當時，忽必烈的妻子察必正在開平，她得知消息後，馬上報告給了忽必烈。忽必烈立刻召集跟著他的諸王、大將和謀士們，商量怎麼辦。謀士郝經說：“阿裏不哥已經開始行動了。大王雖然有重兵，但是，如果他宣稱有大汗的遺詔，先即位了，我們還能回去嗎？”他給忽必烈獻了一條妙計：一方麵派一支軍隊去接蒙哥的靈車，把大汗的寶璽奪過來；一方麵派軍隊奪取並守衛燕京；同時通知各王到和林去舉行喪禮。正在這時，南宋宰相賈似道又來求和，忽必烈馬上同他訂了和約，然後帶著人馬北上。
公元1259年，忽必烈到達燕京，遣散了脫裏赤招買的人馬。公元1260年三月，忽必烈到達開平。他的大將廉希憲和商挺私下對他說：“先下手為強，後下手遭殃。機會丟失了，就再也找不回來了。”於是，忽必烈在開平召開忽鄰勒塔，在塔察兒、也先哥、合丹、米哥等王的擁護下，忽必烈登上了大汗的寶座。
阿裏不哥沒想到忽必烈的動作這樣少，他慌忙在4月也召開忽鄰勒塔，宣布自己為大汗。
常言道：“天無二日，國無二主。”蒙古國出了兩個大汗，那怎麼能行呢?看來隻有通過打仗來決定了。當時，東部的各個王都支持忽必烈，西邊的王中，有的支持阿裏不哥，有的支持忽必烈，而且忽必烈還統治著中原，因此忽必烈的力量比阿裏不哥大得多。因為阿裏不哥的勢力在西邊，因此忽必烈就派廉希憲向陝西進軍。阿裏不哥在陝西的大將是渾都海，他手下一個姓劉、一個姓霍的戰將駐紮在六盤山一帶。廉希憲一到，兩軍就打了起來。廉希憲的老將劉黑馬一馬當先，一場惡戰，活捉了劉、霍二人，把渾都海打得大敗。廉希憲又從霍魯懷口裏知道，駐紮成都的密裏霍者，駐在青州的乞台不花，都要起兵反叛忽必烈，情況萬分緊急，來不及報告忽必烈，廉希憲就假傳聖旨，派劉黑馬到成都殺死了密裏霍者，派汪惟正到青州殺死了乞台不花。不久八春、合丹等又來同廉希憲會合，他們打敗渾都海，並殺死了阿蘭答兒和渾都海，阿裏不哥在西方的力量被打垮了。
同時，忽必烈親自帶領大軍，直撲阿裏不哥的老巢和林。阿裏不哥哪裏是對手，慌忙逃到謙州，他怕忽必烈追來，就使了一個緩兵計，派人向忽必烈認罪，說他願意投降，等他把馬兒養肥了，再同其他王一起來拜見。忽必烈認為阿裏不哥所做的事，全是他的謀土指使的，因此，就對使者說：“你回去告訴我的弟弟，說我相信他的話，原諒他了，叫他快快來見我。”後來忽必烈等不及了，就派也孫哥駐守和林，自己先回開平了。
公元1261年秋天，阿裏不哥養肥了他的戰馬，又收集了一批人馬，又發兵南下。他深入到也孫哥那兒，假意說是來投降，也孫哥信以為真，沒有做打仗的準備。阿裏不哥發動突然襲擊，又把和林奪了回去。忽必烈知道後，馬上又帶兵北上，兩軍在昔木土腦兒相會，結果阿裏不哥又被打敗，逃回和林。可是這時，原來支持阿裏不哥的阿魯忽王也起兵反對他，阿裏不哥被迫逃到新疆去。
後來，阿裏不哥又多次打了敗仗，加上蒙古高原又發生了饑荒，原來支持阿裏不哥的各王，紛紛跑到忽必烈那兒去了。公元1264年，阿裏不哥隻得向忽必烈投降。忽必烈問他：“咱們兄弟倆，按道理講，到底誰該當大汗呢?”阿裏不哥說：“以前我是對的，現在是大汗你對!”他還挺硬氣的，隻承認失敗，可不承認沒有道理。後來，忽必烈下詔：阿裏不哥等王，都不問罪，但是他的謀臣，要全部殺死。樣，忽必烈鞏固了他的汗位。
