當前，網絡監督在規範政府行為、揭露官員貪腐等方麵的效果正逐步顯現，這有力的推動了政府依法行政和反腐倡廉工作。與此同時，由於互聯網自身特點和我們在製度、規範及管理上存在不足，互聯網的“雙刃劍”作用日益凸顯，網絡監督的消極作用也逐步暴露出來，影響了監督的效果。網絡監督、反腐的消極作用主要體現以下以下幾個方麵：
一、網絡監督製度規範欠缺
隨著網民對政府行政事務關注的提高，網絡監督加強對政府行政權力的約束。這即得益於此起彼伏的網絡監督事件，也得益於政府對網絡民意的重視程度的提高。不過網絡對政府的監督作用並沒有法定的製度所保障，可能時有時無、時大時小，不具有必然的有效性。
1.網絡監督缺乏明確定位。網絡監督屬於非傳統的監督方式，究竟應該在整個政府監督體係中占據何種地位？是主導、補充還是不可或缺，目前這個問題無論在理論上還是實踐中都還沒有明確的答案。目前，網絡監督對政府行為的約束力更多的取決於各級政府對網絡輿論的重視程度，存在較大的隨意性和偶然性。政府重視網絡輿論，則監督效果較好；政府無視網絡輿論，則監督效果較差。
2.監督主體權責尚未明確。網民在互聯網上發帖對政府的行為進行監督，享有何種權利、承擔何種義務，如何合理、合法表達監督訴求和主張，均沒有明確的規定。這就造成，一方麵，部分網民由於缺乏道德和責任的約束，可能借網絡監督之名，在網絡上發表偏激言論，宣泄對黨和政府的不滿，甚至在一些網絡熱點事件中，煽風點火，使網絡監督異化為對政府和官員個人的無端攻擊。另一方麵，由於網絡監督主體的權利沒有明確，部分網民在網絡上發布對政府不利的信息後，存在遭到政府報複，合法權益受到侵犯的可能，這也會挫傷人民群眾通過網絡監督政府的積極性。比如，近年來頻頻出現的網民因在網絡監督而被公安以誹謗、危害公共安全等罪名通緝甚至最後受到刑事處罰，上演了一幕幕“跨省追捕”、“因言獲刑”等醜劇。
3.監督客體缺乏製度約束。政府是網絡監督的客體，是網民監督的對象。從立法來看，法律上並沒有對網絡監督的內容、範圍、形式明確規定。從政府自身來看，相關部門也沒有製定網絡監督的工作製度或流程，比如通過何種渠道收集監督意見、如何進行反饋等。這造成，一方麵，政府應對網絡監督無章可循，削弱了網絡監督的作用；另一方麵，部分政府可以以“涉及國家安全”、“不宜公開”等借口回避不想監督的事項，使網絡監督無功而返。
二、網絡監督具有模糊性
作為網絡監督主體的網民，其個性化、多元化的言論對監督政府行為具有積極作用。但由於網民數量龐大，網絡監督有時並不明確，甚至有一定的模糊性。所謂網絡監督的模糊性是指，在網絡監督中由於信息的真實性、意見的代表性以及網民的非理性情緒等因素使得監督意見的性質不明確，無法分辨主流的監督意見，給政府采納監督意見或建議帶來障礙。
1.監督內容的真實性問題。由於法律法規的不健全和監管力量的薄弱，互聯網上存在大量的虛假信息，信息真實性更多的依賴於網民的自律，這也是互聯網的弊病之一。當前，由於社會轉型導致部分矛盾凸顯，部分群眾對政府存在一定的不滿情緒。他們通過網絡發布一些虛假的信息，指責政府的施政行為。由於這些信息常常涉及諸如征地拆遷、城管執法以及官民矛盾等敏感熱點問題，容易引發網民對政府行為的批評。近年來，由虛假信息引發的監督事件屢見不鮮，如“網民造謠江蘇淮安城管打死大學生事件”、“網民造謠廣西扶綏‘派出所曬死人’”等。