如果說織綾機的改良推動了手工業生產的發展，那麼，馬鈞發明的“翻車”則極大地推動了農業生產的發展。
當時，洛陽城裏有一塊空地，很適合於種植蔬菜。但是因為這裏的地勢較高，無法引水灌溉，所以一直荒蕪著。馬鈞看到這種情況，覺得讓這塊可耕地荒蕪下去，非常可惜。於是，他為了把這塊荒地改成菜園，決心研製一種提水工具，解決灌溉問題。經過長時間的思索和精心設計，一種新型的提水工具終於創製出來了。這種工具名叫“翻車”。他又進行了多次試驗，證明翻車能夠把河水提上坡地，非常管用。據史書記載，馬鈞製造的翻車，能夠“灌水自覆，更人更出”。就是說，翻車能夠將河水刮上岸來，自動傾倒流出，而且循環不停。由於它的結構靈巧，不需要花費多大的力氣，因此連小孩子都可以操作。翻車運轉起來，提水效率很高。這樣，不僅使洛陽城內的那片荒地變成了菜園，而且在我國農村中很快得到普遍的推廣應用，大大促進了農業生產的發展。
馬鈞發明的翻車，一直流傳了下來。因為翻車內用來刮水的木板葉，是一節一節地連接起來的，好像龍骨一樣，所以也稱為“龍骨水車”，簡稱水車。又因為它操作時是用雙腳踩動，所以又叫做踏車。雖然馬鈞發明的翻車原樣，沒有保留下來，但是我們從後代人的記述中，卻可以看到這種提水工具的式樣、結構及其製作方法。
在元代王楨的著作《農書》和明代徐光啟的著作《農政全書》中，都記述了馬鈞創製翻車之事。根據這兩部書中的記載，可以知道翻車的構造。它的車身用木板做成長約6．7米的槽，槽的寬度不等，0.132米至0．231米均可。槽內有行道板一條。木槽的兩頭安裝大小輪軸；大軸在木槽上頭，小軸在木槽下頭。再將一片一片連接起來的板葉，套在輪軸上麵。大軸兩端各帶拐木，置於岸上木架之間。操作時，人扶著木架，踏動拐木，板葉隨著輪軸轉動起來，於是河水就沿著槽內的行道板被刮上岸來了。王楨讚歎說：“水具中機械巧捷，惟此為最。”對於翻車的發明，給予了很高的評價。
馬鈞在擔任給事中的時候，在朝廷上同散騎常侍（宮廷的侍從官）高堂隆、驍騎將軍秦朗發生過一次激烈的爭論。爭論的主要問題是古代究竟有沒有指南車。
傳說我國上古時代，黃帝在同蚩尤作戰時，曾使用過指南車，辨明方向。西周時，周公也製作過指南車，但是沒有流傳下來。馬鈞對這種指南車非常有興趣，很想將它製造出來。當時，朝廷內的一些大臣對此都抱著懷疑態度。一次，高堂隆和秦朗都說古代根本就沒有指南車，不過是傳說而已，不足為憑。馬鈞卻說：“古代很可能是有指南車的，隻是後來沒有人對它進行研究，以致失傳了。這有什麼深奧呢？”高堂隆和秦朗非常高傲，平時就瞧不起馬鈞。這時，他們見馬鈞竟敢反駁，於是譏諷嘲笑道：“先生你名叫鈞，字德衡。鈞，是陶器的模型；衡，能用來稱東西的輕重。如果連輕重都沒有弄準確，又怎麼能夠製造出模型來呢？”馬鈞聽後非常生氣，不願意再同他們爭論下去了，便說：“空口爭辯毫無用處，我們不妨試製一下，就可以得到證明了。”
高堂隆和秦朗把這件事向魏明帝作了彙報。於是，魏明帝就命令馬鈞製造指南車。馬鈞夜以繼日地苦心鑽研，過了一段時間，終於把指南車製造成功了。這輛指南車在實際表演中，真是靈巧極了。無論駕車的人將它向東南西北哪個方向轉動，車子上站立著的木人始終手指南方。其中巧妙之處，簡直無法用語言表達出來。人們交口稱讚馬鈞，就連高堂隆和秦朗也不得不在事實麵前服輸了。