忽必烈平定阿裏不哥後，把政治中心由和林搬到中原，他繼續推行“雙法”來改造蒙古國。公元1271年，忽必烈根據劉秉忠的建議，按《易經》五“乾元”(相大)的意思，把國號改為“大元”，這樣元朝正式成立了，忽必烈就是元世祖。第二年，元世祖把燕京改為大都，作為全國的首都。
一隻眼的石人
從元成宗以後，又傳了九個皇帝，元王朝的政治越來越腐敗，皇室內部鬥爭十分激烈，人民災難深重。最後一個皇帝元順帝(又叫元惠宗)妥妥惟帖睦爾即位後，荒淫殘暴，鬧得國庫空虛，物價飛漲，百姓忍受不下去，很多地方爆發了農民起義。
河北有個農民叫韓山童，他祖父是個教書先生，曾經利用傳教的形式，暗地組織農民反抗元朝，被官府發現，充軍到永年(今河北邯鄲東北)。韓山童長大以後，繼續組織白蓮會(一種秘密宗教組織)，聚集了不少受苦受難的農民，燒香拜佛。韓山童對他們說：現在天下大亂，佛祖將要派彌勒佛下凡，拯救百姓，這個傳說很快就傳到河南和江淮一帶，百姓們都盼望著有那麼一天，彌勒佛真會下凡來。
正巧在這個時候，黃河在白茅堤決口，又碰上接連下了二十多天大雨，洪水泛濫，兩岸百姓遭受嚴重水災。有人向朝廷建議，把決口的地方堵住，另外在黃陵岡(今山東曹縣西南)開挖河道，疏通河水。公元1351年，元王朝征發了汴梁(今河南開封)、大名等十三路民工十五萬和兵士兩萬人，到黃陵岡開河。
修河工程開始了。民工們在烈日暴雨下，被迫日日夜夜沒命地幹活，可是朝廷撥下來的開河經費，卻讓冶河的官吏克扣了去，修河的民工連飯也吃不飽，怨聲載道。
韓山童決定抓住這個機會，發動群眾。他先派幾百個會徒去做挑河民工，在工地上傳播一支民謠：
“石人一隻眼，挑動黃河天下反。”
民工們不懂這歌謠是什麼意思，但是聽到裏麵有“天下反”三個字，就覺得好日子快要到來了，開河開到了黃陵岡，有幾個民工挖呀挖呀，忽然挖出一座石人來。大家好奇地聚攏來一瞧，隻見石人臉上正是一隻眼，不禁呆住了。這件新鮮事又很快地在十幾萬民工中傳開來，大家心裏都想，民謠說的真的應驗了，既然石人出來，天下造反的日子自然來到了。
不用說，這個石人是韓山童事先偷偷地埋在那裏的。
百姓被鼓動起來了。韓山童有個夥伴劉福通，對韓山童說，現在元朝壓迫百姓那麼厲害，百姓還想念著宋朝。如果打起恢複宋朝的旗幟，擁護的人就會更多。韓山童很讚成這個主張，就跟大家宣布，說韓山童本來不姓韓，而是姓趙，按輩分排起來，還是宋徽宗的第八代孫子；劉福通也是南宋大將劉光世的後代。他們說得那麼有鼻子有眼睛，百姓們聽了，也不由不信。
韓山童、劉福通挑選個日子，聚集了一批人，殺了一匹白馬，一頭黑牛，祭告天地。大家推韓山童做領袖，號稱“明王”，並約定日子，在潁州潁上（今安徽阜陽，潁上)起義，用紅巾裹頭作為起義軍的標記。正在歃血立誓的時候，有人走漏了消息。官府派兵土把韓山童抓去，押到縣衙門殺了。韓山童的妻子帶著他兒子韓林兒，逃脫了宮府追捕，到武安(今河北武安)躲了起來。
