他為祖國爭得了極大的榮譽，法國政府為他頒發了大十字勳章，並建立了以他的名字命名的“巴斯德研究院”。
路易·巴斯德在生物科學和醫學科學上的貢獻都是無與倫比的。然而，更為重要的是，他運用自己學到的知識解決了許多生產中的實際問題，在十分簡陋的條件下，他以自己對祖國和科學事業的熱愛，解決了當時法國在啤酒業、養蠶業、畜牧業和醫學上的許多疑難問題，為法國爭得了極大的榮譽。並在世界科學界贏得了廣泛的尊敬和崇拜。
巴斯德雖然在科學上很有自己的見解，不愧為一代科學大師。但是，他的脾氣太急噪，經常為了科學上的一些問題和對手爭得麵紅耳赤，有時甚至於到了要動武和決鬥的程度。
巴斯德同普歇的論戰結束不久，可能是為了改變一下生活環境，1865年他離開了巴黎，把家搬到了法國的一個小城鎮上。當時的巴斯德，還沒有什麼大名氣，因此，他來到這裏以後，這個小城鎮的市長就跑來問他：“先生會辦什麼事情？”巴斯德為了在這個小鎮上長期住下來，就隨口回答了一句話：“我什麼都能辦。”就這一句話，給巴斯德帶來了極大的榮譽。
巴斯德住的這個小鎮是法國盛產啤酒的地區。有一天，市長大人來找他，原來本地的啤酒在製造中出了問題——好好的啤酒變酸了。因為巴斯德說過他什麼都能幹，那麼啤酒變酸他也一定能解決了，所以市長就找上門來了，要求巴斯德幫助解決一下。
這時巴斯德剛剛結束了和普歇的論戰，他已經對微生物有了十分深刻的了解和認識。於是，他就向造酒的人們要了一點兒變酸了的啤酒，並且把它放到了顯微鏡下麵，進行了仔細的觀察。他發現，在酸啤酒中有一種小小的微生物——今天我們稱之為“乳酸杆菌”的小動物。當他把好啤酒放在顯微鏡下的時候就沒有這種小動物。看來，正是這些個小家夥使啤酒變酸了。既然知道了啤酒變酸的原因，問題就好解決了。首先，啤酒好壞不用嚐了，隻要讓巴斯德先生用眼睛一看就知道了。已經酸了的啤酒怎麼辦呢？巴斯德先生有一個最好的辦法：重新煮一煮就行了（其實這就是巴斯德滅菌法）。當然，這樣一來，啤酒中的乳酸杆菌全都被煮死了，啤酒也就不會再變酸了。
從此以後，這種高溫消毒的方法就廣泛的流傳開了，巴斯德的名氣也就越來越大了。但是，巴斯德不僅得到了人們的尊敬，同時也被當地的人們真的看成了“什麼事情都能辦的人”。後來，法國發生了大麵積的蠶病，於是，人們真的又來找巴斯德先生了。
巴斯德在麗裏居住的時候正趕上法國發生大麵積的桑蠶病。由於桑蠶的大批死亡，法國的蠶農們受到了嚴重的損失。於是，人們又想起了使啤酒業挽回損失的那位“什麼事情都能幹的人”——巴斯德了。於是，市長又親自出馬，去找巴斯德先生了。
在當時的法國，科學技術已經如此的深入人心，人生了病找醫生和科學家，蠶生了病也找醫生和科學家（而在當時的中國，大部分人還相當迷信，無論蠶生了病，還是人生了病都還沒有找醫生找科學家的習慣，而是找跳大神的求神、求藥）。蠶不是液體，不能直接放到顯微鏡下麵進行檢驗，於是，巴斯德想辦法把病蠶弄幹了，然後才放到顯微鏡下進行仔細的觀察。通過檢驗，巴斯德發現果然又是一些小小的微生物在作怪，蠶和啤酒不同，啤酒能煮，蠶怎麼能煮呢？巴斯德為了不讓蠶病蔓延，於是，告訴人們：趕快把病蠶扔掉。蠶農們聽了巴斯德的話，就把病蠶全扔了，這一來可闖了大禍。
原來，病蠶身上致病的微生物——蠶病病菌是一種生命力十分頑強的小家夥。由於人們把病蠶扔得到處都是，不僅蠶病比以前更加嚴重了，而且還傳染到了人身上，於是人們紛紛前來找巴斯德“算賬”，這一段時間可能是巴斯德一生最為悲慘的日子。
巴斯德畢竟是一位偉大的科學家，他沒有被困難嚇住，很快就找到了對付蠶病的辦法。他給人們說明了具體的處理辦法：病蠶不要亂扔，先挖好一個深坑，把病蠶和蠶屎都深埋起來，然後把病蠶使用過的器皿都進行一下高溫處理，蠶病就不會再出現了。