魏征平生致力於朝綱肅正，吏治清明，不遺餘力地反對“告訐”，臨終之前，猶留下“去邪勿疑，任賢勿貳，可以興矣”的遺言。唐太宗頭腦比較清醒，頗能兼聽納下，以杜讒邪。特別在貞觀初期，他打擊讒人告訐，態度是相當堅決的。一些人多次造謠中傷，誣告魏征，都未能得逞。盡管太宗後來有所退步，但他和魏征始終保持著君臣加摯友、君臣加師友的密切關係。
魏征死後，唐太宗給以很高的榮譽和許多特殊的待遇，把他譽為“人鏡”，追思不已。一些人妒火中燒，“毀短百為”。對於這些讒言，太宗開始根本就不聽。日子久了，聽得多了，也難免不為所動。特別是魏征死後，朝中的大背景發生了較大變化，廢立太子的一場風波株連到了魏征，竟導致了太宗對魏征的信任發生動搖。
如前所述，魏征等人出於維護唐王朝政局安定的目的，堅決反對廢太子承乾而立魏王泰。太宗大概也是出於同樣的考慮，暫且放棄了廢長立次的企圖，並且讓魏征做了太子太師，同時又加強了對太子承乾的教育，以觀後效。他曾向太子左庶子杜正倫交了“底”，對杜說：“我兒疾病，可事也。但全無令譽，不聞愛賢好義，私所引接，多是小人，卿可察。若教示不得，須來告我。”杜正倫本是一個直言敢諫的良臣，少善屬文，隋時與其兄正玄、正藏俱以秀才擢第。隋代舉人秀才總共隻有10餘人，正倫一家就出了三個秀才，甚為當時稱美。貞觀元年，魏征表薦正倫“以為古今難匹”，於是擢授兵部員外郎，因諍諫深受褒獎，遷中書侍郎，加散騎常侍，行太子左庶子，賜爵南陽縣侯，“出入兩宮，參典機密，甚以幹理稱”。杜正倫聽了太宗的囑咐以後，更加盡心盡力地勸諫太子痛改前非。但是承乾根本聽不進去，正倫無奈，便把太宗的話說出來，“冀其有懼，或當反善”。不料承乾卻“抗表奏聞”，從而加劇了李氏父子之間的矛盾。太宗遷怒於杜正倫，把杜正倫貶為穀州刺史，又改為交州都督。
魏征病逝後，太子承乾“悲不自勝”，他所期寄的一線希望破滅了。眾親信慫恿他謀反，三月，承乾與同謀者“皆割臂，以帛試血，燒灰和酒飲之，誓同生死”。密謀引兵攻入西宮大內。正當他們策劃發動政變之際，唐太宗第五子齊王佑在山東齊州率先發動了叛亂。承乾自鳴得意地對其親信紇幹承基等人說：“我宮西牆，去大內正可20步耳，與卿為大事，豈比齊王乎！”但是，齊王佑的叛亂很快就被平定了。紇幹承基因與齊王案牽連被捕入獄，便告發了承乾謀反一事。唐太宗立即采取措施，廢黜承乾為庶人，處理了他的同謀者，漢王元昌（太宗弟）賜死，吏部尚書侯君集，左屯衛中郎將李安儼，洋州刺史、開化公趙節（高祖女長廣公主之子）、駙馬都尉杜荷（杜如晦之子）皆伏誅，太子左庶子張玄素、右庶子趙弘智等，以不能諍諫而被免官。