劉福通逃出包圍，把約定起義的農民召集起來，攻占了潁州等一些據點．原來在黃陵岡開河的民工得到消息，也殺了河官，紛紛投奔劉福通的隊伍。因為起義兵士頭上裹著紅巾，當時的百姓把他們稱做紅軍，曆史上把它稱做紅巾軍。不到十天，紅巾軍已經發展到十多萬人了。
元王朝聽到劉福通聲勢浩大，嚇慌了神，趕忙調動了六千名色目人組成的阿速軍和幾支漢軍，鎮壓紅巾軍。阿速軍本來是元王朝的一支精銳的隊伍，但是那時候，已經十分腐敗，將領們隻知道喝酒享樂，兵士們到處搶劫。一碰上紅巾軍，還沒交鋒，主將帶頭揮著鞭子，騎馬向後逃奔，嘴裏還不停地叫喊著：“阿卜阿卜！”(阿卜是走的意思。)下麵的兵士一看主將臨陣脫逃，也都四散逃竄了。
過了一個月，劉福通的紅巾軍又連續攻下了一批城池。江淮一帶的農民早就受到白蓮會的影響，聽到劉福通起義，紛紛響應，象蘄水(今湖北浠水，蘄音qí)的徐壽輝，濠州(今安徽風陽)的郭子興，都打起紅巾軍的旗號起義。也有不打紅巾軍旗號的。象江蘇北部的張士誠。
公元1354年，元順帝派丞相脫脫集中了諸王和各省人馬，動用了西域、西番的兵力，號稱百萬，圍攻占領高郵的張士誠起義軍。高郵城被圍得水泄不通。起義軍正在危急的時候，元王朝突然發生內亂。元順帝下令撤掉脫脫的官爵。百萬元軍失去了統帥，不戰自亂，四散逃奔。
元軍潰散以後，劉福通的北方起義軍趁機出擊，大破元軍。第二年二月，劉福通把韓山童的兒子韓林兒接到毫州(今安徽毫縣)，正式稱帝。國號叫宋。韓林兒被稱為小明王。
韓林兒，劉福通在毫州建立政權以後，分兵三路。出師北伐。西路軍由李武，崔德率領，進攻陝西、甘肅、寧夏、四川；東路軍由毛貴率穎，從山東、河北，直逼元朝京城大都；中路軍由關先生、破頭潘等率領，從山西打到遼東，配合東路軍攻打大都。
三路北伐軍都取得很大的進展。毛貴的東路軍一直打到元大都城下。劉福通親自率領大軍攻占了汴梁，把小明王韓林兒接到汴梁，定為都城。紅巾軍聲勢浩大，元王朝大起恐慌，糾集地主武裝加緊鎮壓，三路北伐軍先後失利，汴梁又落在元軍手裏。元王朝又用高宮厚祿招降了張士誠，劉福通保護小明王逃到安豐(今安徽壽縣)後，受到張土誠的襲擊，公元1363年，劉福通在戰鬥中不幸犧牲。北方起義軍經過十二年的戰鬥，終了失敗。
一代天驕——成吉思汗
元太祖成吉思汗，名叫鐵木真，他統一了蒙古各部落，建立了蒙古汗國。成吉思汗一生東征西戰，馳騁歐亞戰場，是我國古代傑出的政治家和軍事家。
鐵木真的童年和青年時代是在動亂的歲月中渡過的。他的父親也速該是蒙古尼倫部孛兒隻斤氏族的首領。也速該死後，蒙古尼倫部分裂。長大成人的鐵木真決心要恢複父親也速該的勢力。戰爭中，沒有經驗的鐵木真遭到一連串挫折和磨難，也逐漸懂得了鬥爭的策略。他爭取到了紮達剌部落首領紮木合的支持，實力日益增強，許多舊時的居民和奴隸也紛紛前來投靠他。1189年，鐵木真被一部分蒙古尼倫部的奴隸主們擁戴為汗。