庫圖佐夫駕馭戰局的本領在1812年反對拿破侖軍隊入侵的戰爭中得到最充分的展示。在這次戰爭中，作為俄國軍隊總司令的庫圖佐夫正確地斷定，在當時的不利情況下，最重要的是保存軍隊。他清楚拿破侖的戰略企圖是要在一、二次總會戰中消滅全部俄軍。所以庫圖佐夫則采取零星交戰、靈活機動、積極防禦的戰術，避免與拿破侖速戰。在博羅季茨村會戰之後，庫圖佐夫不顧沙皇氣勢洶洶的責問，不忌軍內將官對他“害怕拿破侖”、“叛賣者”、“瘋老頭”、“免戰將軍”的責難，毅然作出俄軍撤出莫斯科的命令。
放棄莫斯科後，庫圖佐夫實施隱蔽右翼的方針，使軍隊避開敵人突擊，集中在塔魯季諾村一帶，切斷了拿破侖向俄國南部地區前進的通路，為組織和準備反攻創造了有利條件。他在短期內順利地解決了如何在數量上形成對拿破侖軍隊的優勢的大難題，在所有的敵戰區廣泛地展開了遊擊活動。拿破侖軍隊不斷被俄軍和遊擊隊的小規模戰鬥所削弱，加上得不到糧食和冬裝，士氣大為低落。拿破侖為了盡早擺脫困境不得不派使臣去庫圖佐夫司令部建議結束戰爭，但遇到了庫圖佐夫的堅決拒絕。走投無路的拿破侖於10月7日下令開始從莫斯科撤退。拿破侖的軍隊退出莫斯科後，準備取道卡盧加突圍到南方糧倉烏克蘭，但庫圖佐夫早已做好了阻截的部署。拿破侖被迫走了已被完全破壞的斯摩棱斯克之路。庫圖佐夫則在拿破侖側翼平行追擊，繼續消耗他的力量。1812年12月當法國敗軍回渡涅曼河時，“大軍”隻剩下2萬多人。最後拿破侖坐上雪橇，悄悄逃回巴黎。
在沙皇亞曆山大一世當政的年代，許多俄軍將領靠戰爭發了橫財，而庫圖佐夫卻一生清廉，他雖然多次擔任總司令，大權在握，卻不曾索取個人好處。他一方麵是總司令，立下了豐功偉績；另一方麵，他又是一個清貧的負債人。庫圖佐夫留下了一筆沉重的債務，元帥的妻子隻有求助於沙皇。
庫圖佐夫嚴於律己，清正廉潔，對下級官兵卻關懷備至，愛兵如子。他從蘇沃洛夫那裏懂得了軍隊的力量在於士兵，一個把民族利益和祖國命運看得高於一切的人，同樣也會以真正的仁慈之心對待士兵，真正和士兵同呼吸共命運。他不準打罵戰士。還和士兵一起休息，說俏皮話，開玩笑，無所不談。他對士兵有深厚的感情。
繼1812年12月庫圖佐夫指揮俄國大敗拿破侖之後，俄軍於1813年1月越過邊界進入西歐，從拿破侖的桎梏下解放了歐洲。庫圖佐夫因病去世。他的遺體送回彼得堡，安葬於喀山大教堂。