彼時清廷中樞，尚有一批立場相對保守且能量甚巨的勢力，他們既反對肅順以嚴刑峻法重振朝綱，也堅決抵製大規模重用漢臣，其代表人物有柏葰、祁寯藻、彭蘊章、翁心存、周祖培等。依著肅順剛猛的爆脾氣，自然不願與此輩多做周旋，便借兩場“打老虎”行動，將諸位對手一一剪除。
肅順擺出的“當頭炮”乃“戊午科場案”。鹹豐八年十月初七，距離當年鄉試揭榜尚不足一個月，禦史孟傳金上書，指出本次鄉試存在嚴重舞弊問題，如旗人平齡，除了會唱兩口皮黃，一無所長，居然高中第七名，事出蹊蹺，奏請立案審查。鹹豐感到其中定有貓膩，於是命載垣、端華等會審此案。隨著調查深入，辦案人員發現“應訊辦查議者竟有五十本之多”，甚至有一試卷“訛字至三百餘”也能中榜。鹹豐聞後震怒，將主考官柏葰諸人革職。
與此同時，另一條線索也浮出水麵。原來同考官浦安與新考中主事羅鴻繹私下裏“交通關節”。於是肅順建議載、端二王順藤摸瓜，傳訊當事人羅鴻繹。讀書人往往骨頭軟，一經審訊，羅便報出大料：為了能考中，他曾向兵部侍郎李鶴齡疏通關係，李轉而求同考官浦安關照，浦又跟柏葰的門丁靳祥打了招呼。事成後，浦安向柏葰送贄敬銀十六兩，李鶴齡則向羅鴻繹索要銀五百兩，其中三百兩轉交浦安。這顯然是一宗腐敗窩案。
打蒼蠅牽連出了一隻大老虎，這可樂壞了肅順。柏葰可是兩朝重臣，《清史稿》稱其“素持正”“勤慎無咎”，但他向來反感肅順等人的施政方針，時常帶頭抵製。如今抓到了柏葰的把柄，肅順自然要大做文章，力請將之“比照交通囑托，賄買關節例，擬斬立決”。這令鹹豐著實為難，商議此案時，他詢問各親王大臣“柏葰有無屈抑”，是否有從輕發落之可能。此刻肅順於殿上高聲力爭，強調科舉乃“取士大典，關係至重，亟宜執法，以懲積習”，柏葰罪不可宥，“非正法不足以儆在位”。而在朝諸臣攝於肅之氣勢，竟“默無一言”。既然無可挽回，鹹豐隻得判處斬立決。柏葰也成為清代唯一一位因科舉舞弊被處死的中央領導。綜觀這耗時十個月的“戊午科場案”，共計懲處各級官員91人，不僅處決了柏葰這樣的副國級幹部，還波及各個部委甚至不少親王宗室，確實收到“功令為之一肅，數十年諸弊端淨絕”的效果。然而，肅順在具體執法中存在明顯不公。如他袒護陳孚恩，使其免受案件牽連。更讓人不齒的是，兩年後肅順監視庚申恩科，居然為了能讓幕僚高心夔中試，不惜考前泄題，實“為科甲中人所切齒”。可以說，肅順打掉了一隻老虎，卻又養了其他老虎。
緊接著，肅順再出重拳，徹查“戶部寶鈔案”。鹹豐即位初年，因太平天國起義，戶部庫房匱乏，於是清廷決定由戶部設立寶鈔處和官錢總局發行大量鈔票。濫發官鈔非但沒有紓解財政，反倒致使通貨膨脹、物價飛漲，而官商乘機勾結，“侵占挪用”“拒收買抵”，從中牟取暴利，將幣製改革失敗的惡果轉嫁於百姓頭上，當時“五城內外兵民不下數百萬戶，各糧行抬價居奇，小民每日所得錢文，竟不能供一日之飽”。鹹豐八年底，肅順改任戶部尚書，決心整頓財政積弊。無巧不成書的是，肅順的前幾任，分別是政敵祁寯藻、柏葰、翁心存，這可給了他現成的彈藥。
肅順從調查五宇官號賬目入手，刨根究底，將戶部整個掀了個底兒掉，涉案人員幾百人，抄沒戶部司員、商戶及滿族宗室數十家。就在案情漸趨明朗之際，鹹豐九年十一月，戶部稿庫突起大火，“三日不息，存案悉毀”“宇廨盡焚”“統計延燒、拆卸房屋二百餘間”，致使戶部積案無可稽查。偏偏在此關口，戶部起了大火，這令鹹豐堅信其中定有更大陰謀，遂命肅順詳查。有了皇帝的力挺，肅順辦案愈發酷烈，定要揪出幕後的“大老虎”。幾經核查，耗時一年，肅順又將戶部司員景雯、崇貴、常祿、忠麟、王熙震諸人利用短號鈔換取長號鈔，從而吞沒巨款的案情查出。經過反複逼供，忠麟等供認此事曾經時任戶部尚書的翁心存過目，但翁漫不經心，故毫無察覺。拿到證據，肅順立即啟動對翁心存之彈劾，終使朝廷對翁予以革職留任之處分。而時任大學士的祁寯藻，因對肅順辦案作風不能認同，二人屢次發生衝突，“肅順議論風發泉湧，寯藻格格然勿能難”，不得不稱病辭職。
這場轟轟烈烈的“戶部寶鈔案”前後延續長達兩年多，“波及至數百人，係獄至兩三載，南北兩監，囚為之滿”，確也暫時壓製了官場貪賄公行的風氣。肅順以查案之便借機排擠了祁寯藻與翁心存，使個人勢力繼續膨脹。不過，這種大肆反腐的舉動，讓官員們人人自危的同時，也迫使他們開始私下緊密抱團，以求自保。難怪李慈銘感慨“然昔歲科場，今茲儲庫，屢行大獄，亦非國家之福也”。肅順得到了冷酷的權力，失去了溫熱的人心。
這波運動，終究還是變了味道。