承乾政變未遂，即告流產。事敗之後他對太宗說：“臣貴為太子，更何所求？但為泰所圖，特與朝臣謀自安之道。不逞之人，遂教臣為不軌之事。今若以泰為太子，所謂落其度內。”太宗認為承乾的話也有道理。若立魏王泰，便表明儲君的地位可以靠謀求而得到，很可能影響到其他諸子而導致互相攻殺。若立了魏王，承乾和晉王李治都將難以活命。在長孫無忌等人的支持下，太宗改立嫡三子晉王李治為太子，這場廢立風波才被宣告結束。
參加承乾政變的侯君集，原是秦王府的僚屬。李世民發動玄武門之變時，他是重要謀臣之一，後來出為將領，入參朝政，並有時譽，在平定高昌的戰鬥中，又立下了汗馬功勞。隻因攻下高昌後私取財物，曾被太宗詔令下獄，從此“誌殊怏怏”，直至慫恿承乾謀反。承乾事敗後，侯君集被斬決，籍沒其家。據說在杜正倫被貶之後，承乾曾派侯君集給他送過金帶，因此，杜正倫遂被流配。
侯、杜的案件，株連到了已故的魏征。因為他曾以“才任宰相”推薦過他們二人，故當這二人獲罪以後，有人便趁機攻擊魏征“阿黨”，又說他曾經錄寫了前後諍諫言辭往複，給史官看過，等等。太宗由此對魏征產生了懷疑，解除了公主與魏征長子叔玉的婚約，派人推倒了自己親手所撰、親手所書的墓碑，對魏征家人的照顧也就淡薄了。
魏征曾不厭其煩地反複提醒過唐太宗，不要偏聽讒言，胡亂猜忌臣下。但未曾料到，所擔心的事情竟這樣突然降臨在他的頭上。下葬不滿4個月，就橫遭停婚、撲碑之禍，真是一個大悲劇！
釀成這一悲劇的原因，自然與當時的政治背景不無關係，但讒言告訐起了重要作用，則是不容置疑的。唐太宗原來“兼聽則明”，使企圖離間君臣關係的讒佞之徒無機可乘。但自廢立太子風波之後，他開始猜忌臣下，誅殺功臣，讒人乘隙而入，“毀短百為”，竟使與太宗關係非同一般的魏征也未能幸免，的確發人深思！
貞觀十八年（644年）冬，唐太宗不顧大臣的勸阻，發動了對高麗的戰爭，直至次年秋天才班師回朝。這次禦駕親征，曠日持久，雖然俘獲了許多人口，但並未達到目的，將士死傷十分慘重。太宗深為懊悔，惆悵地說：“魏征若在，不使我有是行也！”於是，沒等回到京師，即把魏征的家屬召到途中的駐所，賞賜慰問他的妻兒，並且以少牢祭祀了魏征的陵墓，重新樹立了墓碑，厚待魏征的家人。魏征蒙受的不白之冤，終於由太宗的醒悟而得以昭雪。