博。
有一次，當貝多芬得知卡爾正在一所最下流的舞廳裏喝酒賭博時，立刻驚慌起來，並決定親自去弄清楚。有人勸貝多芬說，如果貝多芬在那種地方被發現了，肯定會引起公眾的注意和議論。貝多芬沒辦法，隻好派霍爾茲去舞廳找卡爾。
霍爾茲是個懂得人情世故的年輕人，也是卡爾的好朋友。他回來後告訴貝多芬，說卡爾在那裏喝酒，但並沒有喝醉，也沒有幹其他的壞事。
從這件事以後，貝多芬與卡爾叔侄兩人之間矛盾就更加深了，甚至開始相互咒罵起來。貝多芬禁止卡爾再去見他的母親，因為貝多芬認為卡爾之所以變壞，都是這個賤婦引誘的。
後來，當貝多芬懷疑卡爾又私下去見母親時，他就威脅卡爾說不再認他了，並會把這件事告訴所有人，讓大家知道卡爾是怎麼不尊重他的伯父的。
很顯然，貝多芬對侄兒卡爾的感情是愛恨交加的。1825年6月，貝多芬在給巴登的信中寫到：
“我為了卡爾差不多都要氣憤得生病了，我實在是不希望再見到他了。”
然而貝多芬的話很快就應驗了，這一年的10月，卡爾忽然失蹤了好幾天。貝多芬雖然嘴裏說不希望見到卡爾，但聞訊後還是十分著急。他立刻就趕到了維也納的舒裏默家中，但卡爾並不在那裏。於是貝多芬就留了一封信在舒裏默家中，希望卡爾回來後可以看到。信中寫到：
我的寶貝兒子，不要跑得再遠了，請回到我的懷抱裏來吧，從此以後我都不會再向你說一個粗魯的字。啊，上帝，不要讓卡爾走向毀滅的路……卡爾，你快回來，你會受到像以前一樣的愛護。請冷靜地思考一下吧，想想你的將來。我決不會再苛責你，因為我知道它現在已不會有效果了。從此以後，你從我這裏得到的將是謹慎的保護，但你必須歸來，回到你父親真正的心裏。為了上帝，你今天就要回來，你會知道我的心是何等的迫切，快歸來！速歸來！
事實上，作為伯父，貝多芬生命中很大一部分都被這個侄子占據了。他需要時刻關注卡爾的一舉一動，並對其進行適當地約束，因為卡爾畢竟還隻是一個20歲出頭的大孩子。
然而，卡爾的性格並不隨和。經濟上不能夠獨立，無法讓公眾的輿論和法庭的規則來保護自己，再加上貝多芬這樣的長輩之愛，反而使卡爾無所適從，因此卡爾也產生了嚴重的逆反心理。
卡爾在自己的談話錄中寫到：
……我並不像你們所想象得那樣可鄙。我可以保證：在你這個‘家夥’當著大眾的麵向我攻擊時，我深感痛苦。在5月間所失去的80弗洛林，我在家裏仔細地尋找之後會還給你，這是一定可以找到的。如果我讀書時你在這裏的話，那我就不能在這種驕橫的空氣中生活。因為我不喜歡工作時有人批評我，而現在你卻正是這樣做的。
後來貝多芬在看到卡爾的這些字條後，寫下了如下的句子：
如果沒有其他更好的理由，你至少應該服從我的管教。你所做的一切，都可以被原諒和忘卻，但請不要走上讓人不快的道路，那樣將會縮短我的生命。每天不到深夜3點鍾，我都不能入睡，因為我整夜地咳嗽。我深深地希望，在不久的將來你能夠不錯怪我，而我也願意熱烈地擁抱你。我也知道昨天你所做的事，我希望在今天下午1點鍾見到你。再見！