巴斯德再一次利用他的聰明才智，戰勝了病菌。巴斯德對蠶病的處理，不僅挽救了的法國的桑蠶業，而且選出了沒有傳染病的“純淨”的蠶種。這些蠶種不僅流傳於整個歐洲，而且流傳到了世界的許多地區。
由於巴斯德接連取得了好幾次勝利，人們對他更加崇敬了。過了不久，法國的大部分地區開始流行雞霍亂，於是，人們理所當然地又找到了巴斯德。
就是在對雞霍亂的研究中巴斯德走上了一條新的成功之路。
巴斯德發現，雞霍亂病傳染性非常強，幾乎防不勝防。一隻健康的小雞隻要吃了病雞排泄物中的食物以後，很快就被傳染上了。更為要命的是，這種病的死亡率非常高，有時竟高達百分之九十以上，也就是說被傳染上霍亂病菌的雞很少有幸免於難的。雞染上這種病以後，一開始先變得沒精打采的，好像睡著了一樣；到了第二天就站立困難了，一般活不到第三天就東倒西歪地走不成路了，然後很快就倒下去死了。
巴斯德接受了任務以後，立即動手進行各種實驗。他先成功地分離出來了這種致命的霍亂病菌，然後把它放到顯微鏡下進行了觀察。
為了弄清小雞生病的全過程，巴斯德還對小雞進行了接種實驗。就是在對小雞進行病毒的接種實驗時，巴斯德意外地發現：如果用新鮮的菌液注射到小雞的身上，這隻小雞就會染上這種致命的霍亂病，如果用放了一段時間的菌液注射到小雞身上時，小雞就隻有輕微的症狀，而且很快就好了。更為有趣的是，當再把新鮮的菌液注射到這些受到過輕微感染的小雞身上的時候，小雞也不再生病了。
於是，巴斯德得到了一個防治雞霍亂的最好的方法——給健康的小雞預先注射上放過一段時間的、毒性不大的菌液，這些小雞就再也不會患這種病了。
這種防治傳染病的方法很快就用到了其它動物的身上。
當時全歐洲都在流行一種極為危險、神秘的疾病——炭疽病。
最初這種疾病是先從牲畜身上開始的。得了這種病的牛、羊和其它牲畜死亡率高達百分之九十以上。得病的症狀是：先表現出來的是行走困難，抬不起頭來；然後是渾身發抖、喘不過來氣；最後就癱瘓下來，出血死去了。一般從發病到死亡隻有幾個小時。就在巴斯德把小雞從死亡線上挽救回來的時候，這種可怕的病，已經給法國造成了極為嚴重的損失。更讓人擔心的是，在俄羅斯，這種可怕的、神秘的怪病不僅造成了56000頭牛的死亡，而且已經傳染到了人的身上，到1879年已經有500多人死於這種怪病了。
巴斯德立即就把他在雞瘟防治中取得的方法運用到了炭疽病的防治上。
巴斯德先成功地從死亡了的動物的身上分離出了導致牲畜染上這種可怕的疾病的微生物——炭疽杆菌。緊接著他又用溫度為42—43度左右的培養液培養出了隻有輕微毒性的菌株。然後進行了成功的接種實驗。
1881年5月5日，巴斯德當著一大群對他的實驗並不相信的人們進行了他的接種實驗。他先把接受實驗的牲畜分成了兩部分，一邊是注射了具有輕微毒性的菌液的牲畜，一邊是沒有注射過這種菌液的牲畜。過了一些時間後，他又分別給這兩部分牲畜都注射了具有強毒性的菌液。很快，沒有注射過具有輕微毒性的菌液的牲畜開始患病、死亡了，而事先注射過具有輕微毒性的菌液的牲畜什麼事兒也沒有。實驗終於成功了。
盡管保守的人群中還有人對巴斯德進行各種各樣的冷嘲熱諷，但是，大部分相信科學的人都對巴斯德表示了極大的感激與崇敬。
巴斯德最傑出的貢獻就是成功地防治了可怕的狂犬病。
狂犬病也叫恐水病，是被得了狂犬病的動物咬傷後得的一種十分可怕的病。凡是得了這種病的人，在當時沒有一個能治好的，隻有死路一條。巴斯德很小的時候看到過人們給一個被瘋狗咬了的小孩治病的情形：幾個人按著這個可憐的孩子然後用燒紅了的烙鐵在他的傷口上燙。孩子被燙時發出的悲慘的尖叫聲給巴斯德留下了終生難以忘記的印象。