魏征自擔任宰相以來，為開拓李唐一代盛世傾注了全部精力，病退拜特進以後，仍然一如既往，為匡正君德、理順朝綱，不辭辛苦，不計得失。過度的操勞，損害了他的健康。大約到貞觀十六年（642年）冬天，63歲的魏征就病倒了。
魏征臥病在床，不能上朝待君。太宗乍然離開了這位良臣和摯友，茫然若失。《問魏征病手詔》就表露了他的這種心情：“不見數日，憂憤甚深。自顧過已多是，言已失矣，行已虧矣。古人雲：‘無鏡無以鑒須眉’，可謂實也。”還說，近來我想去看望你，又恐怕使你太勞神，所以派人來往探訊。以後如果有要告訴我的事，可以讓他們報來。
輾轉病榻的魏征，依然是國事、朝事縈繞腦際。雖然他與唐太宗一起開創的大業還在方興未艾，但是太宗的作風已遠非貞觀初期，同時魏王又與太子承乾交惡，爭鬥激烈，不論從哪個方麵做得不好，都會有損於貞觀之治，甚至要釀成禍亂，使貞觀以來十幾年的成果毀於一旦。於是，他不顧病痛的折磨，和墨潤筆，傾吐肺腑之言。一封又一封情真意切的奏疏，上達君王。
魏征最擔心太宗在用人和刑罰這些治國的根本問題上出現差錯。他在一份奏疏中說：“堯舜率天下以仁，而人從之；桀紂率天下以暴，而人從之。下之所行，皆從上之所好。”現在大臣晉升一個人，則懷疑他阿黨親故；貶退一個人，則懷疑他以奪權相報複，聽到一個人的話，就認為可信，先入為主，那麼新來說話的人，又怎麼能證明自己無私呢？魏征以此來勸諫唐太宗對自己所委任的重臣要信賴。
在另一份奏疏中，他說：“古代有人犯了重罪，君上總是說要寬宥，必到不得已的時候，方始加刑。而且人君之威，甚於雷霆。‘今欲加其罪，則理外誣造；將宥其過，則法內曲辭’，如此要想實現刑罰寬平，吏不嚴酷，是不可能的。”他苦口婆心地勸諫唐太宗要秉公執法。
魏王和太子交惡，是王室中的隱患，最使魏征放心不下，因此他在一份奏疏中強調指出：“帝王所重，在乎定君臣、明父子、正夫婦，三者不亂，然後內外安寧。”勸諫太宗在處理嫡庶、長次的關係時，要十分慎重。
唐太宗到天下大定之後，漸漸不能嚴於律己，不能虛懷納諫，滋長了驕橫專斷的習氣和奢侈享樂的思想。魏征對於這些看在眼裏，憂在心中，雖說通過以往的苦苦諍諫，太宗有所忌憚，但實際上卻有發展的趨勢。魏征眼下不能上朝麵諫了，便在奏疏中懇切地勸諫道：“君子有諸己，然後求諸人；無諸己，然後非諸人。”進一步闡明有修養的人，首先是自身行為端正，然後才能要求別人。自己的行為醜惡，而能曉喻別人的事，是沒有的。他一針見血地指出：現在陛下“臨朝堂（常）以至公為言。退而行之，乃未免私僻之事，或恐有所不便，聞於在下，即橫加威怒，以掩塞之。欲人不知，莫若勿為，欲蓋彌彰，掩之何益！”在進行了如此激烈、尖銳的批評之後，魏征又諄諄告誡太宗對臣下應當開誠布公。而不能“心所愛，則雖僻不以為非；心所嫌，則雖正不見其是”，以期太宗能夠信任諍臣，聽進逆耳之言。
這一封封切中要害的奏疏，飽含著一個諍臣以至公為上，予國予君傾注的關切與期望，太宗攬而“稱善”。不久，他又降手詔，關切地詢問魏征的病情，並且自訴魏征臥病以後的苦衷說：“卿患日久，言麵已賒。理國立家，方知難耳。比日自為，勞思委頓，始驗‘任人則逸，自任則勞’，非虛言也。此懷公想知之，可以意得。書何盡心，略而言耳。”