2.2鐵腕領袖。與演講同等重要，馬雲需要為阿裏巴巴製定戰略方向，並通過“鐵腕式”人事輪換執行戰略。2007年底至2008年初，淘寶總裁孫彤宇、阿裏集團COO李琪、CTO吳炯、資深副總裁李旭暉相繼“被離職”；2011年2月，阿裏巴巴整肅價值觀，衛哲“被砍”；2011年6月，大淘寶戰略升級為大阿裏戰略，高層人事大調整。在上述關鍵時刻，馬雲“家長式”權威顯露無疑。在阿裏巴巴這個大家庭，作為“家長”馬雲經常會給旗下業務訂立高目標高標準，沒有完成會麵臨嚴厲的斥責。在阿裏巴巴檢討大會上，業務高管落淚已屢見不鮮。例如2010年支付寶年會上，麵對上千興衝衝趕來的支付寶員工，馬雲大罵支付寶體驗“爛，太爛，爛到極點”，支付寶總裁邵曉峰因此落淚。
3.運動式管理
運動式管理是一項具有中國特色的管理方式。2000年10月阿裏巴巴“西湖會議”（也被稱為阿裏巴巴的“遵義會議”）上，馬雲和決策層做出了三個“BTOC”決策：“Back To China，Back To Coast，Back To Center”。在隨後2001年至2003年，即阿裏巴巴自稱“最為艱難、最為關鍵”的三年，馬雲推行三項毛式運動：
1）以“延安整風運動”來統一價值觀、統一理想，“通過運動，把不跟我們有共同價值觀，沒有共同使命感的人，統統開除出我們公司”；
2）以“抗日軍政大學”來培訓幹部團隊的管理能力；
3）以“南泥灣開荒”培養銷售人員麵對客戶應有的觀念、方法和技巧。
從最後結果來看，毛式管理取得立竿見影的效果。阿裏巴巴B2B業務2002年實現盈利，2003年淘寶及支付寶業務成長迅速。2003年後，阿裏巴巴不再輕易推行大規模運動式管理，而是化整為零，以更有持續性的日常管理代替。例如“整風運動”轉變為更規範的培訓和考核製度，“抗日軍政大學”化身為湖畔學院。再例如，阿裏巴巴在集團內設置“組織部”，在各子公司把人力資源部門改造成地方級的“政委體係”。“政委體係”從組織結構上分三層，最基層的稱為“小政委”，分布在具體的城市區域，與區域經理搭檔；往上一層是與高級區域經理搭檔；再往上就直接是阿裏巴巴的人力資源總監。政委主要起督查的作用，從一線員工開始進行價值觀的傳輸。（上述阿裏組織部的描述參考理財周刊《馬雲帝國內幕》一文）
不再輕易推行運動式管理，並不意味著運動式管理的放棄。事實上當阿裏巴巴遇到危機時，運動式管理就會再次現身。最新的例子為阿裏巴巴B2B業務遭遇欺詐危機，在最終決定將欺詐事件公之於眾後，馬雲迅速發起一場“整肅價值觀”運動。在致全體員工的信中，馬雲寫道“我們必須采取措施捍衛阿裏巴巴價值觀！所有直接或間接參與的同事都將為此承擔責任，B2B管理層更將承擔主要責任！”B2B業務CEO兼總裁衛哲和COO李旭暉因此引咎辭職。事後《時代周報》刊文稱阿裏整肅價值觀“一石三鳥”：借機裁撤高層、借機推動B2B轉型、高調公關秀。但不管出於何種目地，阿裏巴巴此次運動的確再次起到重申價值觀的作用，而價值觀是阿裏巴巴最核心理念。
4.層級性劃分
要讓人數龐大的組織有效運轉，需要有統一的核心理念與使命感驅使，同時還要有具體的激勵體係。阿裏巴巴內部激勵體係由兩大部分組成：嚴格的分級製度+由內部逐級提升製度。
在阿裏巴巴內部，員工按照嚴格的等級被分成M、P和S。M代表的管理層級別有10層之多，馬雲是唯一的M10，M9空缺。P代表的個人職務級別分為14級之多。至於銷售及客戶服務人員則在M、P、S之外，被分為C。