萬曆三十二年（1604年），罷官回家的顧憲成和弟顧允成修複了無錫的東林書院，堅持“風聲、雨聲、讀書聲、聲聲入耳，家事、國事、天下事、事事關心”，先後邀高攀龍、孫丕揚、鄒之標、趙南星等一批正直之士入院講學，他們身在鄉野，心係國家，關心民生疾苦，在講學之餘，“往往諷刺朝政，載量人物，朝士慕其風者，多遙相應和”，開一代新風，很有社會號召力。由此東林之名大著，人稱“東林黨”。《明史》卷三二一。天啟三年（1623年）以後，魏忠賢擅權亂政，逆其誌者，“率指目為東林，攻擊無虛日”，東林黨人被殺戳禁錮，一網打盡。
以文會友，通過結社聚會，一方麵聯絡感情，廣交朋友；一方麵切磋學問，議論時政，是明末漢族社會知識界的一種風氣。自東林黨後，踵之者不絕。至崇禎年間，影響最大的是張溥領導的複社。
張溥（1602~1641年），字天如，號西銘，江蘇太倉人。泰昌元年（1620年）補博士弟子，自此名重一時，聲震文壇。天啟四年（1624年），創“應社”於蘇州，江浙士人紛紛響應入社，“於是應社之名，聞名天下”陸世儀：《複社紀略》卷一。應社和東林黨一樣，名義上以讀書為社事，實則提倡名節，改變社會風氣。崇禎元年（1628年）春，張溥在京組織“燕台社”。崇禎二年（1629），張溥在吳江組織複社，合南北各地文社於一社，提出複社的宗旨為：“致君澤民”。當時加入複社的著名社團有：江南應社，鬆江幾社，蘇州羽朋社、匡社，浙西聞社、莊社，浙東超社，江北南社，江西則社，曆亭席社，昆陽雲簪社，武林讀書社，山左大社，中州端社，萊陽邑社，黃州質社等。張溥既合諸社為一社，遂立社規，製社祠，定課程，互相分工，以共同振興學術、培養人材、拯救明室為先務；在組織方麵，各地均設社長，專門負責內政和外交。又用編輯文集的形式詳細登錄社友姓名，以示門牆之峻；分注邵邑，以見聲氣之廣。《複社紀略》卷一。複社“黨羽半天下”，成員遍及大江南北，有姓名可考的社友3025人，聲勢震天下，成為全國性的學術、政治組織。
崇禎末年，複社遭到以溫體仁、張至發、薛國觀及其黨羽的迫害，他們指使人作《複社十大罪檄》，誣複社“下亂群情，上搖國是”，欲置複社於死地。崇禎十四年（1641），張溥病死。清兵入關後，複社廣大社友奮起“抗清複明”，組織義軍，複國保民，夏允彝、夏完淳父子及陳子龍等複社骨幹200餘人為此獻出生命。清順治九年（1652），複社為清政府取締。
2．學術社團風行南北
明代有影響的學術社團主要有南方福建莆田以林兆恩創立的以提倡三教合一為宗旨的學術團社。林兆恩是明代一位有影響的思想家，嘉靖三十年（1551年），他接受了第一個弟子；嘉靖三十二年（1552年），“閩士從先生遊者數十人”，建立了三教堂，學術團社基本建立。嘉靖三十七年（1558年），又把團社分成天、地、人三會，製定了射禮、祭禮、三加等各類禮儀。萬曆六年（1578年）稱講堂為三綱五常堂、宗孔堂，講授“孔門心法”，提倡儒、釋、道三教合一，極一時之盛。後來該團社演變為三一教民間宗教組織。
此外，明代學術性社團還有以探討音樂藝術為宗旨而建立的琴川社和絲社等。琴川社的創始人是常熟人嚴徵（1547~1625）。該社以探討七弦琴藝術為宗旨，活動以常熟虞山為中心，取虞山之下的河流琴川為社名，所以在琴界又叫虞山派、琴川派。絲社，活動於浙江紹興，由張岱、尹爾滔、範與蘭、何紫翔等組成，也是以切磋和探討七弦琴演奏技藝為宗旨。對此，張岱《陶庵夢憶》載曰：“越中琴客不滿五六人，經年不事操縵，琴安得佳？餘結絲社，月必三會之，有小檄曰：……偕我同誌，爰立琴盟，約有常期，寧虛芳日？共憐同調之友聲，用振絲壇之盛舉。”