進入漢朝後，繼續推崇和學習商鞅學說的人，以漢景帝的輔政大臣晁錯最為有名。《史記晁錯傳》稱晁錯“學申、商刑名於軹張恢先所”，說明他曾專門研究過商鞅的學說與著作。他向景帝提出的建議，如貴粟、籌邊、變法等，都是對商鞅思想的發揮。但是，後來晁錯同商鞅一樣遭了冤死，遂使明哲保身的人不敢輕易提及商鞅。不過，由於治商鞅之說是選舉賢良的一條途徑，商鞅思想在社會上仍有一定的影響，《商君書》也在不斷傳習。
漢朝是在推翻秦朝的基礎上建立起來的，漢初的政治家對秦朝政治的弊端有切身體會，這使他們對秦的指導思想進行反思，對商鞅及商鞅學說也做了較多的批評。例如，賈誼認為，商鞅“遺禮義，棄仁恩，上告訐，上刑罰”的做法是秦朝滅亡的重要原因。司馬遷則說：“商君，其天資刻薄人也。跡其欲幹孝公以帝王術，挾持浮說，非其質也。且所因由嬖人，及得用，刑公子虔，欺魏將炁，不師趙良之言，亦足發明商君之少恩矣。餘嚐讀商君《開塞》、《耕戰》書，與其人行事相類。卒受惡名於秦，有以也夫！”太史公對商鞅的為人極為反感，連帶也譏諷了商鞅的思想和著作。不過，漢初人畢竟是有氣度的，他們盡管對商鞅其人其說有所不滿，但還是對商鞅的曆史功績做了客觀的評價。賈誼在《過秦論》中說：“商君內立法度、務耕織、修守戰之備，外連衡而鬥諸侯，於是秦人拱手而取西河之外。”賈誼本人提出的貴農及“眾建諸侯而少其力”等主張，似乎也參考了商鞅的學說。司馬遷在《史記》中為商鞅立傳，並稱讚商鞅“行法十年，鄉邑大治”。
到漢武帝推行獨尊儒術的政策，批準了丞相盧綰“所舉賢良或治申、商、韓非、蘇秦、張儀之言，亂國政，請皆罷”的奏折，斷絕了《商君書》的官學地位。同時，儒生們對商鞅和《商君書》的非難也漸漸增多。但是，也有人旗幟鮮明地為商鞅辯護。這兩種百相對立的評價，在《鹽鐵論？非鞅篇》有生動的描述。需要指出的是，鹽鐵會議上“大夫”和“文學”都是從各自的政治立場出發，對商鞅的評價或褒之過高，或貶之過低，都不公允。倒是劉向在《新序》（《史記商君列傳》集解引）中稱讚商鞅“極身無二慮，盡公不顧私”，批評商鞅“然無信，諸侯畏而不親”，是較為持平之論。劉向奉命校理群書時，對商鞅的法家著作也做了整理，將之校定為《商君》二十九篇。
自漢至清，基本上是儒學占據了正統地位。這期間，除諸葛亮、王安石、張居正等具有革新精神的政治家和李贄等少數思想家之外，各家對商鞅頗多非難和否定，對《商君書》則很少加以注意。《商君書》由於長期無人整理校定，在流傳過程中不免有所亡佚。據有關史誌目錄所載，漢代校定的二十九篇，到宋已佚去三篇，到元又佚去二篇。所以，今傳本隻剩二十四篇。
另外，從宋代開始，又不斷有人懷疑《商君書》是偽書。此說在學術界影響甚大，直到近代，胡適還在《中國古代哲學史》中說：“今世所傳《商君書》二十四篇，乃是商鞅死後的人所假造的書。”被宣判為偽書之後，問津《商君書》的人自然就更少了。
對商鞅和《商君書》的重新評價，始於清末中葉。著名學者陳澧在《東塾讀書記》中，根據自己對《商君書》的分析，先將《商君書》裏的可取和不可取之處分別節錄，然後據以評論商鞅的是非功過。到清末，由於時勢的嚴峻，促使一部分知識分子主張變革政治，開始重視商鞅的變法思想。例如，章太炎在《訄書》中極力為商鞅辯護，讚美他的功績，稱頌他為骨鯁之臣。梁啟超主編《中國六大政治家》，將商鞅列為中國曆史上最偉大的六位政治家之一。同時，《商君書》也越來越受到學者的重視，一些校勘、注譯、分析《商君書》的著作相繼出版。通過清人和近人對《商君書》的係統整理和分析，學術界對《商君書》的係統整理和性質也得出了全新的結論。即《商君書》是商鞅及其後學的著作，雖然各篇的成書年代不一，但全書基本上可以視為先秦古籍，是研究商鞅思想的可靠資料。