印度和巴基斯坦是南亞地區的兩個重要鄰國。但長期以來，兩國關係緊張。民族宗教矛盾與領土爭端、邊界糾紛和克什米爾問題糾合在一起，困擾著兩國關係的正常發展。但近年來，阿塔爾·瓦傑帕伊對印巴關係進行了大調整，他認為印巴兩國都應捐棄前嫌，忘記過去，一切從頭開始，共同創造印巴關係的美好未來。瓦傑帕伊作為印度的重要領導人對此進行了許多謀劃，並親自作了不懈努力。
1999年2月20日，瓦傑帕伊乘坐長途汽車訪問巴基斯坦。瓦傑帕伊在訪問中呼籲印巴兩國結束過去50年痛苦的關係史，揭開新的篇章。兩國總理在這裏舉行了為期兩天的會談，簽署了《拉合爾宣言》。這是雙方建立信任和諒解的宣言，也是個和平的宣言。世界各國對此紛紛表示高度讚賞。會談結束後，謝裏夫暗示他和印度總理瓦傑帕伊之間的私人關係密切，他說在他們以前的兩次會晤中，他發現瓦傑帕伊是“一個好人”。和平的宣言雖然簽訂了，然而要實現和平還要走漫長的路，和平之路並非一帆風順，還會出現多次反複。在2003年新年獻詞中，瓦傑帕伊再次呼籲巴基斯坦不要把主要注意力放在克什米爾爭端問題上，而是通過促進與印度的經濟和文化聯係，幫助消除兩國間的長期敵對狀態。2003年4月，瓦傑帕伊多次表示印度方麵願意再次伸出友誼之手，與巴基斯坦就包括克什米爾未來地位的所有問題進行對話，稱兩國之間的“兄弟情誼”能夠解決彼此間所有懸而未決的問題。呼籲雙方盡快恢複對話，共同開創印巴關係的“新時期”。
實現印巴關係正常化，是瓦傑帕伊的重要外交謀略。他認為，印巴兩國和解對兩國的安全利益至關重要。印巴都是有核國家，都擁有將核彈頭投射到對方全境的能力。對兩個同樣握有核武器的國家而言，輕言戰事絕非兒戲。戰火一旦點燃，後果不堪設想。而且，如果印巴關係惡化，致使美國及其盟國把克什米爾問題當作其日後的“幹預”焦點，從而插手南亞事務，這將會給印巴兩國都會帶來“災難性”的後果。為了避免南亞次大陸曠日持久的緊張局勢給外來因素介入地區衝突帶來借口，惟一正確而可行的途徑就是依靠印巴兩國政治家的智慧，展示更大的誠意、采取更多實際步驟。瓦傑帕伊深知，印巴關係的改善，對於兩國自身的安全穩定至關重要。
中國與印度是友好鄰邦，兩國都是人口大國。在曆史上兩國間曾發生不愉快的事，兩國之間也存在這樣那樣的分歧和問題，但這並不妨礙兩國人民的友好相處。在任何時候，兩國人民的謀求友好交往都是主流。1979年2月，他作為印度外交部長正式訪問中國，受到鄧小平同誌的會見。那一次的訪問意義重大，打破了中印兩國關係自20世紀50年代末以後近20年的僵局。訪華期間，瓦傑帕伊在北京、上海、杭州和廣州等地進行參觀訪問。幾十年來，瓦傑帕伊數度連任印度總理，對中國有了更多的了解。而今，瓦傑帕伊政府做出了深謀遠慮的權衡，大力調整印度對外政策，加強印中合作關係。2003年6月22日至27日，印度總理瓦傑帕伊對中國進行了為期6天的正式訪問。瓦傑帕伊率大型官方和企業代表團訪問中國，這是近十年來印度總理首次訪華。訪問期間，兩國總理在北京簽署了確立中印關係目標和指導原則的綱領性文件《中華人民共和國和印度共和國關係原則和全麵合作的宣言》，中印雙方將致力於在和平共處五項原則基礎上進一步推動長期建設性合作夥伴關係的發展，並在此基礎上建立新型關係。2003年，瓦傑帕伊還與胡錦濤主席在聖彼得堡會晤，更為兩國保持持續接觸和交流營造了良好的氛圍，瓦傑帕伊曾評論說，與胡錦濤主席的會晤是一次預示著“一個亞洲世紀”開始的中印對話。瓦傑帕伊主張進一步調整雙邊關係的定位，以“向前看”的態度處理印中關係。並表示，兩國是“和平競爭”的關係，歡迎中國與印度進行和平競爭，並稱這種競爭而非衝突的思路最符合兩國的利益。他重申印度希望在和平共處五項原則、對相互關切保持敏感和平等的基礎上發展印中關係。瓦傑帕伊還主張大力發展兩國經貿合作。在他的推動下，兩國經貿關係有長足發展。在解決領土爭端問題上采取了具體步驟。在解決邊界問題上，瓦傑帕伊也主張繼續進行和平談判。他在2003年訪華期間，與中方達成協議，同意任命特別政治代表繼續邊界問題的談判，從兩國關係大局的政治角度出發，探討解決邊界問題的框架，通過平等協商，尋求公正合理以及雙方都能接受的邊界問題解決方案。印度已指定國家安全顧問布拉吉什·米什拉作為解決邊界爭端的特別代表。瓦傑帕伊表示，將“很快”同中國舉行會談，以解決兩國之間長期以來懸而未決的邊界爭端。他說，“情況不會再這樣繼續下去，兩國的代表將解決這個問題”，“目的是要結束爭端”。